万历六年九月初八，皇长女出生，朱翊钧十六周岁上就做了父亲。对于上辈子并没有孩子的他来说，这是一种极新鲜的体验仿佛自己又长大了一次一般。
其实按照他最初的想法，最好是等十八岁大婚并且生子，给天下万民做一个晚婚晚育的表率。但是随着他对大明帝国的了解逐渐深入，就越发觉得不能将亲政的日子推到三年之后；而张居正在原时空的寿命，也让他感到时间紧迫，因为从治政能力和威望来说，张居正都是启动并推动变法的不二人选。至于晚婚晚育榜样的事儿可由潞王和公主们代劳。
朱翊钧对于皇后是心存愧疚的。一方面在庄静嘉心智不成熟的时候让她进入了深宫；另一方面，在庄静嘉身体没有发育完全的时候，为了让她在自己突然驾崩后取得皇太后的身份，继续推动改革，他还让庄静嘉怀孕了。
为策万全，朱翊钧一年来让医学院深入研究妇女生产技术。医学院没有受她启发，就发明了产钳等助产工具。也在积累了一些手术经验后，试着对放弃希望的难产妇做侧切手术和剖腹产手术。
即便在穿越者直接传授了感染知识的前提下，因为麻醉和消毒手段的落后，侧切术成功率不到七成，剖腹产手术成功率也刚到三成。
在民间，医学院治疗难产的名声已经如同神灵一般。但对于朱翊钧来说，这可怕的成功率和送死没什么区别。无奈之下，在庄静嘉临产时，他竟然拨银子款，安排人到各处祈福。两宫也日日念经祷告，祈祷皇后顺产。李太后还专门下懿旨，把在五台山的紫柏和憨山两位高僧召来，在宫中举办法会祈福。
也许是神灵关照，也许是朱翊钧让皇后加强孕期锻炼起了作用，庄静嘉顺产一个女孩，并未用上医学院的手术室。尽管没有生出儿子，但对于大臣们来说，皇帝皇后的生育能力得到了证明就足以让他们上表祝贺，有些蛋疼的同时要求皇帝在后宫不要继续专宠，以求广种丰收。
在李太后多次警告，陈太后屡次劝谏下，朱翊钧答应两宫，皇后再次怀孕后，他将宠幸其他嫔妃，以广子嗣毕竟产后抑郁这类事情在后世散布的到处都是，他还想和庄静嘉白头到老，因此更要慎重些。
皇长女出生后，并未起名，满月后就册封为荣昌公主。荣昌公主的诞生，也让后宫其他嫔妃无比眼热。朱翊钧连续发落了几个引他在御花园、西苑等处“偶遇”嫔妃的身边人，才保住了对庄静嘉的“临时忠贞”。
庄静嘉对皇帝的专宠一方面很是陶醉，另一方面也压力山大。朱翊钧为了打消她的顾虑，只好告诉她自己希望皇长子也是嫡子对两宫他也是如此解释的。
皇帝能在皇后怀孕和生产期间忍住下半身的冲动，也刷新了大明宫廷人士的三观。李太后对比自家夫君，酸溜溜的跟陈太后抱怨，她中出了一个异数看看世宗和先皇的模样，简直不敢相信皇帝是世宗的后人。
在皇宫内做法事的憨山和尚，是慈圣太后较为欣赏的出家人之一。
有明一代，佛教的发展和太祖颁布的宗教政策密切相关。太祖本人当过一段时间的和尚，对佛教管理中存在的弊端非常清楚。他建极以后，认为佛教既有消极的一面，也有重要的辅政作用，因此对于佛教是管理、利用相结合至于他本人，广造杀业的时候可没有受到佛法的一丝一毫的影响。
出于便于统治和愚民的目的，并尽量减少佛教对生产生活的负面影响。太祖在佛教的推广和管理上制定了细密的宗教管理制度和措施注1。
这些制度和诏令对中国的佛教发展起到了决定性的作用。有明一代，佛教在中国的发展既没有像满清和后世那般泥沙俱下，鱼龙混杂；也没有像在灭佛的朝代中那般，被打压的无处容身。一直不温不火，处于一种健康状态。
虽然嘉靖时期，佛教因为皇帝崇信道教受到了巨大的冲击，但隆庆帝信仰佛教，并在登基后纠正了嘉靖崇道灭佛的政策。至于他的两位妻子，则崇佛到了痴迷的地步。尤其是李太后，原时空她的崇佛活动，直接在晚明时期让佛教兴盛到了隋唐之后的最高峰。
在隆庆六年，刚秉政的慈圣太后会同冯保、国公朱希忠等权贵，向皇姑寺布施了一口大钟。皇姑寺历来与崇佛的明代宫廷关系密切，李太后布施大钟实际上是向天下展示了当政崇佛的风向标。
李太后带头之后，立即在本就有一定佛教基础的天下掀起了崇佛的风潮。“京师内外，多置梵刹，动费聚万。”朱翊钧穿越过来后，将李太后用内帑修造梵刹的兴趣转向了蒙古、宁夏和西藏等地。但汉地权贵为了巴结慈圣，布施寺田、金银，远超内帑在边地的投入。
万历二年，礼科给事中梁式题禁左道三条，其中言：“今各处大小寺院庵观，不可计数矣淫祠煽惑于民风。”又言“异端粉饰声容以诳惑愚俗，未有如今日之盛也。”若不是朱翊钧拦着，李太后恨不能宰了他。
李太后对给事中可以喊打喊杀，但对张居正就不敢这样了。作为套着儒家皮儿的法家门徒，张居正是绝对意义上的无神论者。
在张居正的支持下