明廷遂下诏，给秦良玉加二品官员服饰，并封秦良玉为诰命夫人，封秦良玉儿子马祥麟为指挥使。
后来兵部尚书张鹤鸣也进言，说浑河血战能斩获敌人首级数千，实际上是石柱、酉阳两地土司的功劳，尤以秦良玉的白标兵为功大，建议朱由校厚待秦良玉家的家人。
天启皇帝朱由校于是下令赠牺牲的秦邦屏为都督佥事，子孙世袭，并且与陈策等人一同立祠祭祀，秦邦屏之弟秦民屏，则官进都司佥书。
天启二年，奢崇明兵变，包围成都，四川巡抚朱燮元传令秦良玉前去征讨。
当时各地的土司都贪图贼寇的贿赂，按兵不动，只有秦良玉击鼓西征。
秦良玉率军攻取新都，长驱直奔成都，将奢崇明击败，解了成都之围。奢崇明败走后，秦良玉率领秦民屏等攻克二郎关、佛图关，收复重庆。
朝廷于是授命秦良玉为都督佥事、充总兵官，并加封为夫人，授马祥麟为宣慰使，秦民屏为副总兵，秦翼明、秦拱明为参将。
授官后，秦良玉又收复红崖墩、观音寺、青山墩等贼军重要据点，奢崇明兵败自杀，秦良玉彻底平定奢崇明四川之乱。朝廷因功多次赏赐秦良玉金币。
崇祯三年，清军大举进攻，永平四城失守，皇太极进围京都。秦良玉率自家子侄秦翼明，奉诏勤王，并在朝廷财政困难的情况下，拿出家中的资产充作军饷。
崇祯皇帝朱由检十分感动，特意下诏表扬，并于平台召见秦良玉，赏赐秦良玉钱币牲畜酒水等，并赋诗四首表彰秦良玉的功劳。
自此之后，忠于明廷的秦良玉，深受崇祯皇帝的信赖，她手下的白杆兵，名扬天下，成为明末之时，朝廷相当倚重的一支劲旅。
由于流贼重新起势，鉴于东川形势危急，朝廷特下旨令，让秦良玉率领其部白杆兵一万人，从川南一带，东赴夔州府，守住这个最为重要的入川隘口。
本来，为了保证夔州有足够的兵力可用，阁部杨嗣昌还专门下令，让湖广总兵左良玉，也出兵协助守卫夔州，不料，此时的左良玉，已是完全的猖狂跋扈，成了谁也调不动的军头。对杨嗣昌的命令，根本就不听，杨嗣昌先后派了九次使者，去给左良玉传令，却皆被左良玉以各种理由推脱。
故现在，这夔州城中，仅有秦良玉这一部一万人的兵马守卫城池，再无其他的明朝援军。
罗汝才部率军进入东川后，秦良玉率军前往迎战，罗汝才不战而走，秦良玉追至马家寨，大破罗汝才，斩首数千级，秦良玉又率军追击，先后在留马垭、谭家坪北山、仙寺岭大破敌兵，将其首领东山虎斩杀，活捉副塌天，惠登相、逼迫贼将王光恩投降，并夺取了罗汝才的帅旗，罗汝才部因为此次战败，兵马大丧，只得北逃而去，投奔李自成，以为存身之计。
只不过，在大破罗汝才部之后，秦良玉部自已也损耗颇大，剩余兵力，只能固守夔州城，却再难出城迎敌。
故而张献忠在裹胁了数十万流贼后，其中可战兵力多达十余万人。志得意满的张献忠，率全军兵马浩浩荡荡前来进攻夔州府时，秦良玉除了在府城固守之外，别无他法。
崇祯十四年一月二十二日，张献忠属下数万兵马，将夔州城围得铁桶一般，遂后，在打造了足够的攻城器械后，立即开始攻城。
“快走，快走，他娘的，若是你们能成功厌炮，让八大王能顺利拿下夔州城，你们这些小娘们还能有条活路，不然的话，老子现在就捅死你们！”
在一众流贼军兵的喝骂声中，数千名光着身子的妇人，大声地哭嚎着，被身后如狼似虎，脸上挂着淫荡笑容的流贼们，用刀枪强逼向前，走向前面的夔州城。
这些光身的妇人，便是所谓的厌炮之法。
据迷信传说，让这些的赤露光身的妇人，站在敌军阵前时，可以让敌方火炮不能顺利发挥作用，不是哑火，就是打偏。
只要她们稍微行进得慢了一点，或是绊了脚，失了足，便立时被那些流贼军兵士，毫不留情地当场砍杀。
又是一个赤身光体的妇人，被石头绊倒，扑通摔倒在地。
旁边一名歪眉斜眼的流贼军兵，立刻一脸怒容地，提着一口钢刀就冲了过来。
“军爷，饶了我吧。我满脚水泡，实是难以走来，我不是不想给大军卖命攻城，实在是累得难受啊……”
这名妇人的哀哭之声，并没有获得这些残忍阴狠的流寇半点同情。
她的话还未说完，这个出口讨饶的妇人，立时被那个赶上来的士兵，一刀砍飞了脑袋。
妇人的头颅，带着飞溅的颈血，在空中划了一道弧线后，便骨碌碌地落在一个阴暗的角落处，再不动弹。而她无头的赤露尸体，则是软软地倒下，颈腔处还在不停地喷血。
见到这妇人被这般残忍杀死，旁边的妇人都吓蒙了，原本走得十分吃力的她们，纷纷咬紧牙关，继续向前艰难行进。
这时，另外一名流贼，从这名无头女尸处经过时，脸上却露出十分惋惜之情。