樱田纯从二十年前, 他和雪华绮晶的初遇开始讲起。
雪华绮晶，蔷薇少女第七人偶，象征物为白蔷薇, 因不需要实体、箱子、蔷薇圣母和人工精灵却有强大力量，而区别于其他蔷薇少女人偶。
机缘巧合之下, 雪华绮晶和蔷薇少女们从隔壁「蔷薇少女存在的世界」，来到了樱田纯所在的「蔷薇少女不存在的世界」。
经过一系列的战斗、误会和纠葛, 雪华绮晶没有选择和其他蔷薇少女人偶一起回到隔壁平行世界, 而是认定了樱田纯为自己的主人，留在了他身边。
受限于这个世界“蔷薇少女不存在”的世界规则, 雪华绮晶只能在N之领域——也就是樱田纯的梦境世界中存在，即使樱田纯为雪华绮晶制作出了匹配的人偶身体，她也没办法在现实世界中获得实体。
所以这些年来樱田纯一直在寻找让雪华绮晶获得实体的办法。
只可惜收效甚微。
直到三年前，樱田纯意外得到了一颗蓝宝石, 会在月光下发出红光。
他能够感觉到宝石中所蕴含的无穷生命力, 和为蔷薇少女们提供生命和能量源泉的蔷薇圣母的能量内核极其相似。
樱田纯有种强烈的预感，这块蓝宝石，很可能是让雪华绮晶获得实体的关键契机。
接下来的事态发展, 基本上如同樱田纯所预感的那样, 雪华绮晶在吸收了宝石的力量后获得了实体, 拥有了行走在阳光下的机会。
唯一出乎意料的是，在雪华绮晶吸收宝石之力后，直接红光大盛, 给他们换了个世界。
樱田纯：“......”
怎么突然就穿了？他家真希还在原本的世界啊啊啊！
樱田纯站在陌生的米花町, 崩溃地抓乱了自己的头发，再也不见平时人偶大师沉稳庄严的形象。
从此，樱田纯和雪华绮晶主仆二人走上了寻找回家方法的漫漫长路。
期间他们走了不少弯路, 还被一个组织成员都是动物的组织发现了蔷薇少女人偶的秘密，不得不和对方虚与蛇委。
凭借雪华绮晶的能力，樱田纯不知不觉就混成了组织高层，获得了一个稀奇古怪中二气息十足的代号“Dragon”。
这个单词意味着“龙”，也指“大型蜥蜴”。
樱田纯：“......”
樱田纯表示嫌弃，但最后还是捏着鼻子认下了这个代号。
因为呆在动物园组织，他能得到有关这个世界的“潘多拉宝石”的一手消息。
是的，随着探查到的消息越来越多，樱田纯意识到他之前得到、现已被雪华绮晶吸收的宝石，就是“潘多拉”。
潘多拉，传说中的生命之石，由一块蓝宝石和一小块红宝石复合而成，外观上看起来是蓝宝石，却能在月光下能折射出红光，蕴含着无穷的生命力和能量内核，可以为人偶提供生命和活力，也能使人类延年益寿、甚至长生不老。
每个世界有且只有一颗潘多拉。
樱田纯想，既然当初他们通过他们世界的“潘多拉”穿越到了这个世界，那么这个世界的“潘多拉”，很可能就是他们回家的穿越通道，他们必须要找到潘多拉。
这一找就是三年。
——在这期间，樱田纯意识到他们是穿越到了名侦探柯南的世界，想到樱田真希整天念叨的警校五人组，有尝试过去救唯一还没有牺牲的伊达航。
只可惜他本来就不太了解柯南的剧情，冥冥之中又有剧情之力在推动，伊达航最后还是被剧情杀了，樱田纯只来得及救下准备殉情的娜塔莉，借雪华绮晶之手送给她了一只和伊达航长得很像的人偶。
娜塔莉看到拥有生命的蔷薇少女人偶，在雪华绮晶有意无意的误导下，萌生了伊达航可能会在人偶身体中复活的希望，于是带着伊达航人偶回到了北海道老家，过上了工作养人偶的平静生活。
这便是娜塔莉成功脱离死亡结局的原因。
再说回“潘多拉”。
为了获取潘多拉的相关情报，樱田纯一直卧底在动物园组织卧底，并在三个月前真正发现了潘多拉的踪迹，比动物园组织更抢先一步，得到了这个世界的“潘多拉”。
而当两枚潘多拉宝石同时出现的时候，樱田纯一瞬间窥探到了世界背后的运行轨迹——两枚潘多拉所代表的两个平行世界，正在进行世界融合。
原来，不论是樱田纯原本的世界，还是现在穿越过来的世界，其实都是从动漫衍生而来的、有缺陷的世界。
蔷薇少女和蜡笔小新世界的组合世界，不但有滞留在此的第七人偶雪华绮晶，还要接连不断遭遇外星人入侵和地球危机。
柯南世界则是以米花町为重灾区圆心杀人事件频发，子弹与炸弹齐飞，四季年月日时间陷入混乱。
为了避免世界彻底陷入无法挽救的混乱，两个选择世界融合自救，通过融合来互相弥补各自世界的致命缺陷。
当然，世界融合并不是一件简单的事，需要两个世界身负大气运的主人公们之间产生接触，双方的联系越紧密，世界的融合进度也就越顺利。
于是潘多拉宝石作为促进两个世界融合