内阁总理黄道周站出来，回答道：“回陛下，我们当时只是同意冬季出兵平叛，可没同意陛下说的今年秋天北伐中原的提议。”
朱由检咋听此言，不由一愣，问道：“你什么意思？”
黄道周道：“回陛下，因为当时陛下提出了冬季出兵的有利条件，也提出了后勤运输的解决办法。因此，我们都同意了陛下冬季出兵平叛的提议。但是，陛下所说的今年秋天出兵北伐的提议，我们可从来没有赞同过。”
朱由检指着黄道周，质问道：“那当时朕可是说明了的，就是因为要今年秋天出兵北伐，所以才要尽快平定云南土司叛乱的。既然你们都同意了冬季出兵平叛，难道不等于同意了今年秋天北伐大顺的提议？”
黄道周摇头说道：“不错，我们虽然同意了冬季出兵平叛，可没有赞同过陛下今年秋天出兵北伐的提议。不然，陛下想一想，我们有谁当面同意过这个提议？”
朱由检愣了一愣，回想了一下。确实，当时大家都在讨论冬季能不能出兵的问题，可没有讨论过今年秋天是不是适合出兵北伐。
自己以为这些臣子都同意了冬季出兵平定云南土司叛乱的提议，自然而然也是同意了自己今年秋天出兵北伐的提议。但现在仔细一想，却不是这样的。大家都只是同意了冬季出兵平定云南土司叛乱，却并没有当场表态赞同自己今年秋天出兵北伐提议。
想到这里，朱由检不由产生了一种被大臣们欺骗的愤怒感。
朱由检对着黄道周等人怒斥道：“既然你们不同意今年出兵，为何当时没有提出来？后来还配合朕，进行北伐战争的准备工作，现在却又不赞同？你们难道想被朕以‘欺君之罪’打入天牢治罪吗？”
黄道周摇头道：“陛下误会了。臣等当时也是被陛下冬季出兵平叛的战略妙计给镇住，一时没想得起还要讨论这个问题。后来一想，如果云南平叛战争结束得早，今年出兵北伐也未尝不可。因此，后来我们也没提出异议，对陛下属意的战备工作，也进行了配合。我们认为，即使今年不出兵，明年也总会出兵的，这些战备工作，多准备一段时间，我们的胜算更大。”
朱由检看向史可法等人，怒道：“你们也跟黄道周一样的想法吗？”
史可法、王铎等人，纷纷出列应是，表示他们跟黄道周想法是一样的。
朱由检气道：“那你们为何不曾早日向朕提出异议？”
史可法道：“因为那段时间，陛下都处于愤怒中，对李自成两次派奸细蛊惑大明内部地方势力叛乱之事，深感痛恨。我们觉得，陛下需要将情绪冷静一段时间再说。”
朱由检感到自己的皇帝威严受到了大大的侵害，于是点点头，咬牙切齿地道：“很好，很好！一个二个的，竟敢妄测君心、欺瞒于朕，不治你们的罪，都不知道君臣体统了。来人，给朕将这几个欺君之臣拖出去，大打五十大板！”
一听这个惩罚，除了黄道周、史可法等人自知理亏、沉默以对外，其他朝臣纷纷脸色大变，劝和起来。
“陛下恕罪啊！”
“黄总理等人也是忠心为国，请陛下开恩！”
“请陛下从轻发落！”
在众臣的劝说下，朱由检稍微冷静了一下，但还是无法原谅这几个所谓的忠臣跟自己扣字眼、耍心计的做法。因此，朱由检将黄道周等人全部进行了罚俸半年的处理，无一例外。
宣布了对黄道周等人的惩罚，黄道周等人也领罪谢恩后，朱由检道：“既然你们都不赞同今年出兵，那你们就给朕说一说你们的理由吧。”
接下来，朱由检和众臣进行了一天的讨论，算是扭转了朱由检一定要尽快出兵北伐、报复李自成的想法。
从时间上来讲，大明朝廷虽然武器先进，但云南省的地理条件，还是制约了明军平叛的进度。虽然叛军主力很快就被歼灭了，但剩下的残兵败将，却花了很多的时间。
最后一股叛军，蒙自土司沙定洲，更是坚持到了三月二十二日，才向禁卫军第一师侯东普所部投降了。
然后，朝廷和西南军区要处理云南土司叛乱的善后事宜，如审判俘虏、恢复城防治安、重建损毁的房屋建筑等工作，都要消耗大量的时间，短时间内不容易完成。
要达到云南省完全稳定、后顾无忧的地步，大臣们按照现在的工作进度推测，起码要一年的时间。至少在这一年的时间内，大明朝廷要在云南省花很多的精力，不适宜出兵北伐，攻打大顺。
从后勤物资准备的角度来讲，这一次的西南平叛战争，明军部队打是打安逸了。不到五万的军队，歼灭了二十多万叛军，己方伤亡也不到1000人，可谓战果辉煌。
但是，如此辉煌的战果背后，就是参战明军的弹药消耗速度，骇人听闻。这些明军官兵自己手中原有的弹药，几乎全部消耗殆尽。而朝廷和西南军区为了战争运过去的补充弹药，也被消耗了一大半。
为了补充西南军区的弹药储备，南京兵工厂几乎被掏空了库存。