但是，直到天武天皇死，仍未能建成，工程曾一度中断。天武天皇的妻子即位成为持统天皇后，继承亡夫的心愿，于数年后开始继续修建。削平山头、填平低谷，以当时的生产力水平来说，这实在是件庞大的土木工程。
在定都藤原京以来，倭国政府对宅地的划分就已经有了明确的规定。右大臣等高官贵族可以拥有四町土地，担任政府高官的贵族占地一至两町，中、下级役人、庶民按家族人数、纳税额的多少分给一町、二分之一町、四分之一町不等的土地。按此时倭国的等级制度规定，中、下级役人、庶民最少可以分得四分之一町的土地。
由于宫殿占地面积很大，所以宫殿附近的地方相对来说狭窄的宅地较多，容易自成一家，于是享有特权的贵族往往选择在此居住。
根据后世的考证，藤原京大约有贵族、役人、庶民和僧侣等两三万人居住，倭国政府也学着大唐模样，在城中设立市场“东市”和“西市”。
一直到公元710年，倭国朝廷才放弃了藤原京，迁都平城京，藤原京结束了它的都城使命。建筑物被解体，拆下来的柱、瓦、石料等被运往平城京再次使用。随着贵族、役人们搬入平城京，藤原京也就慢慢成为废墟。
至于为什么要迁都，通常认为是由于藤原京中的人口增长过快，而且随着律令制国家的完善和发展，迫切需要一个交通更加便利、占地更加广阔的新都城，那就是后来的平城京。藤原京的繁华犹如昙花一现，昙花盛开和流星掠过一样，是短暂的，却又是辉煌艳丽的。
通过后世的一些考古发掘，不难看出藤原京的繁华，虽然和大唐的长安城远远不能相比，但是在生产力落后，科技不发达的倭国，能建成这么一座大城，已经是非常难得的事情了。
不过藤原京再怎么繁华宏伟，此时也难以在承担它原本在历史当中的使命了，唐人征伐在即，藤原京内的达官贵人也是人心惶惶，一些平民百姓已经开始悄悄的掏出了藤原京，迁往深山居住，期盼着能躲过唐人的兵锋。
天武天皇此时也是一筹莫展，看着一路担惊受怕赶回来的村国男依，天武天皇的一张脸，苦的几乎都能滴出水来了。
“唐人主帅当真这么说！？”
村国男依用力的点点头，颓然道：“确实如此，那唐人主帅便是弑杀了天智天皇陛下的元凶，在大唐国内也是颇有名气！”
天武天皇哦了一声，道：“你且说说看！”
村国男依道：“唐人的主帅名唤杜睿，是唐国皇帝驾前的重臣，为了笼络他，唐国皇帝甚至不惜将两位公主嫁给了他，他的一些经历，听起来也十分传奇，听闻他年近十岁便跟随大军出征，征伐了当年雄踞草原的突厥人，而后又亲自领兵，远征西域，一月之间，连灭三国，此后又率军回师，千里奔袭薛延陀人，再次大获全胜，而后他又奉命出海，听说到过极东的地方，还发现了一片新大陆，足有现在大唐的数倍之广！”
天武天皇听着，一双三角眼不禁烁烁放光，比大唐还要大上数倍，那该是多大的一片土地啊！
不得不说，倭人都是些喜好意。淫的家伙，如今大唐兵锋都快指到他鼻子尖上了，这个天武天皇居然还在幻想着，那些海外的土地。
村国男依赶紧咳嗽了两声，道：“陛下！这杜睿在辽东，三韩杀人盈野，臣听他的言语似乎对我大和国也深有成见，一旦兵临扶桑”
杜睿对倭国有很深的成见，天武天皇闻言，顿时觉得莫名其妙，虽说前次倭国出兵襄助百济，惹得大唐皇帝震怒，可倭国大军已经全都交代在三韩了，就连他们的天智天皇都被杜睿砍了脑袋，就算是有天大的怒火也还消了吧！怎的还不依不饶？
“这这是为何？”
村国男依苦着一张脸，道：“臣也是莫名其妙，也曾向那杜睿请求宽恕，可可那杜睿将金银财宝全数留下，将那数百美女也都发遣为奴，可依然在整军备武，恐怕等到春暖之时，就要进兵了！”
天武天皇这下也慌了神，忙道：“这可如何是好！这可如何是好！”
天武天皇虽然对兵法韬略也甚为精通，历史上他还曾发动了壬申之乱，夺了自家侄子的皇位，可是面对气势汹汹的大唐帝国，倭国的那点儿实力根本就不够看，更何况如今各地的贵族番主都各自为政，根本就不听从他的调令，想要抵御大唐的进攻，基本上就是不可能的事情。
可是闭目待死，天武天皇又实在是不甘心，他好不容易熬到父母死了，兄长也死了，轮到他坐这个天皇的位子，心中的一番宏图大志总算是有了施展的机会，要是就此终结的话，岂不是愧对了他这么多年以来的隐忍。
正想着阿毕麻吕通报，走进了大极殿，面上还带着喜色，天武天皇一见，就好像抓住了一根救命稻草一般，急忙道：“可是有了好消息！”
远在天武天皇在派遣村国男依前往登州面前杜睿的同时，也没有放弃拉拢那些贵族番主，阿毕麻吕出去了两个月的时间，如今总算是回来了。
阿毕麻吕对着天武天皇