在接下来的几分钟里，对于共和海军来说简直就是一场灾难，不断地有俯冲轰炸机和鱼雷机闯进舰队的防空圈中，投下炸d弹和鱼雷，处于舰队最外层的一百多架战斗机左支右绌，大部分都被对方的战斗机给纠缠住，只有大约五十多架战机在奋力拦截从高空或是低空接近的敌人机群。
整个舰队的队形一片混乱，几艘受伤的军舰拖着长长的烟迹在海面上转着弯，尽可能地躲避袭来的鱼雷，作为屏护的战列舰和巡洋舰也阵势凌乱，象无头苍蝇似的在海面上乱窜。舰队上空炮火炸开一团团的黑烟，猛烈地对着天空进行射击。
为了躲避轰炸和鱼雷，“吉林号”航空舰在海面上整整转了一个大圈，当它再次调整航向时，已经被整个舰队甩到了10海里之外，与为其护舰的巡洋舰和驱逐舰一起形成了一个小的防卫圈。
敌人的飞机在舰队上空肆虐着，舰队的防空火力可阻挡不住高速机动的战机群的攻击，等到共和军的战斗机群再返回到舰队上空时，近百架敌机已经完成攻击，正在高速地摆脱逃逸。在数分钟之内，旗舰“黑龙江号”又被命中两枚航弹和三枚鱼雷，三条鱼雷全部都打在了右舷，这艘标准排水量近50000吨的重型战舰舰全倾斜，甲板上到处都是一片大火。
“河北号”的情况更严重，这艘“天津级”航空舰在这波袭击中只被命中一枚航弹，但却挨了5枚鱼雷，最主要的是动力舱被炸毁，只有靠着备用柴油机在缓慢地行驶。
“绥远号”受到重创，它挨了两枚鱼雷和一枚航弹，但甲板上的大火已经被扑灭，经过紧急修理后，勉强还可以使用。
另外担任护卫的“恒山号”、“长白山号”战列舰也都挨了两枚鱼雷，两艘战列舰是替航空舰而硬挨了几枚鱼雷。若是没有它们的阻挡，恐怕两艘航空舰只怕现在已经凶多吉少。“齐齐哈尔号“防空巡洋舰在规避鱼雷时与“伊春号”驱逐舰撞在了一起，“伊春号”驱逐舰被撞沉，“齐齐哈尔号”舰艏也被撞掉，受到了重创。
另外。“赤塔号”巡洋舰和“漠河号”驱逐舰也都受了伤。海面上一片狼藉，到处都是油污，军舰拖着黑烟，消防人员正在奋力地扑灭大火。
“黑龙江号”的机库里蔓延着大火。整个飞行甲板都已经变形，王崇文大将和舰队的参谋人员被转移到了“长春”号巡洋舰上，整个舰队的指挥权暂时移交到了“吉林号”上的第12航空舰队指挥官方春霖少将的手上。
两艘受创严重的航空舰上的飞行人员开始撤离，只留下舰员、损管人员和消防队员，对军舰进行拯救。两艘航空舰的边上。各有2艘驱逐舰和2艘护卫舰，这些军舰用高压水枪向航空舰上喷洒着水柱，帮助它们灭火，其中的一艘驱逐舰还负责向航空舰上的消防设施提供电力。
程耀恒带领东海舰队的主力匆匆赶到战场，虽然他的舰队离王崇文还有三百多海里，但斯普鲁恩斯的第5舰队却进入到了东海舰队的攻击范围，程耀恒的出现，挽救了北洋舰队的命运。
斯普鲁恩斯正在准备下一波的攻击，当他向西南派出的侦察机报告说发现增援的共和舰队后。这位海军少将果断地放弃了攻击，命令舰队全力向东南方向后撤。在两次攻击行动中他已经损失了三分之一的轰炸机和大约一半的护航战斗机，如果按照尼米兹的命令再次给中途岛附近的共和舰队进行攻击的话，很有可能在共和舰队的攻击中毫无还手之力，遭受重大的损失。
稍稍让王崇文感到欣慰的是对金凯德舰队发动攻击的航空兵发回电报。共和军对敌人的攻击十分有效，由于攻击时金凯德的舰队正在忙于回收战机，他手上的四艘航空舰都受到了不同程度的攻击，其中“胡蜂号”和“大黄蜂号”受到重创。
11点30分。代理指挥的方春霖少将下令整个舰队向西南方向程耀恒大将所在的方位退却，由唯一还能够作战的“吉林号”航空舰负责断后。整个舰队开始向后退出战斗。
“河北号”受到的损伤最为严重，大部分锅炉已经停止工作，航速已经降到了6节，虽然火势已经得到了控制，但整个舰体倾斜严重。在经过重新评估后，王崇文下令弃舰，因为整个舰队目前还处在危险当中，如果是在正常情况下，这艘航空战舰还有一些挽救的可能。军舰上的人员开始撤离，但这艘战舰依然顽强地浮在水面。
在搜救完舰上的幸存人员后，王崇文大将下令“珲春号”号驱逐舰向这艘航空舰发射了四枚鱼雷，最终将其击沉。
黄昏时分，受到重创的北洋舰队与程耀恒率领的东海舰队会合，两支舰队一起向关岛方向退却，总参谋部下令放弃了失败的中途岛战役，舰队开始返航。
王崇文转移到了程耀恒大将的旗舰“青海号”航空战舰上，从侧舷登上“青海号”甲板上的海军大将神情显得有些沮丧，自己指挥的一场海上战役以失利而结束，而且还损失了一艘航空战舰，放到谁的身上都会感到不高兴。
不过，到了半夜，在夏威夷群岛一带活动的潜艇部队却传回了一个好消息，他们向在海战中受伤的金凯德舰队发