到了丹后国，三好家逐渐在畿内建立起强大的版图。
当然，三好长庆击败的只是代表细川家宗家的细川晴元，实际上细川家还有不少分家各自把持着四国的讃岐国、阿波家、淡路国等地区的。为防万一，于是三好长庆委托其弟弟十河一存、三好义贤、安宅东康分别在上述地区开始扩张三好家的势力，同时削弱细川家各分家的势力（当初细川晴元主政时得罪了各个分家。所以在他被三好长庆攻击时，这些分家并没有支持细川晴元）。
天文二十一年（1552）八月十九日，三好义贤在得到其讃岐国四弟十河一存的帮助下突袭了其名义上的主君阿波守护细川持隆（细川持隆是细川家阿波分家家督），于坂东郡见性寺刺杀死了细川持隆，并在随后肃清了细川持隆重臣中的亲细川家势力，名义上一统阿波国的同时，暗中也不断打压当地亲细川家势力的豪族。逐渐开始真正掌控四国地区的阿波国。
谋杀主君之事有悖伦常，在强力的阿波国细川家臣（多为土豪族）中当即引发了骚动。为了平息物议。三好义贤认识到必须在表面上得到阿波平岛公方的承认，以使自己的行动正当化。于是在细川持隆遇刺后三日即八月二十二日，三好义贤请出阿波三好家长老，当时已出家为僧的三好民部入道如三。拜托他前往平岛公方馆就刺杀事件和当前局势进行疏通。
如三以亲交身份面见足利义荣的父亲足利义维，双方见面后，如三委婉的解释道：“此事遽发仓促，实际上是因为义贤遭到主君莫名的憎恨，对自身的处境感到不安，才不得已采用了这样的非常手段以图自保，仅此而已。公方所领土地，家臣知行等一如往昔，丝毫未敢有所更动。三好家一族也将同细川家一样，对公方竭诚尽忠。主家细川家，我等已立其嗣子六郎（细川扫部头真之）继承。此子天资聪明，定能重振家业。至于滞留在胜瑞城的公方母上清云院，臣等以为保护其人身安全乃是我们三好一族的责任，无论如何特此来传递平安的消息，并请清云院继续留住胜瑞城。”说完后就在居间的草垫上深深稽首如仪。
足利义荣的父亲足利义维是在细川持隆的养育下度过少年时代的，又蒙获细川持隆的帮助以确保了平岛领地始终稳固。所以一直很感激细川持隆。而今，还没有完成其事业的细川持隆居然这样突然的被杀。想到这里足利义维不由得怒火上冲，当即回复道：“自做主张杀了细川持隆，做出这么不留余地的行为，现在这样说又是站在谁的立场呢？我不需要你的解释，还是快点回去吧！”
看到亲足利义维愤怒表情的如三回答说：“这似乎不是用情绪就可以解决的问题，请再慎重地考虑考虑。”并表示他将留在这里等待最终答复，足利义维却依然坚持并以驱逐相威胁，于是如三停止斡旋活动返回胜瑞城。
此事过后，足利义维暗自忖度，考虑是否离开三好家的势力范围迁居到其他地方，但是又考虑到自己的生母清云院作为人质现被软禁胜瑞城，有鉴于此，不顾母亲安危移往他国实在不足取，倒不如在平岛反可确保身家一门的安全。
而被平岛公方拒绝谅解的三好义贤，为了安抚众豪族，只好从细川持隆的儿子身上做文章了。被他立为细川家家督的六郎虽然是细川持隆之妾所生，但由于正妻无出而被立为嫡子。于是三好义贤对家臣们说：“之所以暗杀主君细川持隆公，支配阿波全土，实在是不得已而为之，最初仅仅是意在自保罢了，但是众家臣中也没有一人切腹殉其于地下，这也说明持隆公之死是天运使然。我当优渥的照顾他尊贵的遗子六郎，使之接受良好的教育，将来我当以对待持隆公那样臣事之。”
于是三好义贤将真之带回自己府邸养育。嗣后不久，细川家臣佐野丹波守以讨伐暗杀故主君持隆的奸贼三好义贤为名义起兵复仇，并得到了以芝原城主久米义弘为首的一批有力武士的支持，但很快败落，佐野丹波守、久米义弘等相继战死，三好家在阿波的统治更加强固。天文二十二年（1553），为了帮助兄长三好长庆在畿内的政治活动，三好义贤再次渡海并击破了河内的传统势力畠山尾張守衔高政、安见直政（宗房）等。不久返回阿波至此，阿波国当地豪族反抗三好家的情况已经不再存在。但平岛公方一直对此冷眼旁观。
在细川持隆谋杀事件约一年半左右经过，公方足利义维生母清云院因过分思念其子。于天文二十三年（1554）三月十六日病逝于胜瑞城，足利义维取回母亲灵柩，将其埋葬于平岛足利一门的菩提寺西光寺中，举动得礼，尽致哀衿之情。
后来，阿波公方全族齐集西光寺，为清云院殿一周年忌奉上供养。也为吊唁细川持隆及其家臣而举行了规模盛大的法会，并以清云院殿。义稙正室冷泉局，亡故家臣荒川民部少辅，富永丰后守等的名义，向西光寺寄进平岛中洲川约三反左右的田地。
足利义维在母亲的法会结束后。向胜瑞城的三好义贤送去口信说：“昔日我曾受其恩义的细川持隆现已不在人世，而母亲又不幸亡故，至今已逾周年，我已不想再留在阿波这伤心之地。现在愿离开阿波到妻子的娘家去，依靠