辽东在明朝时期指的是辽东都指挥使司，也就是大明九边重镇里的辽东镇，隶属于山东宣承布政司，是明朝最大的军事重镇，辖区面积只比现在的辽宁略小一点。
军镇是明朝独有的地方行政单位，是为抵御元蒙的反攻而设立起来的边防区域，在军镇里几乎没有县、府、州等行政单位，大部分都是卫所。像辽东镇就由二十五个卫所和两个州组成，一个卫所管辖的地区相当于现在的一个县。
这次兵变发生的地方宁远卫就是这样一个小县城，那么为什么辽东巡抚和辽东总兵都窝在这么个小县城里面呢？皆因自万历四十六年（公元1618年）开始，建州女真也就是后金全面进攻辽东镇，到崇正元年，整个辽东几乎全部失守，只留下从山海关-宁远-锦州这一块狭小的地区作为最后的堡垒，来抵御后金的入侵，这就是有名的宁锦防线。
要知道过了山海关那可就是北直隶京师地界了，宁锦防线的重要性可想而知。所以，一听说宁远兵变，整个大明朝廷都震惊了，这简直是自毁长城啊，宁锦防线一失，后金的铁骑便可长驱直入，一直冲到京城！
孙承宗自然知道宁锦防线的重要性，他匆匆的招来三军营提督袁可立和兵部左侍郎袁崇焕，然后便领着一千多锦衣卫亲军出发了。
京城到山海关差不多有一千里，王之臣原本以为朝廷的钦差大臣起码要走上十天半个月才会到，却不曾想碰上了孙承宗这个猛人，只带了一千亲卫一路打马狂奔，三天就冲到了山海卫驻地！
王之臣正组织一帮亲信掩盖罪证，制造假象呢，这行动刚刚开始就被孙承宗逮了个正着。于是，一个巨大的贪腐集团呈现在孙承宗的面前，饶是他见惯了大风大浪也被这帮人的贪婪给吓了一跳！
他们不但克扣粮饷还吃空额、以次充好、走私贩卖违禁物品等等等等，总之，凡是能捞钱的，他们都干，就是不好好整军备战！
这毕自肃就是因为太清廉了，所以被他们排挤在外，本来王之臣是不打算克扣宁远卫的粮饷的，因为宁远卫总共才不到五万人马，他报上去的却是十万，就算粮饷全给他们发了，还有一半的空饷进了他的腰包！奈何这次朝廷对阉党的清理来的太彻底，他这种依附阉党爬上来的官员也是清理对象，他不得不耗费钱财上下打点。
这钱财耗费的多了，他就开始心疼了，干脆一不做二不休，把饷银全扣下了，光发粮草，反正又没打仗，一天到晚闲着，能让你们吃饱已经不错了！
他想着反正上面有人兜着，应该不会出事，却没想到上面是兜住了，下面却没兜住，宁远卫竟然集体闹事了，毕自肃这货竟然自杀了！
王之臣本来就是那种善于阿谀奉承的人，他知道被孙承宗逮住了自己是躲不掉了，干脆老实交代，争取给个痛快，竹筒倒豆子，把他克扣粮饷、行贿受贿的事情全交待了。
这下他是痛快了，孙承宗却不痛快了，东林党的骨干竟然被这货腐蚀了将近一半！这要是捅出去，东林党岂不是臭名远扬！
孙承宗此刻面临着艰难的抉择，要么如实上报，那东林党的清誉就全毁了，要么隐瞒不报，那他个人的清誉就毁了，也许别人不会知道，但他自己心里清楚啊！
按他的行事作风，如果不是涉及到东林党，哪怕是天他都敢捅个窟窿。但一涉及到东林党他就犹豫了，叶向高、赵南星、高攀龙、杨链、左光斗等等，一个个东林党领袖的音容笑貌浮现在他的脑海，如果把事情捅出去，这些铁骨铮铮、清廉无比的东林党领袖历史又将怎样评价？
最后，孙承宗痛苦的选择了隐瞒不报，他咬牙切齿的对王之臣宣判道：“把你手下涉嫌贪腐的官吏全给我列出来，把拖欠的饷银全给我补齐了，我饶你不死！”
王之臣简直不敢相信自己的耳朵，他以为落在孙承宗手里绝对是死定了，能争取个痛快就算不错了，只要不凌迟处死，他都是可以接受的，却不曾想自己竟然还有活路！
他并不是那种愚笨之人，脑子里面略微一转就明白了其中的关键，这孙承宗也是东林党人啊，而且还是东林党的领袖，所谓家丑不可外扬，他这是给东林党遮羞呢！
有了这个认知，他自然是积极配合，凡是参与贪腐的，他一个不拉，全都交待了。拖欠的饷银问题也不是很大，光他们吃的空饷就是饷银的两三倍，花是花掉了一大半，剩下的补齐拖欠的饷银还是够了的。
于是，王之臣被罢免蓟辽督师兼辽东经略的职位，由袁可立接任，袁崇焕被重新任命为辽东巡抚。至于宁远的兵变，有了银子那还有什么不好处理的，先把带头闹事的咔嚓咯，再把拖欠的饷银发咯，还有谁敢闹事？又有谁还会无聊的想寻死！
平定了宁远兵变之后，孙承宗又定下了全辽攻略，总结起来就四条：
第一，练兵，现在整个宁锦防线实际兵力不到十五万，空额空饷的超过一半，他在当地军户中将空额人员招满，命人日夜操练，随时做好战斗准备。
第二，筑城，宁锦防线各卫所驻地全部加固，修成一个个战斗堡