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不过爪哇护侨行动的后续影响极大，并不只是影响到了南洋华侨，既使是在国内，也造成了极大的轰动，并且给华东政府带来了巨大的声望，竟丝毫不亚于穿越者初到这个时代，击败八国联军。
这当然有宣传方面的功劳，护侨舰队出发以后，华东政府的宣传机器就全力开动，报纸、小册子、海报、演讲、表演等等手段全部用上，一方面介绍南洋华侨的悲惨历史，一方面又极力的宣扬护侨行动的重大意义，同时也不忘了黑清廷一把，这样华东政府全力维护南洋华人利益，保护南洋华人的光辉高大形像，和清廷无能、软弱，对南洋华人漠不关心形成了十分鲜明的对比。
不过归根到底还是近代以后，中国基本一直都是挨打受欺负的对像，而这一次居然主动出去保护自己海外民众，欺负别人，既使只是荷兰这样的小国，但也是以前从来没有过的提气事情，加上华东政府成立以来的一惯良好正面形像，自然赢得了大量的盛赞。
当然反对、指责华东政府目无朝廷、擅自妄为、挑起事端、引起外事纠纷等的声音也不是没有，由其是英国干涉之后，一度达到了一个小高峰，不少报纸都纷纷发言指责华东政府，唱衰的声音也大起，还有人预言英国干涉爪哇，华东政府必会弑羽而归，一度和赞扬华东政府的言论形成了平分秋色的局面。
不过人民军取得爪哇之战的胜利，而英国去一直袖手旁观，让赞扬华东政府的言论再次压倒了指责，而巴达维亚条约签定之后，指责的言论也彻底失去了市场，虽然大部份人都不懂条约中允许爪哇华人参政的条款有什么积极意义，但荷兰赔款650万英磅却是人人都懂，因为这是近代以来第一次有国家向中国赔款，尽管荷兰赔款的对像是华东政府而不是清廷。于是这顿时将华东政府、海外华人的声望推上了高峰。
而这时华东政府又十分巧妙的将指责的矛头引向清廷，大黑特黑，而且言辞十分激烈，甚致连“清廷不配代表中国” 这样的言论都出来了。而这时全国的舆论并没有在意海外华人这基本等于是反叛的言辞，毕竟这两个政府的行为对比太过分明，华东政府为了保护爪哇华人而派遣舰队，远赴重洋、浴血奋战，而清廷却是不闻不问，莫不关心，完全是一副麻木不仁的样子。因此那怕是清廷的死忠幻也不得不承认，在这件事情上，朝廷确实没有做好，起码应该在护侨期间，以朝廷的名议对海外华人的行为进行肯定，而在护侨行动取得成功以后，也应立刻对海外华人进行嘉奖才对。
于是清廷各地的督抚大臣，地方官员，士子文人，还有京城里的中下层官员们都纷纷向朝廷上拆子，要求清廷嘉奖海外华人，有些言辞激烈的人甚致建议清廷立刻重组军机，重用海外华人让他们执掌朝廷，主持新政，变法革新、富国强兵云云。
全国的舆论，也让清廷陷入了极大的被动中，而慈禧太后也后悔不己，因为当初李鸿章曾建议以朝廷的名议肯定海外华人的护侨行为，最好是明确授权，这样在名议上就成了朝廷命令海外华人赴爪哇护航，那么朝廷在表面上也说得过去，但当时荣禄离世，让慈禧太后的心绪繁乱，加上心里又一直厌烦海外华人，因此并没有采纳李鸿章的建议，结果李鸿章从此告病不出，不再理事，而现在局势居然发展到这一步，也是慈禧太后所始料未及的。