用这个港口作为其军事基地在过去十数年中导致多次两国之间的外交冲突。按条约俄罗斯将于2017年撤出塞瓦斯托波尔。每年俄罗斯向乌克兰交纳一亿美元作为其基地的租金。在大俄罗斯成立后，直接吞并了乌克兰，也就没有了所谓的租金这一说了。
俄罗斯黑海舰队始建于1785年叶卡捷琳娜二世时期，由它和波罗的海舰队以及远东鄂霍茨克舰队一起构成的统一的，强大的沙皇俄国海军，在当时名列世界海军第三。
在200多年的历史中先后参加过克里米亚战争和第一次世界大战。在卫国战争期间，参加了塞瓦斯托波尔、敖德萨保卫战，逐渐发展成为前苏联四大舰队之一。
冷战期间，黑海舰队的战略任务是控制土耳其海峡，出地中海应对美国海军第6舰队；破坏欧洲的石油航线以及美国至亚洲的海上交通线；过直布罗陀海峡，进入大西洋，从南翼包围欧洲；支援印度洋分舰队。
前苏联解体时，黑海舰队共有大小舰只833艘，其中大型水面舰只45艘、潜艇28艘，另有飞机150余架、舰载直升机85架及大量岸防和空防设备，总兵力约8万人。
黑海舰队是前苏联海军中唯一不怕冰冻围困的全天候舰队，主要基地和舰队司令部设在克里米亚半岛的塞瓦斯托波尔。克里米亚半岛位于乌克兰南部，面积2．7万平方公里，人口约250万。克里米亚半岛1783年归并俄国，1954年前苏联最高苏维埃将半岛划归乌克兰加盟共和国。苏联解体后，黑海舰队成为俄罗斯和乌克兰争夺的首要目标。
由于地位不明，黑海舰队仍悬挂前苏联海军军旗。1992年8月，俄乌两国在雅尔塔达成协议，将黑海舰队变成俄乌联合舰队，由两国共同指挥。1995年6月，两国正式决定将舰队一分为二。因舰队多数舰只年久失修，乌克兰只接收18．3%的舰只，其余部分折价售给俄罗斯。舰只分割取得进展，但双方在塞瓦斯托波尔基地租用问题上分歧严重。俄方要求长期租赁并单独使用该基地，重新组建俄罗斯黑海舰队，但遭乌方拒绝。
在大俄罗斯组建完毕后，这里成为了大俄罗斯黑海舰队的驻地，黑海舰队在历史上有四个时期，分别是沙俄时期，苏联时期，俄罗斯时期，大俄罗斯联邦时期。
沙俄时期，1783年沙皇叶卡捷琳娜大帝下令建立黑海舰队，其最早的舰只是1695年彼得大帝建立的亚速海舰队的船只。舰队很快就通过新造舰只得到扩充。在18和19世纪里黑海舰队主要对土耳其和法国舰队作战。
在克里米亚战争中黑海舰队一开始对土耳其舰队作战成功，但是在英国皇家海军和法国舰队到达后行动被动，仅限于保护塞瓦斯托波尔，而且其舰只仅被用作浮在水面上的海岸炮台。1856年塞瓦斯托波尔被攻破后剩余舰只的船员将他们的舰只炸沉。克里木战争以1856年3月18日签订的巴黎和约而告终：禁止俄国在波罗的海的阿兰群岛设防，将摩尔达维亚南部划归土耳其，放弃对多瑙河各国保护，所有国家军舰都不得进入黑海，俄国只能在黑海拥有10艘小艇。但是在1871年在伦敦召开的会议上这个限制又被取消。
十月革命后黑海舰队持布尔什维克的红旗，在此后的内战中为了防止黑海舰队落入白军以及外国入侵军的手中列宁于1918年6月18日下令舰队自沉。
接着舰队就进入了苏联时期，战后黑海舰队被重建。过去被自沉的舰只被打捞上来后修复，新的舰只下水。在第二次世界大战中黑海舰队积极对德国及其盟国作战。除海战外黑海舰队的士兵也被用作陆军，主要战役有塞瓦斯托波尔保卫战、刻赤登陆战和克里木战役等。
第二次世界大战后黑海舰队被扩建为一支现代化的、战略舰队。除黑海外其行动范围还扩展到地中海。1965年5月7日为纪念对法西斯主义的胜利黑海舰队被授予红旗勋章。苏联解体后黑海舰队的舰只被分给了乌克兰和俄罗斯。由于其经济和财政紧张乌克兰无法保持其舰队。俄罗斯也很难保障其舰队的作战能力。
对于俄罗斯来说黑海舰队拥有非常重要的历史和政治价值，但是苏联解体后其军事价值大降。1952年土耳其加入北大西洋公约组织后博斯普鲁斯海峡受西方控制，由此黑海舰队的战略价值也降低。同时苏联其它舰队获得核武备也相对黑海舰队获得了更大的战略价值。
苏联解体后整个苏联的舰队被分割给此时独立的国家，其重要性几乎完全消失。直到苏联和乌克兰达成协议为止黑海舰队多年处于地位不明的状况。俄罗斯每年向乌克兰支付9700万美元作为停泊费。
1992年后由于高加索地区的地区性冲突（尤其在格鲁吉亚）以及这个地区作为一个运输必经之地使得黑海舰队获得了新的任务。黑海舰队的海军航空兵、陆战队和运输船车臣战争中支持性地或直接介入战事。
在大俄罗斯建立后，可以说是整个黑海舰队发展的一个高速时期，黑海舰队首次迎来了超过十万吨级的大型航空母舰，虽然跟能源集团和美国人甚至是