内务部已经开始了搜集东印度群岛、马来西亚半岛等周边地区的情报搜集工作，所以这时候南海联邦所掌握的东印度群岛上的兵力部署恐怕比荷属东印度群岛总督知道的还清楚。
就在宣战的当天，封锁舰队就在爪哇海击沉了13艘排水量在500吨以上，悬挂着荷兰国旗的货船，为了避免误伤华人的船只，潜艇在攻击之前，都是浮出水面，用重机枪逼停这些船只后，经过鉴别才发起鱼雷攻击的。
由于荷兰人没想到南海联邦会因为这么一点小事就直接向荷兰宣战，所以他们并没有任何准备，在荷属东印度总督和荷兰国内的政客们看来，南海联邦之前的通告不过是联邦政府的一种态度而已，排华这个事情荷兰政府在东印度群岛已经做了200多年了，从来没有谁跳出来抗议过，所以他们对联邦这次的抗议也没当回事。
在南海联邦对荷兰宣战的时候，大部分荷属东印度群岛的荷兰官员和军官们也都没意识到这个宣战会和他们有什么关系，直到收到货船被击沉的消息之后，才忽然感觉出来，原来战争离他们是这么近。