寻找到聚魂棺或者打开聚魂棺的钥匙，也让女巫提亚看破了他的伪装：此时他心神不宁，根本无法辨识自己他想要的是什么。这对于杰克-斯派洛船长来说，是绝对十分罕见的！
杰克-斯派洛用黑珍珠之前那个船长巴博萨的不死猴作为交易筹码，交换到了戴维-琼斯的信息，知道戴维-琼斯当年为爱献出了自己心脏的故事，这也成为了他的致命弱点，谁掌握了聚魂棺里的心脏，就能够掌握戴维-琼斯，成为新的海上霸主。提亚-朵玛最后给了杰克-斯派洛一罐泥土，来自于埋葬戴维-琼斯心脏的小岛。因为戴维-琼斯无法登陆那片海域，所以这罐泥土在关键时刻就能够保护杰克-斯派洛。
于是他们再次踏上了寻找幽灵船飞翔荷兰人号的征途。
发现海面上的一艘残骸之后，威尔-特纳就单独划船上去找钥匙，结果发现这居然是陷阱。在经历顽强抵抗之后。威尔-特纳还是被戴维-琼斯抓住了。而杰克-斯派洛搭乘着黑珍珠号在不远处用望远镜看着这一切，谁知道下一秒就发现戴维-琼斯出现在了自己的面前。
“无耻”的杰克-斯派洛在试图以威尔-特纳被抓住了作为交换，让自己得以脱身，未果之后，与戴维-琼斯达成了协议，三天之内，他拿一百条灵魂来代替自己的灵魂作为报酬。杰克-斯派洛想起戴维-琼斯是为了爱挖出自己的心脏。于是就告诉戴维-琼斯，威尔-特纳就要结婚了，这成功打动了戴维-琼斯。戴维-琼斯把威尔-特纳留在了飞翔荷兰人号上作为水手，而杰克-斯派洛则出发去收集灵魂剩下的九十九条灵魂，从而使自己能够顺利脱身。
由于戴维-琼斯没有规定九十九条灵魂的种类，于是杰克-斯派洛来到了龟岛——这是一个海盗港口，有着无穷无尽的海盗。在这里，杰克-斯派洛招聘到九十九名水手似乎并不是困难的事。
在这里。杰克-斯派洛遇到了假扮成为水手搭乘官方船只抵达龟岛的伊莎贝拉-斯旺，以及伊莎贝拉-斯旺的前未婚夫，如今为了追捕杰克-斯派洛而堕落成为海盗的詹姆斯-诺林顿准将。杰克-斯派洛说服了这个小妮一起出发去寻找戴维-琼斯的心。而詹姆斯-诺林顿也一起同行登上了黑珍珠号。经过交谈之后，他们发现了上将卡特勒-贝克特的真实目的，他也希望找到聚魂棺，然后通过聚魂棺里的心脏控制戴维-琼斯，从而达到控制海域的目的，让东印度公司的海上事业蓬勃发展起来，同时剿灭所有的海盗。詹姆斯-诺林顿在一旁不仅听到了这个消息，还得知，卡特勒-贝克特的交换条件就是一纸大赦文书，并且承诺持这个文书的人能够成为东印度公司的雇员。
与此同时。在飞翔荷兰人号上，威尔-特纳和父亲比尔-特纳想用赌色的方法把钥匙从戴维-琼斯那里赢过来，可惜失败了。不过，最后威尔-特纳在父亲的帮助下，还是成功偷到了钥匙，并且和一帮人划船逃走。此时。戴维-琼斯这才意识到，杰克-斯派洛的目标是他的心脏，顿时大怒。戴维-琼斯再次召唤了章鱼海怪出现，把威尔-特纳的船击沉，除了威尔-特纳逃生之外，全军覆没。然后，戴维-琼斯飞快地朝聚魂棺所在的海域前进。
由于自己无法使用罗盘，杰克-斯派洛将罗盘交给了伊莎贝拉-斯旺，利用伊莎贝拉渴望找到聚魂棺解救威尔的心理，与詹姆斯-诺林顿一起成功地抵达了海岛，并且挖出了藏有心脏的聚魂棺。与此同时，威尔也偷听到了聚魂棺埋藏的位置，抵达了海岛，找到了三个人。
威尔想要毁灭心脏，以消灭戴维-琼斯；杰克却担心戴维-琼斯死了，那只章鱼海怪就失去控制了；詹姆斯则为了东山再起，想要拿到心脏去讨好上将，于是三个人谈判破裂，展开了激烈的斗争。由于太过于投入，以至于没有发现另外两个海盗把箱搬走了，伊莎贝拉去追箱，同时，飞翔荷兰人号也抵达了小岛。
杰克-斯派洛成功引起了威尔和詹姆斯之间的战争，然后借机抢走了威尔身上的钥匙，并找到聚魂棺，把里面的心拿了出来，放在女巫提亚给他的那一罐土里面。杰克-斯派洛带着箱和罐回到了木船上，詹姆斯-诺林顿无畏地宣称他要带着空箱引开敌人的活力，让他们可以顺利逃脱，其实他不止带走了箱，还趁杰克不注意的时候，把罐里的心脏也拿走了。詹姆斯-诺林顿果然被戴维-琼斯的手下堵住，他立刻丢下了空箱逃走。
不可避免地，黑珍珠号和飞翔荷兰人号狭路相逢，颠簸之中，罐摔碎了，杰克-斯派洛这才发现心脏已经不见了，暴跳如雷。不过当务之急，还是应付章鱼海怪。但在战斗过程中，伊莎贝拉发现杰克本性难移，他居然又自己一个人偷偷划船逃走，这让她很是生气。
杰克-斯派洛虽然成功划船逃走，但是当他再次打开罗盘之后，却再次划船回到了黑珍珠号上。因为一直失灵的罗盘又能够使用了，显示了他内心最向往最渴望的东西，就在那艘船上。也许是黑珍珠号，也许是朋友……
杰克-斯派洛回到了黑珍珠号上，引爆了火药桶，暂时逼退了章鱼海怪之后，勒令所有人立刻弃船逃生。伊莎贝拉-斯旺发现章