穿过森林，罗伊德来到了森闲之村奥泽多，璞蕾赛娅一个人先冲进去了。在她家门口，众人找到了正在和一名神秘男子交谈的璞蕾赛娅。
“我还有事情要做……再见……”璞蕾赛娅见到罗伊德机械地吐出几个字，推门进入家中。“教会仪式所需要的神木只有璞蕾赛娅能搬，她终于回来了，太感谢你们了。呵呵呵呵。”男子的笑声让人毛骨悚然。他离去后，莉菲尔看出他也是半精灵，而且似乎在哪里见过，但是一时想不起来。
来到璞蕾赛娅家中，一股尸臭味迎面扑来，璞蕾赛娅悉心地照顾着床上的父亲，但是由于被EX晶球寄生她却没有发现父亲其实早已经死了。对于她奇怪的举动，村里不知情的人都把她当作怪物来看。要留下照顾“父亲”的璞蕾赛娅不肯跟大伙一起走，没办法，只好把她暂时留在这里了。
来到阿鲁特斯塔家中，他却不愿意接见罗伊德，也不想再理关于璞蕾赛娅的事。人形女佣塔巴莎告诉大家如果要救璞蕾赛娅的就必须先找到抑制矿石，她也会尽量说服主人帮助大家。听里加尔说要找抑制矿石的话就必须去南部大陆的矿山地带，为了璞蕾赛娅他愿意带路。
在托伊兹巴雷矿山在最深部终于找到了仅存的一点抑制矿石，为了璞蕾赛娅，技术并不精湛的罗伊德决定先做个赶工的要之纹回奥泽多。离开矿山的时候看见了EX晶球贩子胖子瓦利，他一见里加尔就指责他是杀人犯，里加尔则没有多解释。
回到奥泽多，这里已经聚集了教皇骑士团的人要捉拿柯蕾特。打倒他们后柯蕾特的身体又出现了异常，正在大家都不知所措时，璞蕾赛娅举止奇怪的出现在众人面前，抡起斧头向罗伊德袭来。
“干的不错，璞蕾赛娅！”笑声恐怖的男子再次出现，他带走了柯蕾特，“我叫罗迪鲁！是迪赛安五圣刃中的第一智者，再生的神子我要了！哈哈哈哈！”说着便坐着飞龙消失于苍穹，只留下令人生厌的笑声响彻云霄。
迪赛安？泰赛阿拉怎么也会有迪赛安存在呢？
得到要之纹后的璞蕾赛娅恢复了知觉，埋葬了父亲，在父亲的坟前，她向大家诉说了自己成为研究体的经过。原来她的EX晶球是从瓦利那得到的，因为这样才能代替生病的父亲使用巨大的斧头工作，而瓦利又把罗迪鲁介绍给了她，把她带到了赛巴克，在和迪赛安勾结的教皇的命令下，她成为了可怜的实验体。当里加尔问到璞蕾赛娅有没有姐姐时，她回答只有一个妹妹离开村子做仆人去了，母亲在她很小的时候就已经去世了。罗伊德等决定带孤苦伶仃的璞蕾赛娅离开这个伤心地，突然出现的克拉托斯道出了罗迪鲁无视迪赛安的规矩暗自活跃的事情，从他口中还得知瑞穗之里的人已经掌握了飞行器的线索，要找回柯蕾特就必须飞往东方的天空。赶回瑞穗之里，果然大牙说已经知道飞行器的下落了，但是在夺还飞行器前他还有个试练给椎名，那就是和雷精灵沃尔特签定契约，但是椎名却恐慌地拒绝了。听大牙说，原来以前椎名也试图和雷精灵签定契约过，但是却以失败告终，造成村民死伤无数。在罗伊德的鼓舞下，椎名终于鼓起勇气决定再次挑战沃尔特。
来到位于奥泽多北方孤岛的雷之神殿深处，雷精灵再次暴走，眼看着多年前的悲剧即将重演，宠物柯林及时阻止，用自己的生命阻止了悲剧的发生。悲痛万分的椎名联合众人之力，终于征服了沃尔特。签约完毕后温蒂妮出现，地面发生剧烈震动。原来由于两个世界相对属性的精灵都得到解放，原本连接两个世界的玛娜流也被切断了，两个世界互相榨取玛娜的局面也得到缓解。出去雷之神殿，大蛇已经等候在此，他告诉了罗伊德东南方的海中有式神的反映，而那里也是雷内盖多的据点。
在大蛇的帮助下，罗伊德等人成功潜入基地，好容易打开机关找到飞行器才发现尤安已经带兵等着罗伊德了，幸得基地突然震动，罗伊德等才有机会乘坐飞行器逃离基地。
飞往东边的天空，终于追上了罗迪鲁，可怜的柯雷特被关在魔法阵里动弹不得，打败罗迪鲁召唤出来的飞龙，柯蕾特由于魔法阵的原因体内的玛娜开始向罗伊德等人逆流，脚下出现巨大的火之螺旋。在璞蕾赛娅的帮助下魔法阵被打破，柯蕾特终于得救，而罗迪鲁要捉拿她正是因为看中了她体内的克鲁西斯辉石想用它来控制魔导炮。魔导炮？这不是在海玛时皮艾托罗所说的迪赛安正在开发的秘密武器吗？得到与雷精灵签约后玛娜流切断的启发，罗伊德决定与世界各地的精灵签约完全切断玛娜流，从而将两个世界彻底分离。
乘坐飞行器巡游世界，分别在冰之神殿和地之神殿与冰精灵赛露西斯及土精灵诺姆签约后，忽然天色大变，一道闪电直落奥泽托方向。当罗伊德等赶到奥泽托村时，这里已经面目全非，大火吞噬了整个村庄。火光中，罗伊德救起整个村庄唯一一名幸存者，而眼前所救的这名手无寸铁的半精灵族少年有着一个响亮的名字米托斯不错，与古代大战中拯救世界的勇者的名字完全一样！
听米托斯说，伴随着闪电，一群天使开始袭击村子。毫无疑问，又是克鲁西斯干的好事！