“惜乎吾谋不用’，对此极其沮丧灰心，一面深深自责，以受任无功自请严议，还以病重待治为由乞恩开缺归还故里。另一面还对帝党的处境深表同情，他致信翁同和说，“前承手书，赐答，训勉殷拳。曾几何时，局势一变，承明人对，不知如何咨磋，朝夕论思，不知如何痛愤，难乎为我皇上，亦难乎为我公矣!”。正是在甲午和战的问题上，刘坤一对后党误国的愤慨，对帝党处境的同情，使得他在其后的七、八年仕途生涯中，政治态度明显倾向于帝党，在戊戌、己亥、庚子等年的事变中，才不惜冒着随时丢官丧命的危险，凛然而出反对那拉氏废默光绪帝的阴谋举动。刘坤一乞恩开缺的辞呈未获批准，清政府欲将他调任北洋。他认为此官难做，鉴于昔日左宗棠人值军机受尽挪愉，今之李鸿章受人唾骂，因不愿自取其辱而抵死固辞。清廷只好让其重回南洋任上。
康、梁“公车上书”后，维新变法起，光绪皇帝表示不愿作亡国之君，极力想从慈禧的淫威下抬起头来，尽管帝党和维新派的政见并不完全一致，但在严重的民族危机下要求救亡图存这一点是有所共鸣的。同时，维新派想借皇帝之力，实行自上而下的变法维新;帝党也想借用维新派的舆论力量来达到掌握中央实权的目的。但是这两派的力量都小得可怜，仅有一个无权的皇帝，几个未握实权的大臣，再加上一群无权无勇的书生，他们最大的苦闷就是缺乏实力的依托。刘坤一这个手握一方军政大权、政治上又倾向帝党的两江总督，就为他们所特别倚重。但刘坤一对太后与皇帝的忠心却并无立致。光绪二十年(1894)二月，刘去山海关前人觑慈禧，太后谈及安维峻的奏稿，说其离间她母子。刘劝说道:“言官措辞过激，意在纳忠或借沽直谏之名，断不敢稍涉离间，臣所虑不在内庭而在外庭，寺宦多不读书，鲜知大义，以天家母子异居难免不以小忠小信往来是非，不可不杜其渐。”。慈禧亦格外予其殊荣，赏赐御书福、寿字、松寿字各一幅，谈话时间几达一个半时辰，赏饭奕仪殿，此待遇都是其他大臣未曾有过的。她对刘间寒问暖，叮呼赴山海关要多带衣去，还称刘之操守为天下督抚第一。刘为之感激涕零，他在《慈谕恭纪》中说，“窃尝披览史册，战国时赵君王后于触龙、宋高太后于学士苏轼君臣之间，脱略形迹，谆谆告语，如对家人，诚千载一遇也。坤一以封疆外吏，仰荷慈恩，至握极优，敢不谨录存以垂不朽。”。
刘坤一在帝后党争中，其政见则有明显的倾向，这又主要表现在他与帝党首要人物翁同和的深挚交谊上。刘、翁交谊可上溯到光绪初年刘二任江督之时。在京觑见期间，刘、翁多次深谈，给他留下了深刻的印象。他说，“翁叔平品评政府诸公，恰如其分;于中外交涉，肯窍亦极了然;至于临大事、决大机，侃侃而谈，不惜一深虚名以贾国家之实祸，不能不令人心折。”他还对王先谦说:“方今人材，唯我先生与翁叔平。”。翁对刘亦十分推崇，他说，刘坤一“朴纳有道气，迥非时流所能及。舰庄谈时事，至于挥涕，吾济独不能出亦言乎?此人具有深识远见。”甲午战起，翁极力推荐以刘来取代李鸿章。刘对后党的一意求和妥协以及帝党未握实权的境
况甚为担优，深恐未出师抗战即成虚语，因此就更希望翁同和等人在朝枢的努力，临行前以手拍翁之背说，“君任比余未重”。战后刘回江南主政，翁、刘之间，书函往来甚多，知无不言，言无不尽，堪称知己，翁的门生故旧以及倾向于帝党的江南绅商大都于刘关系甚密，江南各省遂成为帝党最为活跃的地区。翁于戊戌被黝，刘感伤不已，并为其大鸣不平。他说，“康有为案中让误，内则有翁中堂，外则陈右帅，是皆四海九州所共尊为山斗倚为柱石者，何以贤愚杂揉至此!”
戊戌政变发生，光绪被囚，慈禧太后欲行废黝事，还盛传以治病为由致死光绪。帝党和维新派朝不保夕，朝廷上下哄不敢声。当此事机危迫之际，刘坤一不顾忌讳，披沥上呈了《太后训政保护圣宫疏》。他说:“国家不幸，遭此大变，经权之说须慎，中外之口宜防。现在谣琢纷腾，人情危惧，强邻环伺，难免借其兵端。伏望我皇太后、皇上慈孝相孚，尊亲共戴，护持宗社，维系民心。”并请“曲赦康有为等余党，不复追求，以昭大信。”。此疏上陈，慈禧太后摄于刘的位望，只好对光绪慎以处之。加上此疏在社会传开之后，便在全国产生了连锁反映，一时力争者踵起，形成了相当声势的营救光绪帝的运动。同时英、法等国也派人进宫“问疾”，并在报纸上大造舆论，干涉慈禧的“桐宫之举”。慈禧在沉重的压力之下，废黝和暗害光绪的计划终未能实现。
在百日维新中，刘坤一对变法诸事的态度比较消极，对康、梁维新派的“平等”、“民权”等不感兴趣，对光绪接二连三的变法诏令，也只是“可行行之”，“可办办之”，只求其稳，不求其速。但他却偏在政变之后，连呈了多道后党不愿闻而帝党又不敢言的奏折，一面汇报江南变法之情形，一面请求继续变法。后党认为光绪仍为皇帝，其威胁甚大，因此他们不顾国内外舆论以及列强瓜分中国愈演愈烈之势，加快了策划废立阴谋。光绪二十