但张之洞和奕劻都不同意袁世凯的意见。张之洞的理由很简单，广东不设巡抚已是成例，现在授龙谦巡抚之职必然叠床架屋，令其生疑。何况此人一直带兵，不习民政，恐有不妥。奕劻则干脆说出了为不使第五镇生乱，龙谦第五镇统制一职绝不可免掉。
担心免掉龙谦军职会使第五镇出乱子是两位重臣共同的理由，张之洞说的委婉，奕劻则很直接。张之洞是出于公心。奕劻则出于私利。因为正在上升的满洲权贵们几乎一致认为奕劻昏庸贪腐，不遗余力地抓住一起机会攻击奕劻。奕劻认为，有龙谦领军在外，自己的位子反而安全的多。
议到这里。话题就很沉重了。免掉龙谦会不会出现叛乱？谁也不好说。现成的例子摆在这里，袁世凯就是。如今老袁虽然被逐出了新军，但其影响犹在。接管了新军指挥权的铁良、良弼都感觉到新军将佐中还是以老袁的眼色行事。而直接管军的满洲老将军凤山干脆说，除了第一镇外。其余诸镇根本就指挥不动，除非将段祺瑞、冯国璋、吴凤岭、王占元、赵国贤、段芝贵、李纯、曹锟、陈光远等一帮大将全部赶走，否则北洋四镇还是老袁说了算。
段、冯、吴、赵、王等都是北洋军骨干，怎么能一下子全部免掉？那不是开玩笑吗？现实就残酷地摆在面前，军机处不得不正视这个现实了。所以，袁世凯的意见被搁置，不再计议就此免掉龙谦军权，但也不给龙谦升官了，既然太后要赏。那就给点银子好了。
于是。军机处拿出了呈报慈禧的意见：授龙谦三等伯。赏银2000两；奖赏第五镇官兵有功官佐白银两万两。
上奏慈禧，慈禧基本表示同意，但说上次给龙谦个人万两银子。这次却降至两千两，不妥。还是按湘赣成例办吧。慈禧虽然身体不好了，但脑子还是很清楚，要军机处下旨切责广州将军孚琦。当然是因为其工作不力，若是广东军力足以平定乱党，何必调第五镇南下？同时，慈禧对面奏的奕劻及张之洞说，第五镇是不是要调出来？调到哪里为好，要军机处妥为筹议。
奕劻感到老太后已经对龙谦生疑了。上次她还关注对龙谦个人的封赏，这次却比较冷淡。从一等子到三等伯其实没什么意思，这不是开国之初了，没有人将不值钱的爵位当回事了，尤其是手握实权的疆臣们。看看吧，老佛爷竟然提出要考虑将第五镇调出来，这不是一个明确的信号吗？
其实，慈禧最近的注意力已经从广东移开了。当她得知灵山一战击破了黄兴主力后便放了心，不再关注粤西战事了。对于军事，慈禧也说不清从什么时候就对龙谦有了极大的信心。觉着只要有龙谦在前敌指挥，军事上就万无一失了。对于铁良等人的顾虑，慈禧心如明镜。第五镇已经是一支不容小视的军事存在，这显然不符合朝廷长治久安的利益。但第五镇卖力清剿乱党又是不容诋毁的事实，所以，慈禧必须好好想一想如何解决潜在的威胁了。最好的办法当然是将这支精兵抓在朝廷手里。历史上的经验教训摆在那里，晚唐及五代藩镇割据的教训，宋代控制军权致使将不知兵导致亡国的教训，让慈禧郁闷异常。广东是个要紧的所在，第五镇留在广东不过是权宜之计，最好的办法是将第五镇调回，将龙谦调至中枢，离开他一手打造的第五镇，那样的话，龙谦得以保全，因第五镇为其一手所建，这支军队的忠诚度也提高了，两面都好。慈禧并不想除掉龙谦，相比袁世凯，慈禧似乎更信任龙谦一些。人才难得，没有什么大错便罢免其官职慈禧是不考虑的，但该给他一个什么位子呢？慈禧却没想好。而且，第五镇的驻防之地也颇费踌躇，山东是不能回的，到哪里为好？慈禧还要仔细想一想。
慈禧目前的难题已经不是广东乱党举事了。她遇到了比同盟会更为棘手的问题。那便是自徐锡麟秋瑾案件带来的影响。几乎全国的舆论都在谴责朝廷，指责朝廷活剖人心的残暴，指责朝廷秘密杀害了秋瑾却推脱被同党所救。一时间舆论汹汹，联系起朝廷立宪步骤之迟缓，让朝廷几乎没有辩解之处。以《申报》为首的民办报纸抓住徐秋案件不放，“绍兴明道女学堂教习秋瑾女士曾至日本留学，程度颇高。近被人指为徐锡麟党羽，遂被拿获，秘密处死，官府为掩人耳目，竟然诬为同党所救。闻者莫不懔懔。”
“懔懔”二字包含了彻骨的愤懑。
民办报纸咬住了“无辜诛连”不放，进而指责朝廷在预备立宪中承诺的一切民主权利都是欺骗民众。说什么私通乱党？秋瑾通哪一乱党？私藏武器？焉知不是官府之栽赃？哪有明知道官府来抓，还将武器藏在身上的？
朝廷掌握的《京报》《政治官报》等报纸所做的辩解苍白无力，又拿不出秋瑾被劫狱的确凿证明，朝廷极为被动。习惯了“牧民”思维的满清朝廷第一次真正领略了舆论的威力。
浙江巡抚张曾敭感到了恐惧。面对绍兴知府该如何办的请示，巡抚衙门竟然回电让绍兴知府贵福自己想办法。无奈之下，贵福只好公布了秋瑾的供词，目的是证明秋瑾并不是冤枉的，冤枉的是他们自己——秋瑾早已被人劫走了嘛。
尽管公布了供词，但舆论就是