时间如流水，软刀子切割一切事物，让所有的鲜花都凋谢。当年，林小易暗杀和伏击国江龙时，正是云想衣裳花想容的年纪。
现在的林小易是个秃头，脸孔像只黄鼠狼，他带着两只护袖，身上穿的是卖苦力人的短衫，虽然是因为加入了杀手组织刻意不让人注意，但是他手上的老茧，充分说明了他过的辛苦日子。
林小易以国江龙的师姐性命做为要挟，让他苦不堪言。嘉靖皇帝听完国江龙的诉说，说：“这有何难，我找个地方安置他们就得了，不过这件事要等我和陆炳商量后办。”
陆炳和嘉靖亲自制定了收编的计划。他们决定在大洪山皇家狩猎场作为飞刀门暂时过渡的领地。同时，嘉靖皇帝还向国江龙询问了飞刀门所有成员的情况，时隔多年后，国江龙终于再次和他师姐见面了。
经过一番互诉衷肠，国江龙再次获得了他师姐的芳心。
林小易带着飞刀门脱离孔门杀手殿，并将自己知道的情况通报给大明锦衣卫。大明锦衣卫在各地抓捕了不少孔门杀手殿的秘密据点。这让杀手殿宗主孔宗恕异常恼火，他发誓要报复飞刀门。
孔门杀手殿遭受了巨大的打击，但是它依然存在，孔宗恕请了许多江湖高手截杀飞刀门子弟。因为对飞刀门弟子的痛恨，杀手殿打造了一系列专门对付飞刀门的武器。例如抗弹衣甲，不管飞刀门的飞刀再例不虚发，只要飞到了这抗弹衣甲上都是白搭。
暗宗的孔门子弟，偷偷设计了许多阴险的暗器，将一个个飞刀门子弟消灭在暗夜之中。随着飞刀门子弟的大规模伤亡，他们终于赶到了害怕，这些人集体迁往嘉靖皇帝的皇家狩猎场。
在赶赴大洪山皇家狩猎场的时候，许多飞刀门子弟都被孔门杀手殿的高手杀死。锦衣卫派出大批成员，手拿绣春刀保护飞刀门子弟。但是，在晚上，在飞刀门子弟聚餐的时候，甚至在他们上马桶的时候，都会被杀手殿的高手取下性命。
嘉靖皇帝白天办公，晚上还要仔细查看关于飞刀门与孔门杀手殿的死伤情况，以及其他的锦衣卫报告。这两个组织的仇杀，搞得江湖腥风血雨。虽然飞刀门已经投靠了朝廷，可是杀手店并不将大明官府放在眼里，他们依然是大搞暗杀活动，让锦衣卫防不胜防。
这时，孔门杀手殿殿主孔宗恕也叫苦不迭，其实许多杀死飞刀门的党徒的人是对大明心怀不满的民间高手。他们将自己的郁闷，通过屠杀大明政府保护的飞刀门而发泄了出来。
外人看来，杀手殿主孔宗恕威风八面，只有他知道自己的苦衷。他这时被推到了和大明政府作对的第一线，其实他就是个替罪羊，是个吸引大明锦衣卫打击的靶子。
孔宗恕生下来，刚刚四岁就杀死了一个市民的小崽子，那是个八岁的小孩。当时，他刚刚搬到集镇上。他有糖，而那个小孩没有。大孩子自然就骗他从家里拿糖吃，八岁的小孩吃得满嘴流涎，而孔宗恕家的两斤西洋糖果就这样进入了那个叫高志和他五岁弟弟高涛的混蛋口中。
孔宗恕的管家王封蝉找人将高志和高涛绑到了孔府的暗宗，管家将这两人绑好后，等着孔宗恕的处置。孔宗恕的父亲望着两名小贼，说：“我儿仁慈，请你等吃糖，狗贼反复，居然肯骗我儿，皆该死。”
管家王封蝉将炸药埋在高志和高涛身边，然后将三米长的导火索牵到了孔宗恕手中。他拿这一柱香，让孔宗恕点燃，“砰”得一声，两个小孩炸为肉泥。
从此，孔宗恕明白，没有人可以欺骗自己，敢欺骗和耍弄自己的人都要付出代价。
他为杀戮而生，在嘉靖之前的大明，朝廷、蒙古人、日本奸细、白莲教徒、欧洲海盗，任何一样，都让人心生警惕。无论你是富人还是穷人，都朝不报夕。皇权之下，任何力量都可能被视作威胁被铲除。
孔门表面上繁花似锦，其实危机四伏。孔宗恕的老师是高筑峰，他告诉孔宗恕，作为暗宗宗主的候选人，一旦他成年。就会走上江湖，这江湖是一个修罗战场。踏进去，就无法收脚，无法回头。
成年后，他终于明白了自己的可悲地位，他只有替孔门明宗的宗主杀掉敌人，他才可能领取自己的月例银子，有了银子他才能买吃的，才能活命。再后来，他继承了暗宗宗主之位，地位虽然改变了，但是依然没有安全感。
孔门表面上是一个庞然大物，但是天下儒生何其多。信奉孔门的不过十之一二而已。大多数都有取而代之的念头，许多人都弹劾孔门之不法。
幸亏孔门有杀手殿，有不平者，杀之，然后假扮喝水死，睡觉死，这样孔门在大明的暗箭和腥风血雨中走了过来。孔门甚至和杨廷和联手，他们互相帮忙，孔门帮助暗杀和弹劾杨廷和的政敌，杨廷和给孔门更好的地位和荣誉。
后来，嘉靖皇帝继位，孔门依旧打算这样做。
起初，孔门的旧派人物认为，从北宋起孔门就在这样做。这样一套权谋手段，一直以来都维持了孔门的地位。现在孔门这样做，又有什么不可以。
从汉武帝罢黜百家，独尊儒术开始，孔门就