正德16年6月17日。
朱厚熜下旨，让督察院左都御史石珤负责此案。看看王邦奇弹劾杨廷和的事情，是否属于诬陷，又或者弹劾的事情是真的，要求督察院清查。
6月18日，仅仅一天之后督察院左都御史石珤上疏调查结果。
王邦奇等人，俱是此次清理冗员当中，被裁汰或者是降级的锦衣卫。这些人不忿自己被裁汰，或者降级，因此污蔑内阁首辅杨廷和。弹劾的所有内容，全部都是诬陷。
其实说白了就是，一群其软怕恶之徒。
开始的时候，被裁汰，他们也不敢说什么。毕竟这是杨廷和一手主导的，石珤这个左都御史亲自清理的，他们这些小人物也不敢和杨廷和对抗。但听到朱厚熜批驳廷推之后，外面到处都传朱厚熜不满杨廷和，准备清理前朝首辅杨廷和的消息。消息是越传越广，而且越传越像是那么一回事情。
都表示朱厚熜这个新皇不满正德朝老臣，特别是不满杨廷和。
因此他们这些人就装着胆子，弹劾了杨廷和。
当然事情也没有这么简单。是因为现在清理冗员和清查庄田，已经开始涉及到权贵利益，得罪人无数。这些人想要看看朱厚熜的态度，也想试探一下朱厚熜是不是真的想要处理杨廷和。
所以找了这些人作为旗子，弹劾了杨廷和。在这里面使劲的，有勋贵，有外戚，还有一些失势的内官。他们都在这里面兴风作浪。
最后参与弹劾的就变成了十来个人。
石珤在最后表示，此等奸佞之徒，除了吃国家财政，对于朝廷没有任何的用处。是朝廷绝对的蛀虫。要求朱厚熜严惩这些人。而且要求朱厚熜再次清查锦衣卫衙门，看看锦衣卫这边到底有多少这样只知道领钱，却不干活，还在影响国家政策的混账东西。
只要皇帝同意，石珤愿意再次清查锦衣卫荫封的问题，以及旗校泛滥的问题。石珤其实已经奉命清理过一次锦衣卫，但主要是清理了工匠泛滥的问题，以及旗校冒领的问题。主要是锦衣卫有不少旗校名单，但其实没有这个人，也就是说都是吃空饷的。
说是锦衣卫，其实也包括东厂。
因为东厂指挥的一些人当中，也有大批都是世袭锦衣卫。只不过拨给了东厂，成为了东厂的人。都在石珤清理范围之内。不管是东厂还是锦衣卫，吃空饷的情况非常严重。石珤把这些空饷名额，全都清理出去。
但还没来得及大规模解决那些荫封的锦衣卫。
现在石珤要的就是这个。
光是清理工匠，还有旗校冒领的问题怎么够。大明朝成立至今，皇帝不知道荫封多少世袭锦衣卫。不要说是世袭的普通锦衣卫旗校，就是往上百户、千户也有一大堆。甚至往上还有一大堆的指挥同知、指挥使这样的世袭官位。皇帝高兴的时候，荫封一些几岁的孩子为世袭锦衣卫指挥使，都是非常普遍。
为什么明朝中后期开始，锦衣卫指挥使身上都要有后军都督府的职位。就是因为荫封的锦衣卫指挥使太多，光是一个锦衣卫指挥使，在锦衣卫不是官位最高的。
这些荫封的锦衣卫，和卫所的世袭锦衣卫不一样。卫所的世袭锦衣卫，他们是需要到锦衣卫干活的，也就是说他们是锦衣卫后备役。但荫封的世袭锦衣卫，那都是不干事光拿朝廷薪水的。对于他们来说，世袭锦衣卫职位，就和大明朝的爵位一样。从开国开始积累到现在，荫封世袭锦衣卫非常多。这样的人比干活的锦衣卫人数还要多。石珤是请求朱厚熜，把这些人统统处理掉。
这个真是石破天惊。
因为这个世袭锦衣卫职位和爵位一样，都是朝廷奖赏功臣后人的。你要是清理这些人，那么怎么都说不过去。毕竟这都是他们的祖辈用功劳争夺的。
但清理了，对于朝廷绝对是好事情，不知道每年都能节省多少钱。
不过这个不能是朱厚熜这个皇帝说出来，因此批示：交由内阁讨论。等内阁讨论之后，票拟要清查荫封的世袭锦衣卫职位，朱厚熜再批示同意，那么可以减轻自己这边的压力。所有的压力会转移到内阁那边。
那么多的荫封的世袭锦衣卫朱厚熜管不了，但对于王邦奇他们直接批示，全都抓进去。继续调查，看看他们背后有没有更大的主谋。
这是朱厚熜给杨廷和的台阶。
看看皇帝都已经把王邦奇他们抓了，杨廷和你该表态了。
6月19日，杨廷和上了一份奏折。
在奏折当中，杨廷和辩解，表示自己非欺皇上年幼，也非是逼宫。只是一时未能接受弹劾当中的指责，所以才闭门思过。经过这些天的反思，杨廷和已经明白，此次事情自己的不冷静，带给朝廷的混乱，辜负了皇帝的信任。对于这一点杨廷和感到深深地歉意，感到深深地愧疚。已经明白这一次的事情，自己有很多做错的地方。
杨廷和在奏折最后当中，请求皇帝宽恕自己的任性之举。
朱厚熜在这封奏折上，直接表态，自己理解杨廷和的委屈。表示杨廷和乃大明