锦衣卫门下分有四旗，青红白黄，意为青龙、朱雀、白虎、玄武。
四旗的选择并非是门下弟子在足够实力进入四旗的时候才开始的，而是在门下弟子实力达到百户即聚气之后，就已经开始了。在这个阶段的弟子必须做出选择，从而进行定向培养，因为四旗的划分并不是单单的就只是颜色和名字不同而已，其内部及其武学修炼更是完全不一样的。.com /
青龙，为锦衣中坚，青龙弟子在锦衣卫中就是多面手，他们可以胜任各种任务，说穿了就是锦衣卫中的特种兵，要成为青龙弟子需要有较高的天分。在武学方面，每个青龙弟子都会选择一套刀法和剑法，轻功是统一的八步赶蝉和武当的纵云梯，这个四旗入门弟子是没有什么区别的。只有更高层的弟子才会有机会在内部接触到更高级的武学和轻功。
青龙子弟装备，单剑一柄，剑的种类不限，用什么顺手就带什么。单刀一柄，种类一样没有限制，接下来就是青龙弟子的特色武器。
夺命环，一种机关武器，机关没有打开时就是一个普通的铁环，打开保险锁之后，铁环圈外就会出现一圈锯齿，使用方法很简单，就是扔出去。夺命环在掺入内力之后，犹如切割机一般，可以轻易的将敌人劈开，对付成片的敌人非常有效。每个青龙弟子都会随身携带两个。
勾魂索，一条锁链，一头垂有一个小铁锤，另一头则是勾爪，长八米，平时缠绕于腰间。多用于攀爬，同样也可以拿来当武器或者是布置陷阱，锁魂钩法是每个锦衣卫弟子都必修的课程。暗器方面并没有什么特别的规定，可以自选携带。
朱雀，为锦衣眼线，说穿就是锦衣卫的情报部门，他们除了要学习武学之外，还必须要学习易容术、侦查技巧与反侦察等等，为了应对现代科技的进步，计算机课程也是他们必学课程之一，每个朱雀弟子都是一个高级的黑客。
朱雀弟子武学方面，一套匕首武技，一套暗器手法。既然身为情报人员，自然不可能带着刀剑去侦查，枪械那就更不可能了，有时候为了深入敌营，他们必须卧底潜入，武器都会被没收，而匕首和暗器就是最好藏的东西，锦衣卫也会为他们特制一些非金属的武器，可以避开金属探测仪，比如钢化玻璃打磨而成的暗器等等。
特色武器，断魂丝。在科技的日新月异的进步下，断魂丝已经由原来只能用金属打造，到现在用高强韧的纤维制作，这些断魂丝更加的容易被隐藏在身上，锦衣卫的工匠们甚至为朱雀阁的女弟子研发出了一种用断魂丝编制的性感胸罩，虽然是有些存心不良，但是事后证明，这东西在完成任务的时候实用性非常的强。
无影针，其启发源于唐门的蚊须针，飞针纤细透明，乍眼一看根本无法发现它，要使用这种暗器必须要学习配套的暗器手法。无影针一般都是喂了高强度的麻药或者是毒药，但是因为体积太小，药量经常不足以杀死敌人，所以一般都是当做牵制武器使用。
白虎，为锦衣利刃，白虎弟子在锦衣卫中就是强攻手，一柄大刀，就是他们的标志。白虎弟子装备，大刀一柄，等级越高就会换上越重的大刀，锦衣卫白虎弟子所用的大刀可以自由变换长短柄。白虎弟子武学精研刀术，对于长刀术更是非常精通，短刀离魄刀法，长刀黄龙长刀术。同时白虎弟子都会学习一套追风碎魂腿，这是一套自创腿法，为什么会叫这个名字，缘由如下。
铁皮靴，白虎弟子穿的鞋子并非是普通的鞋子，他们的鞋子都是特制的，在脚尖处镶有钉皮，铁皮打底，一双鞋子有三斤重，所以千万不要以为白虎弟子短打近战不行，其碎魂一腿可是响彻江湖的存在，其他门派的人在看到白虎弟子的鞋子后，都会下意识的去护住自己的下档，其实碎魂一腿就是臭名昭著的撩阴腿。。。。。。。。。。。。
铁虎拳套，一种近战格斗武器，虽说白虎弟子刀不离手，但是难免也会有意外的时候，铁虎拳套就是为了应付这种情况而配备的，拳术一般都是白虎弟子自选，没有固定的套路。
玄武，为锦衣铁盾，玄武是锦衣卫中最特殊的部门，在里面完全都是汉子，没有一个女人，虽然不知道为什么，但是就是自创建以来就没有女人加入过。
玄武弟子基本上都是肌肉发达的汉子，但是这并不代表着他们的头脑就简单了，相反这些人头脑非常的好，头脑差的人能学机关术么？机关术是非常复杂的东西，锦衣卫所有部门弟子的武器，暗器各种机关道具全部都由玄武阁包揽。
即使到了现代，锦衣卫弟子依旧还是使用着玄武阁生产的机关道具，原因是现代武器会留下的痕迹太多，并不适合锦衣卫使用，像一个幽灵的来，然后像一个幽灵一样离开，这才是锦衣卫弟子想要的效果。
玄武弟子的武器是非常特殊的武器。战盾，这种武器与其说是江湖武器，其实更像是军队的编制武器。战盾边缘带有利齿，杀伤靠盾击和边缘的利齿切割，其盾牌可以脱手飞出去，就好像夺命环一般。玄武阁弟子，学习的是锦衣卫收集整合的战盾之术，高级玄武弟子用的是大如门板的战盾，战斗