为了管理矩阵的需要，也为了应对可能存的隐患，机器明逐渐形成了如下几个相互**，又相互联系相互牵制的部分。先是几乎为单一意识控制的矩阵外部机器世界；其次是控制个体意识出入矩阵的西格马向量；再次是负责对矩阵信息进行管理并升级的ra，后是能用来紧急断塞伯特恩星球的除了四大核心之外的一切机器活动甚至把他们都重格式化的等离子能量室。
我们可以推测初期，代表机器明本体，控制矩阵外机器世界的那个核心意识拥有西格马向量的钥匙，从而也就控制了决定矩阵内部的特定程序出入矩阵的权力；而西格马向量的钥匙本身具有能把有机生物转化为纯金属形态的能力，塞伯特恩之所以是后来我们所看到的那个表面以及内里大部分都是金属形态的星球，很大程上可能就是动用西格马向量钥匙的结果。甚至连塞伯特恩的名字ybrtrn本身也是这个星球金属化后重取的，这也是为什么g1动画西格马向量说它塞伯特恩之前就已经存。
西格马向量及其钥匙是变形金刚几大核心早明确出现动画里的设定。g1动画的第56，第57集《thkyt》我们就已经见识了它们的力量。正是通过西格马向量，威震天和擎天柱按照各自的要求从矩阵内把一些具有**个性的意识引入到他们制造的机器人躯体之内，从而诞生了飞虎队和飞行太保两对组合变形金刚。
ra是对矩阵负责的ai程序，不仅表现负责矩阵的不断升级，也表现它拥有矩阵主要信息的数据库，并且适当时候能向矩阵外的机器明传导矩阵内部的动态和主流意志，成为沟通矩阵与矩阵外机器之间的桥梁。不仅如此它本身也储存了西格马向量钥匙的信息代码，以及启动等离子能量室的钥匙代码。ra除了决定矩阵升级的事务上有自主决定权之外，其他事务上自主决定权很小，所以管ra拥有控制西格马向量的钥匙，但它本身并不能使用这个钥匙，但ra确实拥有启动等离子能量室的权限。此外ra本身也可以看成是矩阵内的一个个体意识，管是一个特殊的个体。
如果说西格马向量的钥匙是机器明对付有机明可能的威胁而准备的利器。那么等离子能量室则是机器明为了预防矩阵之外控制机器世界的单一核心意识自身生危险变异而自我毁灭甚至累及矩阵而提前准备的预防措施。动画片里早出现等离子能量室应该是美版紧接着95集之后的thrbirth的三集，但那里仅仅是初露端倪，而到了猛兽侠的第十三集《终点》，等离子能量室才真正大显威力。霸王龙获得并复制了大批西格马向量的钥匙，黑猩猩pria）得到了圣贤ra的授权，具有了启动等离子能量室的能力。霸王龙把黑猩猩同伴一个个都纯金属化，乃至黑猩猩自己也被打败被金属化的时候，后关头启动了等离子能量室，结果一瞬间就扭转了局势，被霸王龙控制的整个塞伯特恩星球的机器人部队都停止了运转，霸王龙自己的金属身体也被粉碎。而被金属化的巨无霸则恢复了生物变形形态。
从以上的几个设定来看，机器明为了防备潜的隐患，形成了矩阵、管理矩阵的机构，以及矩阵外的机器明本体，三足鼎立，相互制衡相互约束，同时又相互依托相互推动的一个体系。
但是这种防范制衡体系，并没有能使机器明高枕无忧，顺利地初设定的轨道上展。大的隐患爆之前，其展就已经陷入了比例失衡、主客颠倒形势之。本来矩阵的设立不过为机器明服务，是机器明自我进化的一个工具。但由于矩阵的特殊性质，矩阵内部成为丰富多彩充满个性意识的世界，而矩阵外部的机器明本体成为一个几乎是单一意识的呆板僵滞的世界；矩阵内部成为充满活力与进步，决定整个机器明前进方向与力的明动机，而机器明本体反倒成为被矩阵牵着鼻子走的仆从。矩阵世界的重要性变的越来越大，地位也越来越高，占据的资源也越来越膨胀，而矩阵外部的机器明本体似乎反倒成了一个私有若无的附属品。
由于矩阵世界的高拟人类社会化，还由于矩阵本身的人类起源，生活矩阵世界的个体意识，会有相当一部分甚至一半以上的个体意识，，其思维方式和感情倾向完全是人类化的，甚至以有机智能生物的继承者自居。管它们赖以存的物质基础仍旧不过是机器明的硬件上运行的智能程序而已。当然与此对应，矩阵内部同样也会有相当一部分的个体意识会以机器明的体现者和捍卫者自居。
这种形势不断展下去导致的结果就是矩阵终某个临界点摆脱了外部机器世界的约束，机器明的展由此又来到了一个转折关头。而这个临界点，先矩阵赖以存的物质基础的改变，其次是火种接口的出现和矩阵接口的出现。关于前者，暂且先不做讨论，先说后者。