细川高国是个实用主义者，他一看到明军气势汹汹。马上软了下来，决定听从后柏原天皇的调停。
大内义兴和岛津良子都劝说何无敌接受天皇的调停。
在岛津良子眼里，后柏原天皇始终是天皇。他的话就是神的旨意，可是何无敌不这样看。他问岛津良子：“让你把九州岛的领地都交给天皇你愿意吗？”
岛津良子说：“那当然不行！”后柏原天皇因为财政关系他的登基仪式无力举行，直到本愿寺实如与室町幕府两方捐出献金，后柏原天皇才在登基的第二十二年（1521年）举办了登基仪式。为了补贴家用，爱好书法的天皇，曾以卖字画为生。各地大名们虽然口上叫嚷尊崇天皇，其实口惠而实不致。天皇经济那样窘迫，也没谁来搭救他。倒是有京都的米上自看不过眼，经常给后柏原天皇送些吃食。其中，最有名的一道就是梅子茶泡饭，后来喜欢念佛的后柏原天皇居然用这道饭招待了何无敌将军。当然，这都是后话了。
何无敌说：“那就是了，既然你不肯完全服从他。牵涉到金钱，军队，和身家性命的事情，你都不愿意支持天皇。那他还是什么现人神。从我苏我入鹿开始，就不断有人弑杀天皇。源氏、平氏都没少干这样的恶心事。现在和天皇难兄难弟的室町幕府也干过这事。”
岛津良子说：“那是，我们还有过南北朝呢？不过挟天子以令诸侯，现在我们马上就要开进京都，我们干嘛不拿下武家领袖幕府将军，同时尊崇天皇陛下，进而收服全国各地别的大名呢？”
何无敌说：“你说的有道理，不过我们还是要占领山城国，让大内义兴变成个实实在在的山城守护再说。”大内义兴听了这话，挠挠头皮，不好意思的笑了。
为了对后柏原天皇表示感谢，他让岛津良子给天皇送去了一千两白银。
在与细川高国和谈期间，明军与日本归顺军向但马的山名政丰。本来，最先要进攻的就是山名政丰。因为山名政丰对大明军队表现的很恭顺，所以大明军仅仅在此留下了一支两千人的高山族战队就离开了。
这山名政丰也算是名门，起初他还和细川高国争夺过一阵幕府的领导权。
那时，作为守护大名的山名氏以前可谓雄心万丈，他们在京都参与废立将军，控制幕府政权。没想到室町时代的文明十一年（1479年）闰九月四日，守护大名山名政丰不得不离开京城，奔向领地但马。
当时的幕府将军足利义尚说：“你现在离京将使我很为难？”可他还是谢绝了将军的恳留后回乡了。原来，他当时的支配领地因幡国发生了叛乱。而叛乱的幕后操纵者就是山名氏的宿敌——播磨国的赤松政则。山名氏曾讨伐过制造谋刺幕府将军足利义教事件（即1441年的嘉吉之乱）的赤松氏，并曾将播磨据为己有。重兴赤松家的赤松政则一心想要“为先祖报仇”，不断攻击山名氏。返乡后的山名政丰平定了因幡的叛乱，还多次出兵播磨。他设置了守护所作为统治据点，并筑造了防守城（即位于今兵库县丰冈市的此隅山城）。后来，这两地又相继落入大内义兴和尼子家。
这时，山名政丰已经无力对抗大明军队和日本归顺军了。山名政丰的隅山城内驻扎着两千人的高山族战队。山名政丰的儿子为了获得明军的支持，不断地讨好明军留守官员。
但马国是日本古代的令制国之一，属山**，又称但州。领域大约为现在兵库县北部。石高约11.4万。大化改新后独立为一国。
古代传说新罗的王子由九州登陆日本，沿着濑户内海一直来到但马定居。这说明马从古代就与朝鲜等邻国有着关系。自应仁之乱开始，守护山名氏入国，但内乱不断。现在明军镇压了但马的其他土豪，正如山名政丰儿子山名佑丰的意愿。
何无敌听说了但马国山名家的顺从，他说：“不错，要是日本各地的大名都像山名一样顺从，那就太好了。”
当大批明军包围山名政丰的居城此隅城时，山名佑丰主动打开了城门。按照山名佑丰的说法：“大明天军到来，是我山名家的荣幸，岂有抗拒之理。”既然，山名佑丰如此知趣，明军倒也不好对他们进行太严厉的打压。
为了讨得何无敌的欢心，山名佑丰主动交出了生野银山，并请大明军队对但马的军队进行整编。当然，也有一些小土豪想反对明军，很快他们就遭到了大明军队的灭杀。
丹后国也是日本古代的令制国之一，属山**，又称丹州、北丹。石高约11.1万石。丹后国的领域大约为现在京都府的北部。和铜六年(713)，丹波国北部五郡加佐、与谢、丹波（后改称中郡）、竹野、熊野分出独立为一国。丹后是占据着丹后半岛的山**之国。西南和东南分别是但马国和丹波国，东边是若狭湾及若狭国，北面则是广阔的日本海。
古代曾是丹波国的一部分，但于713年从丹波国分离出来，因处于丹波后方，因此被命名为丹后。国内大部分均为山地，只有竹野川和由良川流域有少量平原。但以北部太鼓山为中心突出日本海，由宫津湾和舞鹤湾所环抱，形