洛阳、襄阳两城的失陷和福王、襄王两藩的被杀，也标志着杨嗣昌督师围剿的彻底失败。他是在匆匆赶回湖广之后才接连听到这两个如同炸雷一般的消息的。到这时候，他已经完全绝望了。
几个月在四川奔驰于军旅之中，早已使杨嗣昌疲惫不堪，出川时已是重病在身。他回到湖广后乘船先顺江来到荆州（今江陵），住在郊外的沙头市（今沙市），本来想休养一下再图进剿，但立刻就听到襄阳传来的噩耗。
杨嗣昌作过兵部尚书，深知失陷藩封对自己来说意味着什么。何况督师一年多来，劳师耗饷，流寇反而大炽，这本身也足以致任何一位军事统帅于死地了。他又为没能平定内乱，不能报效给了自己极其特殊恩宠的皇帝而痛心。
于是杨嗣昌就在写给湖广巡抚宋一鹤的信中沉痛而又无奈地说：“天降奇祸，突中襄藩。仆呕血伤心，束身俟死，无他说矣。”一切都已无望，只有以一死来报皇恩了。
而心灰如死的杨嗣昌却在这时候再次听闻到洛阳传来的消息，这对他又是一次巨大的打击。三月初一日，他死在沙头市的行辕里，时年五十四岁。
杨嗣昌虽然死了，但从来对他心怀成见的朝臣们还是一直揪住不放。早在他的死讯传到京城之前，兵科都给事中张缙彦就以陷城失藩的罪名攻劾他。崇祯皇帝也对自己最信任的杨嗣昌这样坏了大事也很愤怒，降旨“自督师以下，调度失宜，巧言善欺”，让有关衙门依法议罪。
这一下，朝臣得到了机会。以吏部尚书李日宣、左都御史王道直等大僚为首的一批文臣纷纷上疏要求撤销杨嗣昌督师的职务，追究他的责任，其中犹以言官们最为活跃。但直到这时候，崇祯皇帝对杨嗣昌的信任还是没有完全衰退。也许还因为杨嗣昌出京督师是由他特命的，也要顾及自己的面子，因而他一反常态，没有惩办失事的杨嗣昌，反而对其大为袒护。
崇祯皇帝为这件事特意召六部、九卿、科道等官员进入乾清宫，很不高兴地对群臣说：“杨嗣昌是朕特简任用的，用兵没有成效。朕自会鉴裁。何况他尚有可取之才，你们见到朕有议罪之旨，就一起排击，纷纭不已。如果真是出于忠君正直，为何不在张缙彦纠劾之前就提出来呢？这次暂不深究。各疏留中，告诉你们知道。”朝臣才不好意思再多说。
不久。杨嗣昌的死讯也传来了。而这死讯也让崇祯皇帝感到十分震惊和痛心。可朝臣们却不肯善罢干休。又一次发起了对杨嗣昌的攻击**，交章论列，连篇累牍。
崇祯皇帝似乎也觉得，杀过那么多失事大臣，对于个这已经死了的杨嗣昌仍然一意袒护，好像有失公平。就再一次决定让九卿大臣会议定罪。朝臣们认为，杨嗣昌倡议加派，致使天下民穷财尽，奔走为盗；而且失事封疆。匿罪饰功，应当按照嘉靖间仇鸾故事，以“失陷城塞律”论斩，戮尸。
可在这时候，崇祯皇帝却又犹豫起来。他对杨嗣昌的感情毕竟不同于一般，丧失这个唯一能够依赖和信任的股肱大臣给他带来了极大的伤感，甚至在梦境中都不能抹去这个身影。
就在朝臣们吵嚷着要对杨嗣昌进行恶毒的身后惩罚的时候，他梦见了杨嗣昌跪在庭前叩首为自己申冤。杨嗣昌说：“臣鞠躬尽瘁，死而后已。但诸臣不公不平，连章诋毁，故尔归来向皇上诉说。”崇祯帝在梦中还问讯了朝臣攻击杨嗣昌的一些具体问题，杨嗣昌也都一一否认了。
这个梦的真实含义也该让周公或者弗洛伊德来解析。可不管怎么样，这梦也是崇祯皇帝心理情感的一种折射。而在当时的认识水平下，就更加坚定了崇祯皇帝不再治裁杨嗣昌的决心。
于是崇祯皇帝对大臣们讲叙了这个梦，神情十分惨淡，他同时宣布：“故辅杨嗣昌奉命督剿，无守城专责，而且对伪装入城、乘夜偷袭均再三严申军令，地方官员却置若罔闻。待违令致使城陷，又全部归罪于督辅，不是持平之论。况且嗣昌身临前线两年，屡著捷功，尽瘁身亡，勤劳难泯。”昭雪了对他的议罪，赐祭一坛，让其家人归葬于故里武陵。
在崇祯皇帝继任皇位以后，他与杨嗣昌的君臣相知可谓是有始有终、达到了一种绝对的、盲目的信任程度。而相比较于崇祯皇帝对其他大臣的严苛、滥杀，这样的君臣以沫就更为难得了。
应该说，杨嗣昌的才能，尤其是在军事上的才能是突出的，他的“攘外必先安内”和“十面张网”战略如果得到了有效的执行，是能够阻止住大明朝下滑的速度。而他与满清先议和，以此来争取时间恢复国力的主张，也完全可以称为高瞻远瞩的。
可惜的是，因为崇祯皇帝想要减少开支，所以首先任命了贪财又只会招抚的熊文灿作为首位战略的指挥者，再加上满清的第二次入关完全把杨嗣昌的威信给击垮，以至于连杨嗣昌成为五省总理以后，他的命令也被明军的各路将领阳奉阴违，完全执行不了他的战略。
再加上杨嗣昌的性格上也十分有缺，他的心胸相当狭隘，报复心很强。在他手中直接、间接的，丧失了卢象升、孙传庭、郑崇俭等优秀的军事统帅，以至于到了最