舟山，五月初甘辉、余新、万礼就从台湾逃到了这里，他们离开后郑袭向郑经投降，被郑经迁移到了厦门居住。
虽然甘辉等人本想只身出逃，但追随者还是不少，本部共计有船只二十艘，兵将五百余人，全都是甘辉等人的心腹，因为忠于主将或是害怕受到牵连而跟着逃来。南京之败导致这三个人的势力大减，不然跟着他们一起逃跑的人或许还会更多。除了这些延平藩的兵马外，还有一万多广东渔民，都是周玉的手下，他们先是被甘辉解救到台湾，甘辉出逃的时候，他们中的大部分人自愿再次出海，跟着甘辉来到舟山。
逃来的郑军嫡系只有五百人，算上家属也不过千余人，张煌言倒是安心不少。人数不是太多，舟山收留了他们也不算太大的事，郑经多半也会卖舟山一个面子，不至于穷追不舍，一定要张煌言把人交还，毕竟现在双方还是并肩作战的抗清盟友；如果甘辉他们带来上百艘舰船，两、三千精兵，郑经说不定就会担心留下后患，坚持要舟山尽到同盟的义务，向金厦移交叛逆了。
得知郑成功去世后，张煌言伤心不已，在邓名的前世，张煌言就为此丧失了斗志，解散了军队，决心以死殉国。不过现在张煌言虽然悲伤，但并没有绝望，不但没有解散军队，反倒积极筹划如何把郑成功先前的那副担子也承担起来。
郑成功生前最主要作用就是牵制住了清廷部署在广东、福建的重兵，现在金、厦既然还在明军手中，郑经还在两地驻扎着数万人的军队、近千艘战舰，那张煌言觉得闽粤的清军重兵和耿、尚两藩还不能东进或是北移——这个战略负担张煌言觉得暂时还不需要自己去接替承担。
在暗暗松了口气的时候，张煌言又想到了郑成功的第二个作用，那就是控制海贸，为明军寻找军费来源。在本月初，暂住在舟山的日本人寻找各种借口回国，这无疑是个不详的征兆；而本来客客气气想寻求合作的荷兰人，也先后扬帆离港。他们当然不敢明说，但荷兰人认为郑成功去世后，巴达维亚议会多半会再次改变东亚的政策，重新倾向于与明军开战——他们猜得不错，在邓名的前世，在了解了最新的进展后，巴达维亚就决定和满清合作，拒绝向明军缴纳海峡通行税，并动用武力保卫通航权、争夺对日贸易权。随着金、厦易手，明军也确实失去了对海峡的控制，台湾的收入转而依赖屯垦收入。
张煌言虽然嗅到了危险的气味，不过危险还没有立刻变成现实，而且东南的形势让张煌言特别担忧，因此也没有时间仔细考虑海贸的问题。张煌言对控制航线和开展贸易的重视程度远远比不上郑成功和邓名，在张煌言看来，贸易只是在失去陆地根据地后不得已而为之的备用筹款方法罢了——就比如瓷器吧，如果不能把江西景德镇控制在明军手中，张煌言就感觉睡觉都不踏实。
虽然邓名几次率领川军打到江南，但清廷在东南的官吏都觉得邓名来一趟不容易，光是看看地图就能知道四川是多么遥远，而且还有周培公这样的年轻将星成长起来——虽然大家都清楚周培公在面对邓名时多半只能自保，但有这么一个宿敌在，邓名总不能一点顾忌都没有吧，说不定下一次他就被周培公成功伏击了。对东南各省具有强大威慑力的人还是郑成功，现在延平郡王去世了，张煌言觉得自己必要肩负起震慑江南清军的任务了。
“保国公已经进入江南了。”张煌言对甘辉说起他刚得到的这个情报时，满脸都是兴奋之色。
舟山的实力明显不能和郑成功相比，从三月底、四月初开始，东南清军官府的态度变得越来越恶劣，对舟山、崇明的走私船只查抄变得越来越频繁和肆无忌惮。孤掌难鸣的张煌言根本没有报复的实力，只能被动地提高警惕，在舟山进行戒严的时候通知崇明的马逢知多加小心。
见到舟山无力反击后，东南官府的气焰就更加嚣张，无论是蒋国柱还是林启龙，他们对手握数万精兵和十几万大军的邓名和郑成功畏之如虎，但面对舟山和崇明时，欺软怕硬的面目就暴露无余。在南京多次蛮横无理地撕毁条约，搜查抢夺舟山的货船后，张煌言还给周培公去过信，提醒周培公休要欺人太甚。
不过周培公对舟山也是态度暧昧。后来淮安来了一个林启龙的使者，带来了漕运总督的口信，表示可以维持邓名临走时替崇明争取到的河道通行权，不过舟山方面必须提高税费，而且有很多货物都不可以走私，必须出售给漕运衙门，因为林启龙打算进行垄断。以后河道方面还会发布更多的专卖货物名单，舟山必须严格遵守，否则林启龙不能保证进入运河的崇明走私船的人员安全。蒋国柱虽然还没有提出明确的要求，不过估计也会和林启龙一样对崇明敲诈勒索。张煌言若是不答应他们的条件，邓名托付给他的航运贸易恐怕立刻就要出大问题；而如果答应的话，他又担心东南清廷官府得寸进尺，甚至要明军交还崇明——无论蒋国柱还是林启龙，都不是什么信守诺言的君子。
四月底，邓名东征至湖广的消息传遍江南后，林启龙和蒋国柱就再没提出过新的要求；五月初，先是崇明送来报告，马逢知称河道官兵和两江官兵都