除了吾必奎外，其他云南省各地的土司如临安府沙定洲、东川府禄万亿、石屏土司龙在田等人，都做好了起事的准备。
将起事的时间选定在冬季，就是因为此时正处寒冬，起事后可以迅速占据有利的位置。在天寒地冻的天气中，大明朝廷军队不能第一时间平叛，大家就可以有充足的时间来休养生息、训练军队，准备跟大明朝廷的决战了。
而云南省官府，却对这些土司准备叛乱的事情一无所知。西南军区总司令解学龙的主要注意力，也是放在四川那边，防备张献忠的进攻去了。
因此，对云南省的各地土司在大顺朝廷的联络下密谋叛乱的事，解学龙也一点都没注意到。
崇祯十九年冬月初一，大明江南各省王公贵族的叛乱已经全部平定，大明境内正感觉一片歌舞升平的时候，云南省各地土司却在这一天突然同时举事，发动了大规模的叛乱。
短短五天之内，元谋土司吾必奎就攻占了毫无防备的武定府、姚安府，还有楚雄府的定远县，军队扩张至2万人。
蒙自土司沙定洲和妻子万氏，率军攻占了临安府府治建水县和中部、南部大部分县城，还有广西府、广南府全境，军队扩张至3万人。（注：这里的广西府是当时的云南省下级行政区划，不是广西省。）
张献忠的义父，石屏土司龙在田也率军攻占临安府北部诸县，及澂江府、新化州全境，军队扩张至2万人。
北方的东川府土司禄万亿、禄万兆兄弟也攻占了东川府、寻甸府全境，军队扩张至2万人，
还有丽江府、永宁府、陇川司、孟琏司等地，均有土司率兵起事，参加叛乱，叛军总兵力达到惊人的20万人之巨。除昆明、楚雄、大理、曲靖等少数西南军区驻云南第十四军重兵驻守的大城市，其他边缘县城州府均被起事的土司叛军攻占。
短短几天之内，云南省几乎全境易帜。叛乱的土司纷纷宣布，拥戴大顺永昌皇帝李自成为正统，大明朝廷任命的官员在云南省反而成了人人喊打的逆贼。各地知府、知州等大明朝廷任命的官员，纷纷被逮捕关押，甚至凌迟处死。
而驻扎在昆明、楚雄、大理、曲靖等地的西南军区第十四军官兵2万人，面对20万叛军、遍地烽烟的情况下，也是不知所措。
天寒地冻的，在朝廷命令尚未下达之前，他们也不知该从哪里下手，只能牢牢守住几座大城市，不让叛军攻陷就得了。
几天后，各地叛军的情报汇集到云南省首府昆明后，统计出叛变的土司有二十多人，叛军总兵力达20万之巨。
云南省长吴兆元、副省长吴文瀛、罗国，驻昆明的第十四军军长杨畏知、副军长万元吉、参谋长瞿式耜，黔国公沐天波（挂副省长职）等云南省军政大员，齐聚省政府，商议对策。
副省长罗国道：“情报上说，除昆明、大理等几个大城市外，其他州府大都被叛军攻占，各地知府、知州等朝廷任命的汉族官员均被关押，有些已经被处死牺牲了。我认为，应该趁叛军刚刚起事，立足未稳之机，马上出兵镇压，平定叛乱。”
参谋长瞿式耜，是前礼部尚书钱谦益的学生。钱谦益因巨额贪污受贿被朝廷处决后，瞿式耜受了一些影响，在西南军方不受同僚们的待见。
但是，第十四军成立后，瞿式耜却被崇祯皇帝任命为第十四军参谋长，让瞿式耜大感意外。
意外之下，瞿式耜大为感动，认为皇帝不搞株连，只要自己有才能，还是能得到重用的。不会因为自己的老师品德不端，就被皇上歧视了。
因此，瞿式耜上任后，竭尽全力帮助军长杨畏知进行军制改革、军队训练，让第十四军已经形成了初步的战斗力。
经过一年多的努力，瞿式耜的才能得到了军中大多数将领的认同，站稳了脚跟，消除了老师钱谦益之案的影响，说话也没有原来那么小心翼翼了。
听到罗国的发言，瞿式耜就摇头道：“罗省长此言差矣。我们都知道，云南省内交通不便，山路崎岖难行。加上现在已进入冬季，不知何时就会下雪封山。此时贸然出兵打仗，不是很合适。万一大军行到途中，大雪降下来，封山堵路，那就糟了。此事要从长计议，不能冲动。”
省长吴兆元听完后，向第十四军军长杨畏知问道：“都快过年了，却出来这么一档子事。如果不进行妥善处理，我看我们都要被朝廷问责。杨军长是什么意见？”
杨畏知道：“朝廷问责的事情先放下，我赞同瞿参谋长的意见，此事需要慎重对待。我们兵力本来就少，2万人，只有敌军的十分之一。任何一个士兵，都不能轻易损失。没有必胜的把握，我们不能轻易出兵。”
听到军方首长杨畏知的表态，挂职副省长的黔国公沐天波就急了，对杨畏知质问道：“那难道就任由叛军横行云南，劫掠乡里吗？我看你们十四军应该马上出兵，打败叛军，稳定人心，才是正理。如果军饷粮草不够，我沐王府可以捐助部分军资给你们，助十四军平叛。”
黔国公沐天波已经失去了封地，