直辖特务营，特务连装备有温特斯特m1897，营长由李济深出任。
师部设置总参谋部、武官处、后勤部和随营高等军官学校。何福光出任总参谋长，许海英、倪端以及原第二标的一些参谋官出任参谋长。武官处下辖侍从处和警卫营，李琛担任侍从处总长，王云担任警卫营营长，总长一职暂时空缺。后勤部下辖辎重营和战地医院，由师长副官邓铿兼任部长，倪端兼任总办。
何福光监管随营高等军官学校，许海英为总办，旨在培养团部级参谋官。
除此之外，吴绍霆还将黄明堂、李福林、关仁甫等民军，陈炯明、黄兴从惠州带来的循军，再加上巡警营投诚的部队，整编为革命粤军第二师。黄兴担任第二师师长，李福林为副师长，关仁甫、黄明堂、陈炯明则分为下辖第三团、第四团、第五团团长。
看上去起义新军与革命民军各分归属，互不干涉，但是实际上明显反映出了革命粤军两个师的差异。第一师是正规军，无论制式、素质、军风都是最好的，第二师虽然是纯正的同盟会血统，可是到现在都没有制式装备，而且还有那么多的会党成员，素质可见一斑。
只不过黄兴还是挺高兴的，自从上次吴绍霆辞职事件之后，他深刻的认识到，如果要让自己来统领起义新军根本是不可能的。现在吴绍霆整编了一个同盟会纯血统的第二师出来，哪怕军事素质再差，黄兴也是心甘情愿的。
在会党众人的心中，黄兴就是一个传说级的人物，包括李福林在内都是十分仰慕这位革命实干家。所以说，与其让黄兴来指挥一支根本叫不动的部队，倒不如将其安排在最恰当的位置。正所谓点塔七层不如暗处一灯。
对于这样的编制，胡汉民、廖仲恺等人也相当满意。他们原先还有些怀疑上次辞职事件是吴绍霆故意使诈，可是现在看来，吴绍霆自然而然不是这样的人了。
1月7日，革命粤军的编队总算完成。
黄兴找到吴绍霆商议，自广州起义成功之后，他们已经休整了这么久，可是广州周边城镇依然没有全部光复，眼下应该果断发兵出征，先平定省内，然后北上支持江西。吴绍霆早就知道同盟会的这个打算，他也明白要想扩大革命声势，北伐是不可避免的。
但是吴绍霆同样知道未来革命局势的走向，出兵北伐最终是失败，而以革命粤军现在的实力不可能在省外有立足之地。经过折中的考虑，他决定先让黄兴带领第二师出省北伐，广东省内的平定任务由第一师来承担。
广东省内的情况并不是那么轻松，韶关巡防提督吴祥达拥兵四千，坐镇广东北方咽喉。尽管吴祥达不可能进犯广州，但只要其坚守韶关，广州的革命粤军根本不可能轻易北上出省。除此之外，肇庆还有两个绿营军，两广交界的梧州更有龙济光的第二十三镇。如果革命粤军全部出兵北伐，广州无兵可守，同样十分危险。
黄兴很爽快的同意了吴绍霆的计划，他现在革命情绪高涨，巴不得能够早点出省带动全国革命的发展。当天晚上，吴绍霆在军部召开了出兵会议，制订详细的作战策略。