这时候除了留下了近千人的部队，守住了登州城的南城门和南城墙以外，吴世恭和刘泽清的部队被全部赶出了登州城。这么小的城池，挤进了这么多的明军，攻打水城的时候施展不开啊！
吴世恭和刘泽清是一身轻松。对于他们俩来说，这次围剿登莱叛军的作战可以说已经是结束了。孔有德的叛军也根本没有翻盘的机会了。所以这俩人就象是现代足球场上，大比分领先的球队换下来的球星一样，满脸轻松地坐在场边指点欣赏着接下来的作战。
而等到登州城内的明军把一切都安顿好了以后，已经近黄昏了。我们也知道了，在明朝，挑灯夜战的故事是几乎不可能发生的，所以明军就准备着明天的攻城。
但是明军并没有闲着，因为叛军的大意，登州城内靠近水城城墙的房屋都没有拆除，可以给明军的行动以掩护。所以游击刘良佐亲自领兵，暗中率人潜入靠近水城城墙的永福寺（现在蓬莱阁景区的一个景点），从中挖地道至城下，准备明天在地道里装填火药，炸塌水城的城墙。
而登州城内的叛军也没有闲着，他们加紧地把人员和物资装上船，并且把以前孙元化购买的，架设在水城里防御水面敌军战舰的二十门六磅和十二磅的西洋火炮和大量的小炮、鹰铳和火铳装上船。
趁夜出海虽然危险，但是叛军也顾不得了。他们装满一艘扬帆一艘。还好，舰只的数量是足够了。登州港内原有明朝水师的主力舰队，加上被诈降蒙蔽被斩的孙应龙带来的战船，足以使这支庞大的队伍逃脱。
黑夜就是叛军逃亡行动的最好掩护，当东方大海的海平面上升起了一轮朝阳的时候。登州港外已经开出去了六十几艘叛军的舰只。
而这时候的吴世恭正在休息呢，当他听到观察水面的汝宁军探子向他禀告以后，吴世恭毫不犹豫地命令：“山头上的神舟炮架好了没有？叫他们立刻开炮。”
在平时吴世恭是有着无利不起早的坏习惯，但是如果只是举手之劳，吴世恭也不介意给友军一些帮忙的。
而这一次经过葡萄牙军官指点的烧红炮弹的发射，引起了叛军巨大的恐慌。汝宁军现在也只有四门二磅的神舟炮，打中舰只的炮弹那就更少。但只要炮弹一打到舰只，炮弹附近的木板都会燃烧起来。而在甲板上取水又很不容易，有两艘叛军的船只的火势就失去了控制，熊熊地燃烧了起来。
燃烧船只上的人急于换船。港内的船只急于出港，整个叛军都是大乱。
孔有德大声命令道：“叫少公子快些过来。所有的船都起锚。等到少公子他们一上船，立刻开船。”
孔有德口中所称的“少公子”，就是毛文龙的儿子毛承禄。他现在也是叛军的一位武官。而因为他的身份，孔有德和耿精忠总是把毛承禄安排得比较妥当。
可是昨天晚上确定驻守水城城墙和最后一批撤退的叛军的时候。叛军的武官们又进行了一次抽签。而这次抽签谁也不敢玩作弊了，毛承禄倒霉。抽到了这个断后的苦差事。
可就在这时。一声巨响，水城倒塌了一段近十丈的城墙。孔有德也顾不得了，他立刻下令道：“开船！开船！给少公子留下五艘空船。其他的船全部出港。”
一艘艘船只从狭小的港口入口处挤出了登州港。船只的碰撞也引起了一些船的损伤。好不容易孔有德的船出了登州港，远远地看着明军从水城城墙的缺口源源不断地涌入，孔有德仿佛有些自言自语地说道：“只有听天由命了。”
孔有德的这句话不知道是说还没有上船的毛承禄，还是说他自己。虽然其他叛军的武官大多数想找个岛。做个逍遥的岛主，可是孔有德和耿精忠已经准备投靠后金了。但是他们这些东江镇的人和后金军撕杀了这么久的时间，双方都有着血海深仇，这时候的孔有德确实不知道自己投降后的命运将会如何。
攻入水城的明军动作很快。毛承禄被活捉。其余一千多守水城城墙的叛军大多数被擒被杀。但仍有一部分叛军退守登州城海边的丹崖山，准备做困兽之斗，（丹崖山上有宋代修建的蓬莱阁、苏公祠等名胜古迹）。
朱大典对最后这支叛军队伍并没有斩尽杀绝，他派出了宋把总这些反正的叛军武官对他们进行劝降，叛军大部下山投降，一部分人投海自杀。登州城终于收复了。
而这时候驻守在皮岛、旅顺的明军总兵黄龙率领的水师也赶到了。水师对叛军的舰船进行了截杀，叛军武官陈光福被俘。叛军舰船又损失了七艘。
虽然损失还不算大，但是这次截杀彻底把叛军设想的：在辽东沿海占据一个岛屿或一块三不管的地方，武装割据一方的梦想给彻底打碎。走投无路之下，孔有德和耿精忠铁了心，他们带领剩下的舰船、人员，投降明朝的敌国——后金。
于是孔有德立刻派人与后金联络接洽，接着他们在后金指定的地点登陆。皇太极派出了汉八旗将领打退了明军的追剿，接应孔有德叛军进入后金的领土。
对于孔有德这些东江镇的叛军的投降，一开始皇太极也有些不敢相信，到底东江镇和后金