萩原研二醒来之后, 立刻就被松田阵平抓去办公了。就算他躺在床上哀嚎自己是个病患，松田阵平也冷酷无情地说：“只要手还没有断掉就来给我写报告。”
降谷零和诸伏景光还要解决那些“闻着味道追逐过来”的其他违法组织，他们借着黑衣组织的线拔除了不少日本的社会蛀虫, 甚至因为在深挖组织势力时和FBI产生了冲突。
而九十九清祐——
在被科搜研找上门的时候，九十九清祐正在和秋谷一起坐在房间的地上打电动。因为惹得九十九大人生气了的秋谷被迫在游戏中挨打, 却因为不知道哪里来的天赋而一不小心赢了太多次。
秋谷正沉思着自己是不是一直走错了人生的道路, 就被九十九清祐赶去了开门，九十九清祐趁机给他选择了一个最难操作的角色并且下定决心这次一定要赢。
“九十九大人……”秋谷却带着上门拜访的人进到了房间里来，欲言又止。
“什么啊。”九十九清祐不是很有耐心, “秋谷先生要是有客人拜访就赶紧认输啦，认输了就可以结束比赛了噢。”
“但是, 九十九大人，他们是来找你的。”
“诶？”九十九清祐仰起头，倒着和来人对上视线。
穿着正装的中年男性笑眯眯地看着他，打招呼道：“九十九君, 久仰大名。我是警视厅刑事部科学搜查研究所的大须进。”
站在他旁边的是一位目光犀利的戴眼镜的男子。那位男子推了推眼镜, 也自我介绍道：“九十九君，我是科搜研的泉本武。”说一句话的工夫，他又推了推眼睛, 好像是想要借此动作掩饰自己的表情。“不知道你还记不记得我。在进入到科搜研之前，我在清本研究院工作过一段时间。”
——
关于清本夫妇, 因为清本研究院还有几位研究员健在, 所以调查起来并不太吃力。
组织的BOSS似乎为了“永生”和“控制日本”这两个目的而想尽了一切办法，清本夫妇还在世时, 研究的方向就是九十九清祐所做的“控制思维的脑磁仪”。只不过他们的初衷是想要做出一个能够读取植物人思想活动、帮助植物人与人交流的机器而已。
组织想要吸纳清本夫妇, 但是清本夫妇看出了他们掩藏在假面下的黑漆漆的欲|望, 坚决拒绝了脑磁仪的研究。
BOSS因此而震怒, 却实在不忍心放弃他们两位距离成功最近的研究员。
清本研究所内有人因为巨大的利益诱惑而向组织投诚，答应偷取研究所的研究机密以换取钱财和地位。组织便凭借着那些偷取来的资料而在清本夫妇的研究基础上重新组建了一批研究团队进行脑磁仪的研究。
恰巧那时正在大规模地进行卧底清扫的工作，被发现的卧底就被送给了这个研究团队做人体实验。
在已有的研究基础上进行完善看起来是件很简单的事，但是实际操作起来却十分困难。没有一次实验是成功的，所有“试验品”全都因为放射性辐射而痛苦地死亡，没有人被成功地控制哪怕一秒钟的思维。
死去的人被埋藏在清本研究院不远处的地底，也就是十八号研究所后来建成的那片区域。
科搜研想要招揽九十九清祐，破格录用高端技术人才作为特殊警备力量这件事在警视厅并不是没有先例，更何况九十九清祐在清除黑恶势力中起了不小的作用，有公安部的那位帮忙做保证，没有人反对招揽九十九清祐的建议。
唯一不和谐的声音大概也就是科搜研的几位心高气傲的警官们所说的“我倒要看看他这个十七岁的小屁孩有什么本事”了。
但是……
“才不要呢。”九十九清祐用看笨蛋的眼神看着大须进和泉本武，“公务员每天定时定点的上班、处理一大堆的文书工作、被上司压榨被同事排挤、一板一眼的一点都不知道灵活变通、犯了错还要写一万字的检讨书，笨蛋才想当公务员呢！”
大须进依旧笑眯眯的，并没有被九十九清祐冒犯道。“可是，九十九君的那几位朋友，就是‘笨蛋公务员’，并且他们为了让九十九君成为‘笨蛋公务员’而做了不少努力呢。”
九十九清祐的气势被削弱，却还在不服输地嘟嘟囔囔地小声说：“才不要当笨蛋公务员呢。”
“啊，秋谷君好像也是‘笨蛋公务员’呢。”笑眯眯的大须进继续笑眯眯地说。
秋谷干笑着擦了擦额头的冷汗，感觉脑中都是“笨蛋公务员”几个字来回地转悠。
九十九清祐瞪大了眼睛。“糟糕，被‘笨蛋公务员’包围了”，他的脸上写着这么一句话。
大须进给了泉本武一个眼神，泉本武适时地做出退步说：“九十九君暂时不想加入科搜研也没有关系，这只是我们的一个建议而已，最重要的还是九十九君本人的意见。但是，从我个人的角度说，我非常希望能和九十九君谈一谈以前的事。清本夫妇曾经帮助过我很多，我想和九十九君谈一谈——关于清本夫妇的事。”
“