之一的三浦朝直斩杀，然后立马为上杉军打开了城门。这下，得知了二之丸的大门已被开启后，朝定毫不犹豫的再投入两千上州兵攻城。三之丸瞬间被上杉军完全攻占，守将比乐胜广、玉冈政晴、岩上朝坚三人战死。
随着大量上杉军足轻涌入二之丸后，菅原为繁（广田直繁之子）带着心腹武士十人将二之丸水谷家屋敷内的水谷正村、水谷胜俊父子袭杀，还将水谷一族的水谷胜通砍伤。
二之丸即将丢失，而原本守备本丸的染谷民部、片仓政行、武井胜传三人也加入了二之丸的混战，但是上杉军毕竟在人数和战斗力上占优，不少的古河幕府军足轻大量溃逃。染谷民部、片仓政行和武井胜传三人也在随后被上杉军足轻讨取。
足利藤氏和梁田晴助、梁田持助三人早就从结城城北面逃离出城，而其余的奉公众在发现足利藤氏都不见踪影后就放弃了抵抗。很快，随着逆井常繁、野田成朝、野田政得、野田政朝、芳春院周兴等投降，结城众们也渐渐的放弃抵抗。
仅仅两个时辰的攻城战后，结城城被上杉军攻下。而主动打开城门并且斩杀伪幕府奉公众的广田直繁、木户忠朝、菅原为繁三人被朝定收为己用。而一直在关东挑拨公方和将军关系的奉公众却不能留下。
被俘的多贺谷政广、多贺谷为广、多贺谷政经、多贺谷经门、多贺谷经伯五人最先在结城城外被斩首，其次就是野田成朝、野田政得、野田政朝三人。这两批杀完后，水谷胜通、水野义胜（结城众）、梁田助纲（梁田晴助之弟）、逆井常繁、柳桥丰前守等人也被先后斩首。
古河足利家最后的一个据点结城城被攻下后，自此下总一国被上杉家占据。上杉军攻下这个据点也是付出了一千余人的伤亡才拿下的，虽然守军士气低落但是结城城也不是很好攻克的一座城池。而守军被俘人员也有三千余，战死者也有一千九百余。
由于北条军的援军已经到达，朝定不得不将古河御所、结城城等一些古河足利领交给太田资正和木部范虎去守备，自己先将俘虏中挑选一批将上州兵补充到六千后（上州兵折损达到三百），还顺便把太田资正部的空额补充了一下，使其军势也恢复到了三千（攻城时折损五百）。新发田长敦部也沾了光，也补充了两百人。
朝定在二十八日率领着上州兵六千和新发田长敦部两千、广田直繁等降将两百军势共八千两百向武藏真福寺快速行军。