大蛇丸叛逃，自来也离开，掀起波澜巨浪，一股看不见的影响力从火影办公室辐射至整个木叶忍者村。
首当其冲的是波风水门，刚当上火影那几天，他充满干劲准备大展宏图。可是他很快就发现，以火影助理猿飞日斩为首，长老团转寝小春和水户炎门为辅的三人组，在他颁发命令时推三阻四。还有阴在暗处的志村团藏，和他掌控的根部置身事外，对火影的命令阳奉阴违。
一开始，水门不疑有他，认为是自己的经验不足，能力没有得到认可。但随着时间渐渐推移，水门才惊觉，他想的太美好了。
火影、火影辅助、长老团，猿飞日斩四人把控着木叶大权，将大大小小的权力瓜分地一干二净，驾驶这辆战车按照他们的想法冲锋陷阵。
波风水门接班成为新火影，猿飞日斩退位担任火影辅助，志村团藏被踢到长老团，木叶高层重新洗牌，又增加了一人，这意味着四人手中的权力要分出去一部分。
那么把谁的权力分出去呢？
答案是：没有！不可能！
权力是令人上瘾的毒药，好像让飞蛾献身的烛火。大家趋之若鹜，愿意为之牺牲一切，事业、名声、甚至生命。即便是最完美的圣人，手中握着权力，也会被私心腐蚀，堕落成魔鬼。
权力可怕且让人着迷，大权在握成为棋手掌控万千生死，这是多么可怕的诱惑。尝到了权力的美味，四人没有一个肯放手，于是乎……
水门被架空了。
连直属火影的暗部他都插不进手，更悲催的是暗部部长还是杜克的养父，水门念及同门情意，除了摇头苦笑别无他法。水门的性格决定了他是个合格的队友、合格的老师、合格的父亲、合格的护妻狂魔，但他绝对不会是合格的政客。
不过，大蛇丸和自来也相继离开，却让水门看到了一丝转机。两名爱徒相继出走，猿飞日斩一夜之间苍老了十年，伛偻消瘦的身子骨，脸上甚至出现了老人斑，昔年忍雄的霸气荡然无存。
也许是看破了名利，也许是老了丧失雄心壮志，猿飞日斩开始将手里的权力交替给水门，他尽心尽力做好火影辅助的本分，再也没有逾越。甚至还帮助水门打压两位长老，给水门收回了不少权力。唯有志村团藏，在权力交替的动荡时期，拉拢了不少人马，权力不降反增。
权力的勾心斗角，如同钢丝上跳舞，动辄死无全尸。大蛇丸就是牺牲品之一，看破这些的自来也心灰意冷，随之离去。就如同当年的旗木朔茂，他们都是权力的牺牲品。
不过，这些和杜克都没关系，他最近忙着安抚红豆。大蛇丸叛逃后，木叶最伤心的人里，必有红豆一席之地。未满12岁的红豆想不通，为何好好的老师，突然就变成了人人喊打的叛忍。在她的小脑袋瓜里，大蛇丸虽为人阴沉，性格不合群，但难掩其独特的人格魅力，总的来说是个值得尊敬的忍者，在木叶有很多簇拥。
“大蛇丸老师真的是坏人？”红豆问向杜克，据她所知，杜克和大蛇丸关系不错，经常一起没日没夜的探讨实验研究，说一些她听不懂的名词。
大蛇丸不是坏人……谁是坏人？他就是个变态，以后还会变性！
杜克很想这么告诉红豆，但看着红豆希翼的眼神，话到嘴边又咽了回去。揉着红豆的脑袋，昧着良心说道：“可能是误会，自来也老师不是追他去了嘛！”
大蛇丸东窗事发，跑得欢快，可怜红豆在木叶不被待见，过得很不开心。就好像鸣人娶妻雏田，在日向家每天受尽白眼。
以她大大咧咧的性格，找不着愿意和她说话的人，着实让她很不自在，嘴巴翘得能挂上油瓶。杜克不得已，每天带她出任务，全是c级的小任务，就为了哄她开心。当杜克把队友红介绍给她后，杜克发现自己白操心了，两人很快就成了无话不谈的闺蜜，然后没有利用价值的杜克被一脚踢开，和阿斯玛凑成了一对。
杜克还在懵逼之中，水门就找上了他。权力日重的水门言行举止之间带上了几分威严，好在和杜克一起的时候，他还是曾经温暖贴心的好师兄。水门是以同门师兄的身份来的，他直言挑明，希望杜克加入暗部，将来接手紫霄的职位，辅助他掌管木叶暗部。
现在的暗部部长仍是紫霄，水门对猿飞日斩的放权心有感激，没有把他一撸到底，让他去看大门。但被几个老家伙折腾这么久，天然呆的水门久病成医，明白自己必须要找几个可靠亲信，而他真正信赖的人就那么几个，同门的杜克是不二人选。
杜克像拒绝自来也一样，拒绝了水门，不是不帮忙，而是他知道自己几斤几两。让他在木叶医院或者实验室里待着，一点问题没有，但放到暗部就力有未逮了。以他的脾气，进入暗部，不出三天就能把天给掀翻，为了不坑水门，杜克果断回绝，并把卡卡西拿来顶包。
未来当火影的男人，做暗部部长还不是小菜一碟。
在接下来，就是一些人情来往了。水门班的队友，油女志微和秋道丁座的儿子，志乃和丁次相继出生，杜克和他们关系没断，自然少不