据，将无从窥探学问的门径，无法升堂入室，但光重名物考据，不探求义理，仍然不能步入学问的殿堂。他在《揅经室一集》卷二《拟国史儒林传。序》称：“圣人之道貌岸然，譬若宫墙，文字训诂，其门径也。门径苟误，跬足皆歧，安能升堂入室乎……或者但求名物，不论圣道，又若终年寝馈于门庑之间，无复知有堂室矣。”可见，阮元虽主张由训诂求义理，但同时意识到汉学埋头故纸，限于猥琐的流弊，坚决反对“但求名物，不论圣道”的纯粹训诂之学，意在超越局部的研究而作融会贯通的工作，这也是阮元在学术见解上体现出与戴震之学的差异。阮元从事文字训诂，着眼于源流和发展演变，着眼于字群音义上的相互联系，不是进行一词一义、一事一物的孤立的研究考证，而是以联系的、发展的眼光来观察研究事物。研究礼制典章，不纠缠于事物名称的孤立考证，而是着眼于古代礼制的大体，不脱离历史发展的背景和阶段性，充分体现出他联系、变化、会通的史学观，诚如皮锡瑞所言：“今得阮元之通识，可以破前儒之幽冥矣！”（《经学通论。三礼。论明堂辟雍封禅当以阮元之言为定论》）
在考据方面
阮元的业绩主要体现在文字、主源、金石碑刻和对于典章制度的考等诸多领域，比如在考证文字本义和造字之始时，阮元与戴震提出的“读书首在识字”的指导思想一脉相承，考证字的语源、本义、通假、训诂并有所发挥。又如在对于古代的典章制度的研究中，阮元经过细密考证，写出《明堂论》、《封泰山论》等文，认为所谓“明堂”、“辟雍”只不过是上古没有宫室时的一种简陋的结构，很象后世游牧地区的帐篷，上圆下方，四周环水，每逢大事如祭祀、行军礼、学礼，或者发布政命，都在这里举行。阮元还说，“封”是统治者在南郊祭天，“禅”是统治者在北郊祭地。阮元这种解释，都是他经过周密考证的结果，为时所称。
阮元一贯主张“若义理从古训中来，则孔子所得之义理，必自孔子以前之古训中来”，正如在《诗书古训》一文他说：“万世之学，以孔、孟为宗；孔孟之学，以《诗》、《书》为宗。学不宗孔、孟，必入于异端。孔、孟之学所以不杂者，守商、周以来《诗》、《书》古训以为据也。《诗》三百篇，《尚书》数十篇，孔、孟以此为学，以此为教，故一言一行，皆深表不疑。”此外，《论语论仁论》、《孟子论仁论》、《性命古训》等都是阮元所作关于阐发义理的著述。
阮元先后在杭主政十二年，每到清明时节，他总要到郊外踏青，最喜欢去的就是远离尘嚣的半山（皋亭山）。他把半山比成绍兴的兰亭，和文人学士一起饮酒吟诗修禊。嘉庆
三年春天，杭城接连下了二十天的雨，天一放晴，他就邀好友陆耀遹、蒋徵蔚等人，坐着小船到半山看桃花。当船在半山桥靠岸后，半山一带千树万树的桃花绚烂夺目。他们在桃花丛中饮酒吟诗，直到远处传来隐隐的雷声，醉意方醒，才踽踽登舟返回。
嘉庆五年阮元升任浙江巡抚，这年的三月上巳日，阮元邀了陈文述、吴文溥、孙韶、程邦宪、许珩、黄文旸等好友，坐着画舫到半山，他们观赏桃花后又作画题诗，陈文述还在《皋亭山修禊作图纪事》上，写了一首“迎眸山色一痕清，修禊人来画舫停；一种桃花与修竹，皋亭原不让兰亭”的诗句。
嘉庆八年闰二月，阮元到海宁一带检查海塘，回舟时特意从临平过半山看桃花，他屈指一算这天是冬至后的第一百零二天，再过四天就是清明节了。他看到半山的桃花开得无比艳丽，漫山遍野都是黄灿灿的油菜花，便随口吟出“江南江北花孰多，花多花少皆当歌，千红万紫不来看，花自春风人奈何”的诗句来，关照世人，切莫辜负这大自然赐予的美好春光呀！
嘉庆九年春，他和侄子阮常生等人乘船出城，沿着桃红柳绿的河道，听到了黄莺婉转的叫声，看到了油菜花丛中飞舞的蝴蝶……舟行春色里，身在明镜中。当船行至石桥时，他走到桥上四处眺望，只见一朵五色彩云向半山方向飘然而去，他脱口而出：“春花何处来，消息甚轻捷；一夜皋亭山，绿遍新柳叶……”的诗句。
翌年，嘉庆十年二月，半山的桃花又开了，阮元由于公事在身，不能亲赴一年一度的半山修禊之会，便托其弟阮亨邀同人前往踏青观桃，嗣后大家都作了诗给阮元看。
十年后的嘉庆二十年春三月，此时已离杭赴他处任职去了，其弟阮亨仍然每年到半山来观桃修禊。当他来到佛日寺，寺僧出示《皋亭云隐图》给他看，阮亨看后赞不绝口：大有黄鹤山人笔意。他在寺中小住数日，将自己和友人在半山观桃修禊之诗，一首首地笔录下来，辑成《皋亭唱和集》传世。