哀帝兴宁二年（364）始,杨羲、二许（许谧、许□）制作上清经及“真□”(即所谓老君亲授之语)。其后。梁陶弘景(456～536)在此基础上撰《真诰》。遂建立道教中的上清派。上清派既重视诵经、修功德。更以存神为主。认为使百神守身。可长生不死。飞升太清；并主张简化修行方法。贬斥旧天师道的房中之术。东晋末。葛洪孙葛巢甫又制作灵宝经。刘宋陆修静(406～477)“更加增修,立成轨仪”,建立了道教中的灵宝派。灵宝派受上清派影响较大。但也有重符□科教、重劝善度人、修行方法更简明易行等特点。因此广泛传播。
上清派和灵宝派都重视对道经的整理和分类。陆修静撰《三洞经书目录》,为最早的一部《道藏》书目。这一时期,出现了三洞四辅的道经分类法。三洞即洞真（上清经）、洞玄（灵宝经）、洞神（召劾鬼神之书）；四辅即太玄（洞真）、太平（洞玄）、太清（洞神）、正一（对以上六部的补充）。三洞四辅。是以后一千年所承用的道经七部分类法。又意味着经典的品级和修行的次第。也具有区别教派的含义。
道教在充实发展教义教理的过程中。大量引进了佛教的因果报应说、三世三界说。同时也吸收了儒家的封建伦理道德思想。陶弘景就曾极力主张“百法纷凑。无越三教之境”。儒、释、道应三家合流。
北朝道教改革的代表人物是寇谦之(365～448)。他受南朝灵宝派的影响。制作《云中音诵新科之诫》等经八十余卷。在经义经理方面无多创新。但寇谦之却明确声称要清整道教。除去五斗米道的三张（张陵、张衡、张鲁）之“伪法”、租米钱税及男女合气之术。严格斋戒礼拜。使道教组织更为严密。教规教义更为完备。经过他的整顿。道教更加适应统治阶级的根本利益。
南北朝道教组织形式的另一变化。是祭酒制的衰落、道馆的兴起及道官的设置。刘宋陆修静设立的简寂馆、崇虚馆。是正式见于文献记载的道馆。道馆在北朝称之为道观。隋统一后,亦改南朝道馆名为道观。道观一词,遂为历代沿用。道官的设置。始于梁。梁在中央设大道正。在州郡设小道正。大小道正往往即是道馆馆主。北周有司玄中士、司玄下士。掌道门之职。
经过南北朝在经典、教义、教仪、教规、组织形式等方面的改革。奠定了道教的基本格局。道教因而成为被统治阶级所崇奉和利用的宗教。
隋 隋文帝杨坚建立隋朝。道士焦子顺、张宾虽曾预言他当为天子。但杨坚幼年曾受尼智仙抚养。认为释氏的功劳更大。所以隋初佛教的地位又高于道教。隋炀帝杨广即位后。佛教和道教并重。很多道士得以方术进用。嵩山道士潘诞为炀帝合炼金丹。所费巨万。六年不成。杨广为晋王镇守扬州时。曾邀茅山道士王远知相见。以后炀帝至涿郡（今北京）,又召见王远知于临朔宫,亲执弟子礼。炀帝南巡扬州,王远知进谏不宜远离京都,炀帝不听。隋末农民起义军中的一支曾利用道教“李弘为天子”的预言。进行反隋斗争。
隋代继承南北朝的道教经籍。但搜集到的道书为数不多,计有经戒、服饵、符□等。合计三百七十七部,二千二百一十六卷。隋代道士讲经。以《老子》为主。其次讲《庄子》、《灵宝经》、《升玄经》等。
唐王朝建立后。道教的地位即升于佛教、儒学之上。从高祖以后。经太宗、高宗。除武则天一度偏尚佛教外,道教一直在持续发展,玄宗时达到了最高峰。道教的教祖李耳地位之尊。道教代表人物之多。道书编撰之繁富。可称盛况空前。道教文化已渗入上层社会精神生活的各个方面。此为道教最为辉煌的时刻。