晋朝兵制仍袭用世兵制，并以募兵制补充兵力，由于中央衰落，军力外重内轻，地方不受朝廷管辖，中军往往有名无实，同驻京师的还有扬州都督所属军队，外军大多由世族的军队组成，统军将领称霸一方，其中荆州军甚至超越中央。此外由于战乱军户大减，兵员改以募兵补充，或直接征兵，其中由北方流民招募组成的北府兵，屡次击败强敌，等级如同中军。
此时北府军已由王恭控制，王恭为都督兖青冀幽并徐州晋陵诸军事、平北将军、兖青二州刺史、假节，镇京口。后来王恭认为以“北”为号者，累有不祥，前有桓冲、王坦之、刁彝之徒不受镇北之号。是以王恭表让军号，以超受为辞，而实恶其名，于是改号前将军。孙无终乃是谢玄招募北府兵时就已入伍，现为北府军参将，此次征兵便是由参将孙无终主持。
翌日，刘裕，尹飞及薛绍，薛怀辞别家人渡江来到京口，不多时便已来到参将府。此时距离招兵开始之日已过了两日，但入伍报名之人仍然络绎不绝，由于参军人数众多，此次招兵也比去年严格了许多，主要考察身高，跳跃及视力。最初由军府派一士卒站于场中，高于此人者方可过关，后来由于参军人数众多，便采用了杖量之法，用杖测量身高。尹飞四人中，薛家兄弟二人身高较矮，但是身体强壮，浑不似那些皮包骨瘦的流民，那个考较的军官也就睁只眼闭只眼让其通过了，至于奔跑跳跃，此四人皆是乡野出生，苦力活没少做，尤其那刘裕，人高马大，敏捷如猿，考官见之甚喜，当场许与什长之职。最后一个乃是视力考量，视力者弓箭也，四人也无眼疾，轻松过关。
尹飞四人通关入伍已是午牌时分，今日乃是最后一日招兵，整个校场内已是人山人海，通过的人总计约有一万二千余人，个个都是喜笑颜开，因为采用的募兵制，能够参军的除了有吃的有住的还有饷银，北地流民能够参军自然免了颠沛流离，饥饿度日的生活，至于征战沙场那是后话了。
校场中众人此时正等着分拨，晋军队主要分为三个兵种，分别是步兵，骑兵和水军，步兵为主要兵种，骑兵和水军次之。军队分为三个等级，分别为队，幢，军三级，一队有二百人，设“队主”；三队为一幢，设“幢主”；三幢为一军，一军约二千余人，军以上无固定编制，由朝廷临时任命“都督”或“统军”。都统乃是刘牢之，受前将军王恭管辖，队以下采用什伍之制，一伍为一个战斗单元，即五人一组，组长称伍长，什长可带十人战斗也就是统率两伍。薛绍和薛怀乃是北地之人，不熟水性，喜好近战厮杀，所以选择了步兵，尹飞本来也是打算选择步兵的，可是刘裕对水军极感兴趣，尹飞由于答应了左迁，要护得刘裕周全，所以也只能选择水军了，至此，四人在北府军中各自选选定了所属军队，薛家兄弟选择步兵，尹飞和刘裕选择了水军。