对付荷兰人和西班牙人之所以顺利，是因为当时西班牙总督是个糊涂虫。当大明的兵船，大炮一轰，在睡梦中的西班牙士兵就纷纷逃窜。以至于喝得烂醉，还在睡梦中的西班牙总督居然只剩下自己的卫兵。
逃跑的西班牙士兵，被凶猛的高山族蛮人枭首。荷兰人则是另一种下场，因为他的粮食都依靠淡水的当地居民供应。当大明招讨使何无敌自厦门、金门起兵，率3万名将士及五百艘战舰，从金门料罗湾出发，经澎湖向台湾进军。
5月30日明军在鹿耳门（今属台南）登陆，在民众积极支援下与荷军展开多次激战。拥有火炮枪弹的明军武器精良，打得荷兰人抱头鼠窜，不得不窝在城内。
最终将荷兰东印度公司台湾长官和残敌围困在热兰遮城内。何无敌在“谕降书”中严正指出：“然台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也，……今余既来索，则地当归我”。城外，大明军的弗朗机炮和野战炮发出怒吼，城外断绝饮食。荷兰守军外无援军，内无粮食。
围城1个星期后，荷兰的台湾长官不得不签字投降。至此中国人民收回了被荷兰殖民者侵占的宝岛台湾。
几百名垂头丧气的荷兰人和西班牙人本想在台湾大捞一笔，没想到明军很快回击。彻底收复了台湾。
嘉靖收复台湾后改赤嵌楼为承天府，设一府二县，另设一司为澎湖安抚司，总称台湾为东都，后郑经改称东宁。为纪念故土改称热兰遮城为安平镇。同时实行屯田政策，令三万大军娶当地移民以及高山族妇女为军眷随军赴各地大力垦荒，在南部和西部形成一大批村镇。
一年后，何无敌出任台湾府首任总督，并将台湾升格为省。在此设立东征日本基地，以此为征服日本的大本营。何无敌治理台湾时期，奖励制糖、制盐，兴办工商业，发展贸易，开办学堂，改进原住民的农业生产方式，推动经济、文化迅速发展。
同时，将台湾作为藩王宗室和大陆贫民的移民输出低，这大大降低了大明本土的财政压力。
这时，参加征服驱逐荷兰和西班牙战争的一名军官陈第写了一部《台湾开拓史》。
陈第本为古北口游击将军，后解甲归田，回到福建连江（今马祖岛）。1523年，何无敌大起兵。陈第参加了这次战斗，他对台湾番人的事很感兴趣，他根据居住台湾将近一年的经验作成文章。全文一千四百余字，记述台湾西部沿岸的原住民生活习俗与地理风光，为最早描绘台湾平埔族生活的著作。
这是最详细记载台湾原住民风俗的一篇调查报告。现存最早的台湾游记。明末陈第撰。陈第字季立，号一斋，福建连江县人。
明朝人以“东番诸山”统称台湾西侧之地，以为今日的台湾西部是一串岛群。因此，东番可以是鸡笼山、北港，也可以泛指西南部沿海一带；陈第笔下的“东番”，即是后者。
此后十余年间，何乔远撰《闽书》、张燮撰《东西洋考》，在述及东番时，均引用之。依陈第所述，东番的地理空间北起魍港（今嘉义县布袋镇一带），中历大员（今台南安平）、打狗屿（今高雄），南达沙巴里、大帮坑，为台湾西南部沿海的原住民部落；东番部落内的政治组织不甚发达，每社人口多者一千人，“无酋长，子女多者众雄之”，且无部落联盟的现象，虽有社斗，但次日即和解；部落内的公廨为未婚男子的居所，同时兼作公共事务的会议所。
在衣饰方面，“冬夏不衣，妇女结草裙，微蔽下体而已。”喜收藏华人衣布之物，但少用于穿著，“不冠不履，裸以出入”；在农业方面，种植旱稻、采苦草杂入米粮以酿酒，同时亦发展出农耕时不言、不杀生的禁忌。在作物方面有蔗无麦。在狩猎方面，平时禁止私自捕鹿，仅于冬季围猎，“获若丘陵”；家畜有猪，家禽有鸡，但拔其尾饰旗而不食，射到的雉也只拔其尾。见汉人吃鸡吃雉，“辄呕”。
在对外关系上，由于东番人“居岛中，不能舟；酷畏海，捕鱼则于溪涧，故老死不与他夷相往来”，因此其交易对象多为自海上来者，而无东番人航海去者；明朝叶向高撰〈改建浯屿水寨碑〉提到东番距离中国虽近，却“绝不通，亦不为寇暴”。可知受限于航海工具及航海意愿，东番人仍无搭乘竹筏往来澎湖或漳泉沿海之事。
陈第的文章，篇幅不长，全文只有1400多字，但内容十分翔实，具有很高的游记价值和学术价值。具体体现在这样几个方面：
台湾地理疆域，在陈第以前，长期得不到明确，一直被误作琉球群岛的一部分。陈第通过实地考察，第一次把台湾记录为与现代正确地理位置相一致的岛屿。“东番夷人…居澎湖外洋海岛中，起魍港、加老湾，历大员、尧港、打狗屿、小淡水、双溪口、咖喱林、沙巴里、大帮坑，皆其居也。”书中所记的十个地名，当是东番人居住的村落名称，即社名，主要分布在今台湾台南县、台南市、高雄县、高雄市一带，皆历历可考。可见，陈第的文章是中国记载台湾最确实的地理文献，中国民间最初知道“台湾大员”这个名称，也自陈第始。