安置好新占据领地的豪族后，政良随后又对各番队的驻扎地点进行了调整。
第一常备足轻番队。主将为执行种兼，副将为铁之助、朝仓宗滴，军目付为罗氏政秀。驻点继续保持在阿苏郡的石櫃城以及汤浦城，协助内政阁维持领地的法度推行的同时，主要是防备山脉另一边的丰后大友家。
第二常备足轻番队。主将为大石智久（由于大石智久在政良被伏击一战中受伤未痊愈，暂时由军师赤羽信之介代领其主将之位），副将为福田信清，军目付为罗氏家的独眼龙罗氏政宗。驻点从肥前国的三濑城改为筑前国的立花山城，协助内政阁维持领地的法度推行的同时，联合立花家的军势防备宗像郡的大内家军势，此外还要密切留意筑前国沿海的动静。
第三常备足轻番队。主将为吉田重政，副将和仁亲继、尾和谷军兵卫、犬童赖安，军目付为罗氏家的独眼龙罗氏政宗。该番队将分成两部分，一部分是由副将犬童赖安、尾和谷军兵卫统领，负责驻守筑前国夜须郡的古处山城，防备一山之隔的秋月家的同时协助内政阁维持领地的法度推行。
另外一部分则是由吉田重政、和仁亲继统领，驻点为筑前国席田、糟屋两郡的博多、高鸟居城以及高鸟居城通往一山之隔的秋月家领地的犬鸣峠，负责维护博多等地的安定，同时防备一山之隔的秋月家以及博多湾的沿岸安全，并且协助内政阁维持领地的法度推行。两部分军势均由侍大将吉田重政统一统筹调配。
第四常备足轻番队。主将木下昌直，副将上田真次、岛原纯茂、赤池长任，军目付罗氏佐助。驻地由筑后国高良城改为丰后国日偎城以及由布岳中的山间关卡。主要负责防备东面丰后国的大友家以及北面丰前国的大内家，同时协助内政阁维持领地的法度推行。
第五常备足轻番队。主将阿骨打，副将渡边通、神代胜利。军目付罗氏新五郎。驻地为肥前国松浦半岛唐津以及筑前国怡土郡的深江岳城，负责保障肥前国松浦半岛的安全，协助第一、第二水军常备番队防备来自海上的威胁。必要时支援博多地区的防备。
第六常备足轻番队。驻地为肥后阿苏郡的高森城以及日向的中山城。其中中山城不能打出罗氏家的旗帜，只能暗中驻守。主将为圆城寺信胤。副将为公文重忠、黑木实连、丸目赖美，军目付为罗氏政秀。协助内政阁维持领地的法度的同时，主要是防备丰后大友家以及日向的伊东家。
第七常备足轻番队。主将甲斐亲直，副将高坂昌信、吉川兴经、上村本纲，军目付罗氏政秀。驻地位南肥后，具体分工为，甲斐亲直、吉川兴经带领二百五十常备驻守球磨郡的人吉城以及与南日向、北萨摩接壤的久助谷、久七峠。主要防备萨摩以及日向方面的豪族；高坂昌信、上村本纲带领二百五十常备驻守苇北郡的水俣城，同时分兵把守与萨摩出水郡出水城接壤的中尾城以及与出水郡大口城接壤的鬼山城，主要防备萨摩地区的岛津家。
水军方面，驻地基本维持原地不变。只有第一常备水军驻地增加了博多湾。此次大战后，立花家的水军将并入到第一常备水军当中（原属于原田家与杉家的水军已经被内藤兴盛提前收拢离去）。增加船只后，常备为六百人，小早一百六十艘，关船五十八艘。主将为孙五郎、村上隆重，副将为大矢野种光、上津浦种教，驻地为唐津湾原波多家水军的海港以及博多湾两处地方，负责从博多湾、唐津湾至呼子湾加部岛沿岸海域的防备，主要是防备沿海的一些海贼以及来自壹岐以及筑前宗像家等海上势力的威胁。同时还负责向途径本家所在海域的商船收取一定的过路费。并保证这些船只的安全。
水军第二常备番队，常备为六百人，小早一百九十艘，关船六十五艘，主将为忽那通著，副将为福田兼次、上津浦重贞，驻地分别为肥前松浦郡的平户港、五岛的城山城、五岛的江川城、彼杵郡的福田城，主要守护区域是平户岛海域、五岛海域、长崎半岛沿海，防备来自海上的威胁，尤其是萨摩方向的水军威胁，必要时，及时支援两侧的第一、第三常备水军番队，同时负责向途径本家所在海域的商船收取一定的过路费，并保证这些船只的安全。
水军第三常备番队，常备为六百人，小早一百八十艘，关船七十艘，主将为田尾政虎、村上武吉，副将为大矢野种乡、宇久纯定、宇土行兴，总驻地改为南肥后八代郡的球磨川出海口附近的八代城，除此地之外，番队将分出数个小队，分别驻扎在天草郡的栖本城以及志岐城、久玉城，主要守护区域是橘湾、天草滩以及八代海，防备来自海上的威胁，尤其是萨摩海域岛津家水军的海上威胁，同时负责向途径本家所在海域的商船收取一定的过路费，并保证这些船只的安全。
除了军事方面的调整外，政良还新设立了隶属于内政阁的筑前国内政管理体系。
此前在肥前国的内政管理中一直矜矜业业成绩斐然的纳富信景（历史上是龙造寺家重要家老）被提升为罗氏家部将，并且担任筑前国罗氏家领地的筑前守护代一职。
此前的筑前守护代一职是由大内家的杉兴运担