于孝天当然不光是在科举考试方面进行改革，他在进行科考制度改革的同时，也令人选择了相当多的实用的书籍，令工部大力刊发，印制出大量的书籍，然后发放到各地供学子们购买阅读学习。
这些年来于孝天在福建和台湾隐伏期间，就通过各种手段，从西方弄来了不少各学科的书籍，翻译过来进行了印刷，供给当初他在台湾等地设立的学校以及学生们学习之用。
现在孙元化被他从淡水弄回到了京师，在六部之外，又成立了一个教育部，直接把孙元化委任为了第一任教育部部长，独立于六部之外，专司负责教育方面的事情。
原来的京师国子监和南京国子监则都归入教育部之下，专司培养有用的学生，原来国子监之中的学生，择优留用，其余的遣散回乡，从福建和台湾等原来他成立的各种学校之中，录取了一大批年轻学生入国子监进行深造。
而国子监之中教学科目，也进行了大幅度的改制，取消了大量以前所学的东西，重新开设了很多课程，其中既有几何代数又有一些机械、化学、物理方面的学科，还有行政管理等学科，所学的东西比之以前国子监设立的科目要丰富很多倍。
至于师资方面，由孙元化负责寻找，他的三个儿子在很多学科方面，都有很深的造诣，全部进入国子监任职，称之为教授。
另外一部分以前在台湾各地传教的有扎实学问根底的传教士，也被特准移至国子监之中任教，特准他们在监管之下，教学之余，在京师和南京两地建立教堂进行传教，同样要求不得他们在国子监对任何学生宣传他们的教义，否则的话便将其逐出中国。
教会方面得知消息，高兴的屁颠屁颠的，因为他们长期和于孝天合作，发现于孝天并不十分抵触他们传教的事情，算是一个亲教分子，虽然他拒绝入教，也决不许任何家人军人入教，但是却一定程度上允许他们在地方传教，虽然要对他们监管，设定了很多规矩，使得他们无法敞开了传教，但是这已经让他们相当满意了。
现如今于孝天登基称帝，成了大中国的皇帝陛下，有这么一个亲教的皇帝支持，他们认为以后在中国传教，将会是一帆风顺的事情，所以对于于孝天的要求，他们绝对不敢不答应，倾其所有想尽办法从欧洲搜罗具有相当高学识的教士，前来中国传教，并且在国子监之中兼职任教，传授各种他们所学的知识。
甚至于于孝天对教会提出，连带一些被教会认为是异端学说而准备加以迫害，甚至已经准备处死的一些学者，他也要，将他们尽数送来中国，于孝天可以开放更多的地方，供他们建立教堂传教，换取这些异端学说的学者，至于这些人来到中国之后，将会给予丰厚的待遇，提供足够的资金供他们研究。
特别是有关航海学、机械学、天文地理以及化学、医学方面有建树的学者，更是欢迎他们前来中国进行继续研究，于孝天特意在他私人的小金库之中，拨出大笔资金，交给教育部方面，专司提供给这些愿意到中国来继续进行研究的学者使用。
当然只设立两座国子监是根本不够的，于孝天所推行的治国理念和前朝历代都不相同，现如今他随着社会的发展，会强力推动各种社会分工的细化，随着社会分工的细化，对于行政管理者的需求数量也会显著提高，今后各行各业都需要大量的专业人才。
这就需要教育先行，培养出更多的读书人，而不是像以前那样，只有社会上少数人才能读书，而是逐步要普及教育，提高全民素质，让越来越多的人能学到新的东西，直至最终做到全民教育普及。
而且以后像工商业方面的发展，对于技术工人的数量会需求越来越多，全都是文盲肯定会制约发展，他想要工业发展进程加速，就要让更多的工人在生产之中，对于生产技术知其然而且还要知其所以然，不能全都依靠他一个人开金手指，把后世技术移植过来，一旦有朝一日他驾鹤西去，那么很可能会造成工业机械技术的停滞。
所以他需要更多的人进入到研究领域之中，去琢磨去探索，去研究各种学科的知识，掌握其中的精髓，然后学会创造，这样才能使得中华民族始终站在世界科技领域的最前沿，才能始终控制着世界的脉搏，成为世界霸主。
一旦要是不重视教育的话，那么别看现在他干的热火朝天，但是铁定会造成科技发展缺乏后劲，所以现在他对教育方面的投入，可以说是在干百年树人的事情，在他有生之年，培养出越来越多的科技人才，就算有朝一日他驾鹤西去，那么这些人就是他留给这个民族的最大的遗产。
所以他绝不会满足于仅仅改造两座国子监，建立两座新式的大学就满足了，故此在教育方面，他开始在各省推行新的教育方式，以国家投入，在各省条件较好的府一级地方，先行建立起一座义学，就是由国家地方一起投入，招收寒门子弟入学，当然也不回避那些贵族的弟子，只要入学考试通过，都给予录取。
课程方面，也先以国学和数学为主，期间穿插传授一些自然科学方面的知识，自然科学之中也涵盖了基础的地理、