这时，统治九州岛萨摩藩的岛津家正野心勃勃。妄图趁应仁之乱后，日本国群龙无首的状态，先统一九州，再征服四国。接着，进军日本本土关东与关西诸地，最后挥师北海道，一统日本。理想很丰满，现实很骨感。
虽然萨摩藩号称强藩，不过位于九州西南部的岛津家，其领地只有萨摩国、大隅国和部分日向国属地，以前外琉球王国还受他们控制，现在大明的部队收复小琉球之后。他们多年的努力就白费了，更重要的是，他们失去了对外贸易的窗口和支柱。
萨摩藩领土包括今日日本大区九州省的鹿儿岛县全域与宫崎县的西南部。
萨摩藩位于日本四岛的最西，其青年武士阶层推动革新，与其附近的长州藩的青年武士一起在和西方列强的接触中发展壮大，被称为强藩。
萨摩藩，石高77万。藩主岛津氏，十二世纪中义久执政任三国守护，以则成为守护大名，战国大名。藩制采用外城制、门割制等独特的兵农分离制，很大程度上保留了中世纪末期的统治体制。这种藩制加上火山地带、台风等恶劣的自然条件，使生产力停滞，瓦解封建制的力量得不到发展。其藩主后，推行藩营事业，如建立洋式军备、建设藩营工厂等。通过这些改革和党派斗争，改革派成长起来。岛津忠良就是新派的领袖，这时他拥有精兵2万，自以为横行九州无敌。正谋划着统一九州岛。
何无敌率领小琉球的万余大军直扑种子岛，同时台湾的两万留守部队也随即出发，进攻鹿儿岛本部。与此同时，两万新军从浙江宁波出发，也赶往九州。加上在台湾临时征集的两万蛮军，何无敌率领的总兵力达到了七万两千人。
在种子岛，日本九州南部一个四百多平方公里的小岛屿，是现在奄美群岛的一个，距离所属的大隅国还有相当一段距离。这一天，几百艘来自中国的航船，忽然围住了种子岛的西之浦海湾，岛上一下都轰动了——许多岛民都跑到海滩上淡定地围观。随着一阵炮轰，接着放出小船。三百名高山族蛮夷跳上海岸，随后近千名大明士兵也登上种子岛。
种子岛的武士目瞪口呆，很快陷落了。种子岛领主岛惠时大人，带领手下残余武士投降。这岛惠时自称日本镰仓幕府北条的同族，对何无敌的大明讨伐部队点头哈腰，还主动提出帮助明军攻打屋久岛。
屋久岛位于鹿儿岛南边，也是鹿儿岛县大隅列岛群的一部份。邻近的岛是种子岛，与鹿儿岛中间则有大隅海峡。屋久岛位于北纬30度。岛的形状很完整，属于圆菱形。是一个多山之岛，山地占有整岛约75%，平均高度超过1000米。气候上以日本下雨最多的地方闻名，有一句当地俗语称为“一个月下35天的雨”，在日本降雨纪录上，屋久岛一天的降雨量曾与北海道全年的降雨量相同。
屋久岛是一处方圆501平方千米的圆形岛屿，在鹿儿岛以南耸立出海面，位于九州岛的南端。
屋久岛山构成中九州山脉的一部分，最高点宫之浦岳海拔为1935米，高过九州境内的其他山脉，是日本南部最高的山脉，另有几个山峰超过1800米，自海滨到山巅的地势非常陡峭，岩床巨大，较小的沙石和页岩在山脚也可见到。1000米以上山峰有30多处，从滨海到山颠垂直分布着从亚热带到亚寒带的各种各样的植被。
屋久岛年降雨为4000—10000毫米，植被类型区别显著，从滨海至山颠的一处107平方米的地带约占了岛屿的五分之一，于1993年10月被列入世界自然遗产。气候从亚热带、温带、寒温带到亚苔原带逐渐变化。年平均气温在20度左右，空气湿度在山顶可达零度以下，冬季降雪是很平常的。年平均降水量很高，随高度和地理位置改变，海滨降水在4000毫米，内地降水在10000毫米左右。湿度也很大，平均73－75%，雨季超过80%。
与岛屿的面积相比，这里的植物物种显得格外丰富，约有1900个种和亚种分布于此，94种是本地特有的，200多种植物是处于其分布地域的最南界；该区动物多种多样，有16种哺乳动物，4个亚种是此地特有的。传统认为此山有神灵的存在，屋宇杉被认为是神树。地区内只有猎人所取的道路和两处茅屋。屋久岛的森林已被生物学家仔细地研究过。
诸多因素导致了独特的森林地区包括屋久杉（屋久岛的本地杉）的产生。亚热带植被从滨海延伸至200米处的山坡，包括各种树木，尤值一提的是高大的榕树。沿海岸地区具有广泛、多样的亚热带树木；在200－800米（656－2625英尺）的气候温和地区，多长着甜橡树和长青橡树；这一地带往上至1600米（5249英尺）处，就是久负盛名的屋久杉的所在地，屋久杉慢杉树的一种，据估计有3000—3500年树龄。其中一棵杉树，据测有7200年的树龄，树身周长16.4米。这些古老的杉树无疑在生物学和生物形态学上都极有价值，它们还为一些濒临灭绝的鸟类，如琉球知更鸟和伊豆画眉的栖息地。温和地带的栎木例如冷杉，高山下的植物例如杜鹃花，这些不同树种形