期地方势力的兴起，寺社在瓜分土地上凭着特权，大幅度的拓展寺庙下辖的寺领。武装化的僧兵也是此时开始。
但是也有一个很重要的催化因素，那便是院政（天皇主动退位为上皇，以不受律令制度约束的状态把持朝政，将天皇架空），院政时期很多上皇会选择出家成为法皇。武士法皇下辖的寺院便会以赏赐的形式划给寺院城内庙产，或者通过分寺，将法皇管不到的庄园的管理、赋税等特权收归己有。
这也导致南都北领的斗争随着院政、摄关、天皇三者之间的斗争更加激烈。强横去平清盛，对方时南都北岭的寺社之争都束手无策。而以后火烧兴福寺更是将寺社势力推向了源赖朝一方。
当然源赖朝也没有亏待他们：大和守护。筒井家，便是寺社出身的大名。
平安后期，社会剧烈动荡，佛教格局也摆脱了只面向达官贵人的束缚，一些新晋的流派为了发展信徒，将教义加以简化，尽可能更多的吸引中低层的民众入教。
如禅宗、净土宗就是在这个时候从隔壁大宋传入日本，并在基层得以发扬光大。
而在战国时代大杀四方的净土真宗，开创者见真便是出自净土宗门下。他将门派教义简化到了极致。
净土宗是他力本愿。想要成佛，就要专心信仰，口念阿弥陀佛。其他修行靠外界力量，一般都是以佛珠，净土宗叫日课数珠，全部念完计数男的三万遍，女的六万遍，所以称为三万净土。通过不断念佛来操持信仰，才能往生极乐。
而净土真宗认为计数也是自力，想操持持戒的心，祈祷神佛满足以及愿望的心，诵经的心，总之一切都是含有自力，往生决定于信，只有信了本愿，才能往生，而且这个信也是佛给你的。你信阿弥陀佛的慈悲，只要有念佛的念头出来，你已经往生极乐了，不一定要念出来。
到了战国时代，寺社势力扎根越来越深。京都原有的教派之争会邀请附近的武家势力介入。（净土真宗在京都的本山山科本愿寺就被天台宗信徒和六角家联合摧毁，时任法主莲如只能远走北陆，在加贺走群众路线，这才有了后来一向一揆的崛起。）