元帅府做一次汇报，朱由检还会单独组织内阁首辅与内阁某一部进行专门的政务研讨，大元帅府自然也是如此，针对北边大陆政策和南边海洋政策也要做出具体的战略计划。
朱由检最先改革的是大明内阁的组织机构，其实主要是工部、户部、兵部、吏部、礼部四个部门的组织机构改造。
随着各种新的政治事物出现以及工业革命的推进，大明各部已经不再单纯的是一个只负责一方面的职能部门，譬如工部其实涵盖了交通、工业建设、农业水利建设等方面的政务。
但大明从太祖朱元璋开始便实行的是低成本政府运作，尽量缩减政府官员数量，实现地方自治，甚至皇权不下县，中央一开始更是连个统筹中枢机构也没有。
如今大明人口数量与土地面积皆扩充了不少，再加上国家性质已成农耕国家转变为工业国家，更何况士绅与宗族势力已大幅度缩减，大量原本由士绅承担的公共服务与地方治安维护现在需要朝廷官府来承担，因而中央与地方的官员数量都需要大量增加，首先是内阁五部。