徐州一战，叛军战死两万余人，投降十六万人，另有三万余人逃跑。所有的叛军头目不是被击毙就是被捉，唯独张献忠，这家伙贼精，他本来是在中军指挥战斗，结果将旗倒了之后，他立马带这手头几百老人就往北边跑了，结果竟然逃出生天，没被崇祯捉到。
中央军阵亡一千三百，战死连级以上军官七人。
二月二十三日，崇祯领兵回到了京城，随即下圣旨，裁撤除九边和云南外的所有卫所，将全国划分为四大军区，中央军区，包括北直隶和山东、河南，西北军区，包括山西、陕西、四川，西南军区，包括贵州、广西、广东、湖广，东南军区，包括南直隶、浙江、江西、福建。
原属于卫所的军户将被全部转籍为民户，土地则允许卫所的将领保留，当然，死掉的就被分给那些军户了。
军区之下再划分军分区，最终完全覆盖到全国。而原来的营哨包括被俘的那十六万叛军都将被中央军兼并，接受中央军的整编。
军官的俸禄也不再以职位的高低决定，改之以军衔来决定，新的军衔制度将代替之前的百户千户之类的世袭爵位，当然军衔是不能世袭的。
中央军更名为帝国陆军，脱离皇帝亲兵序列，重新划归兵部（后来又改到陆军部），这十万人将会分别驻守到四大军区，中央军区四万人，西北军区两万，西南两万，东南两万。崇祯计划，四年后四个军区加起来的总兵力要达到三十二万。
为了更好地达成训练效果，崇祯又将京城东西武学合并为大明陆军士官学院，他自己亲任院长，雷跃龙任教导主任，教员都是由雷跃龙从军中选出来的优秀军官担任，教材则是《步兵操典》、《纪效新书》以及三大兵法，当然，他们也得接受“广泛而深刻的政治教育”。每个军区都将要兴建一所分院，届时，所有团以上的指战员都要到军校中去进修。
由于明朝的海防都是由卫所承担的，至少名义上是这样，卫所被裁撤之后，为了不使海防空虚，崇祯决定将兵部拆分为海军部与陆军部，两个部都不设尚书，只有侍郎，直接对皇帝负责。
崇祯原本想让郑芝龙来做这个海军部左侍郎（之前朝鲜战争结束后，崇祯把郑芝龙的总兵给扶正了），但是郑芝龙再三考虑后还是推辞了，他深知自己的未来在海洋上，离了大海，他这条龙就蹦跶不起来。但为了顾及皇帝的面子，他把自己最小的弟弟，郑芝豹推荐给崇祯，崇祯却不敢用这个人，因为他不想造就一个海上的军阀，没办法，海军部左侍郎也只好空着，右侍郎则是李化熙（此人曾为天津兵备道、四川巡抚）。
海军方面，崇祯采取后世舰队防区的做法，建立三大舰队，分别是北洋舰队，驻地威海卫，提督杨成万，中将军衔，有船四百艘，总吨位三万；东洋舰队，驻地福州，提督是郑芝龙，中将军衔，有船一千四百艘，总吨位十二万；南洋舰队，驻地广州，提督沈有容，中将军衔，有船八百艘，总吨位九万。各舰队的标准编制都是五万人，二十万吨位，给了各舰队充分的扩充空间。崇祯还恢复了春巡与秋巡，以便扫除沿海海盗，保护航路。
为了便于统一指挥与决策，在海军部与陆军部之上。崇祯又恢复了枢密院，与内阁对掌大权。枢密院下设枢密正使一人，枢密副使两人，枢密院参知事六人。枢密使没有决策权，只有建议权，说白了，这个枢密院就是一个总参谋部，最后拿主意的还是皇帝。
枢密正使由内阁决定人选，皇帝批准后上任，第一任是魏云中，枢密副使与参知事由枢密正使确定人选。
最后，崇祯为了强化军事集权，还规定凡进入军机二部之官员，不得再转任它部，也就是说，只要进入了海军部或者陆军部，那么其他五部你就别想去了。
一系列的改革让所有人都忙个不停，一直闹到五月，才算理清了头绪。然而，大臣们中间却开始弥漫起一股悲观情绪，问沉闷担心皇帝被胜利冲昏了头脑，变得独断专行，又走了正德皇帝的老路，当然，他们更担心文臣的地位被武臣压过，虽然现在枢密院仍在内阁之下，但谁亦不敢保证，以后皇帝会不会一时兴起，把它们掉个。
不过崇祯现在可没功夫管这些，因为毕自严向他汇报了一些更有意思的东西。
“皇上，这是三个月来，央行的出贷报表，呈明显的上升态势，特别是最近这一个月，直接上涨了一百多万两，”崇祯看着毕自严的图表，点点头，“产业司调查后发现，这些贷款大都被用于兴建新的大型丝厂和布厂，但奇怪的是，市场上却找不到这些工厂生产的产品，微臣以为其中必有问题。”
“到处都找不到么？”崇祯有些狐疑地看着他。
“没有，全国各地都没有。”毕自严笃定的说道。
“那国外呢？”崇祯忽然想到一个可能。
“国外？”毕自严有些不可思议，一直以来，大明向外出口的都是丝绸茶叶瓷器，这老三件，生丝和布匹那是少之又少的，“陛下，这恐怕不太可能吧。”
“可不可能看过才知道，这样吧，朕让鱼监把这几