距今4000多年以前，
勇者米托斯在圣地卡兰为古代战争画上了休止符。
结束战争的米托斯与女神玛天露签定了契约，
将战争的罪魁祸首迪赛因封印起来，
解救人类于苦难之中。
岁月流逝，转眼到了现代，
享受着平和生活的人类渐渐忘却了邪恶的黑暗迪赛安，
但是这股原本应该已经被米托斯封印的邪恶势力却悄悄地积蓄力量再度抬头了。
作为生命之源的玛娜被榨取，
世界被前所未有的灾难所侵袭。
人们都在等待，
等待着接受女神玛天露嘱托的再生之神子封印迪赛安，将他们解救于苦难那天的来临……
人们把希望寄托在了生活于神托之村的一名少女身上，
少女名叫柯蕾特。
她便是带着拯救这个被黑暗笼罩的世界的使命而出生的再生之神子。
终于有一天，女神嘱托的日子来临了……
而以柯蕾特和她那青梅竹马的伙伴罗伊德及一群无名英雄为中心的无尽的世界再生之旅也将在此拉开帷幕。
很久以前，在世界的中心有一棵孕育着玛娜的大树。
但是由于战乱，这棵大树最终枯竭了，
而勇者的生命也化为了玛娜。
为此而叹息的女神消失于天际，
她向人间派出了天使，
“如果我长眠不醒的话，那么世界将会毁灭，所以请把我叫醒吧！”
天使孕育了神子，而神子则以通天之塔为自己的目标。
这便是我们这围绕着世界再生而展开的故事的开端……
再生之旅始动
神托之村伊赛利亚，一个原本平淡无奇的小村庄，却由于17年前被选为神子的少女柯蕾特的诞生让世人记住了它的名字。
少年罗伊德的贪玩不爱学习在村里是出了名的，课堂上被美貌的女老师莉菲尔罚站也是家常便饭，而这次他居然在课堂上站着睡着了。
莉菲尔早就对这个习以为常了，把原本要问罗伊德的问题让她的弟弟吉尼亚斯来回答。
“古代大战在勇者米托斯的努力下于圣地卡兰停战…”吉尼亚斯站起来，自信满满地回答着姐姐的提问。
“不错，然后勇者米托斯和女神玛天露签定了契约，将作为战乱原因的迪赛安封印了起来。”
莉菲尔补充道，“今天就是预言的日子，是玛娜的神子听取女神玛天露嘱托的大日子。那，神子柯蕾特…”
莉菲尔把目光移到了课堂正中的一名金发少女身上，“请回答我关于世界再生之旅的问题。”
柯蕾特应声起立，完美地回答了老师的提问。
“恩，不愧是神子。现在的粮食不足和残酷的日照就是玛娜枯竭的原因。听说这是迪赛安在人间牧场大量消耗玛娜所造成的。而神子之旅，也可以说成是复活玛天露和消灭迪赛安之旅。那么，下一个问题是…”
莉菲尔正要继续提问，窗外耀眼的白光打断了她的思路，而教室里原本就不高的学习气氛也被完全破坏了。
“静一下！神的嘱托好象已经下来了。我去圣堂看看情况，你们就在教室里自习。”
莉菲尔说着便迅速往教室门外跑。
“老师，我也想一起去…”
柯蕾特请求道。
“不行，柯蕾特。神的嘱托下来了，祭司们等下也应该会来这里，你在这里等着吧。”
莉菲尔说完便匆匆地走了。
罗伊德也想出去看个究竟，可吉尼亚斯拦住了他。
这时，祭司满身是伤地走来了，一进教室便倒在了地上。
“突然…有一群…迪赛安打扮的人…侵入了圣堂…”
他吃力地说：“伊赛利亚和迪赛安不是签定了互不侵犯条约的吗？怎么会…！”
吉尼亚斯问：“我…也不…知道…”
祭司长说完便永远闭上了眼睛。
柯蕾特知道大事不妙，决定赶往圣堂，而罗伊德和吉尼亚斯也答应同行。
跑出教室却发现外面一个人都没有，看来是因为害怕迪赛安而躲起来了。
从柯蕾特的养父弗兰克口中得知迪赛安确实是入侵了，不过所幸的是村民们都没有受到伤害，他们是直接冲着大圣堂去的，而弗兰克的义母法伊多拉却还在大圣堂，看来要赶去大圣堂已经是刻不容缓的事情了。
来到大圣堂，发现原来白光是从这里发出的，看来神的嘱托确实是下来了，而柯蕾特也将正式成为再生的神子，像勇者米托斯那样拯救世界。
走上台阶，法伊多拉已经被一群迪赛安打扮的人包围了。
“神子在哪里？”他们的头目波塔问道。
法伊多拉不理他，叫赶来的柯蕾特等人快逃。
但是已经来不及了，波塔已经发现了他们，并吩咐手