在马士英乱党被铲除的同时，杨毅派锦衣卫到北方去招募原北京工部官员工匠及神机营官兵的事情已经取得了进展。
从六月底开始，陆续有数百名来自北京工部的官员和熟练工匠抵达南京。这些人几乎代表了明朝各项研究制造行业的巅峰，水平比南京工部临时招募的工匠高了不止一筹。
无论是天文、地理、医术、农学、木工、造船、炼铁探矿、机关构造、火器研究、化学物理，北京工部都有相当充足的理论和试验技术储备，并不比同时期的欧洲科学界逊色。
只不过，因为思想的局限性，中国古代的统治者们都将科学研究视为奇巧－淫－技，不予重视。置身于明朝封建皇朝统治下的北京工部研究员和工匠们，没有得到来自朝廷和政策上的支持，才渐渐落后于欧洲的发展。
后来又因为满清入关，改朝换代的原因，明朝的很多研究发明都遭到清朝政－府的抵制和销毁，才让中国的科学研究越来越落后于欧洲的进展。
随着时间的积累，到19世纪、20世纪的时候，欧洲终于形成了中国无法对抗的科技优势，进而侵略到中国来了。
现在来自后世的杨毅成了崇祯皇帝，那对科学技术的重视肯定跟原来的明朝统治者大不相同了。
这些从北京逃出来，千里迢迢南下投奔南京朝廷的科技官员和工匠，受到了杨毅的亲自接见。杨毅勉励他们，尽管南京的现有条件比不上原来的北京工部，但他会无比的重视工部的研究工作，将其重要性提高到前所未有的位置。
杨毅的这番表态，让这些千辛万苦才成功逃到南京来的科技官员和工匠大受鼓舞。大家纷纷表示，工作条件差不要紧，只要皇上肯定他们的工作，他们就能继续刻苦钻研，拿出更好的研究成果，报效朝廷。
除了鼓舞士气外，杨毅还在某一场同时接见上百名科技官员和工匠的宴会上，做出了“科学技术是第一生产力”的论断。
在“万般皆下品、惟有读书高”的明朝封建社会，崇祯皇帝的这句话无疑是在当时的社会投下了一颗重磅炸弹，遭到了无数出身士林的重臣反对。
杨毅自然不会去跟这些封建社会下长大的人争论这句话到底有没有理。他不过是在一个小范围的宴会上，给这些明朝的科技研究人员打气，鼓舞士气罢了。
在现在的环境下，去跟那些出身士林的朝廷重臣辩论科学技术的重要性，无疑是自讨苦吃。
杨毅采取的办法，是对这些大臣的反对意见敷衍了事、置若罔闻。背地里，杨毅却经常前往工部，给刘源济、宋应星的工作给予行动上的大力支持。
如此，虽然皇帝没有再发表什么重视科学技术的言论，却以实际行动将他的态度传给了工部的官员和工匠，使大家倍感振奋。对于杨毅交代下去的研究任务，大家都打起十二分的精神，誓要在最短的时间得出皇上满意的结果。
有杨毅提供的研究思路，加上这些原来北京工部的官员和工匠支持，宋应星研究制造摆钟的速度大大加快，第一个摆钟样品已经快要面世了。
另外，有了足够的研究人员和工匠，杨毅早想建立的武器研究实验室也终于组建起来了。
当时不管中国还是欧洲的火器，使用的火药都还是几百年前宋朝发明的**。虽然威力同样不俗，但杂质比较多，用作炸弹、手榴弹、地雷、炮弹还没什么问题。但用在本身体积就很小的步枪子弹上，却会经常堵塞枪管。
普通步枪就如此，更不用说机枪了。如果用**来当机枪子弹的点火药，机枪可能打几百发子弹就要清理一次枪管，那机枪就名不副实了。
因此，杨毅先给研究火器的研究员和工匠提供了后世无烟火药（硝化纤维）的配方，让他们先把这个无烟**和性能搞清楚了，再开始研究火器。
火器方面，当时中国和欧洲的步枪都是前装枪。填装速度慢、故障多、射击速度不尽如人意。
因此，明朝的火器如三眼铳、火铳、鸟铳什么的，一直没有能取代传统刀枪步兵的主战作用。这些火器只能用作战争开始阶段的突击，阻止一下敌军骑兵的集团冲锋而已，却无法持久作战。敌军近战兵种一近身，这些火器部队的官兵就要抓瞎。
于是，杨毅除了给出无烟火药的技术配方外，还明令武器研究室停止对前膛枪的研究，转为研究弹药后装的后膛枪。
以前大家都习惯了火器弹药的前装，偶尔有人尝试一下后装枪，也没有成功。现在皇上提出的后膛枪的研究方向，就让这些研究员和工匠半信半疑了。
不过，在杨毅给大家讲解了后膛枪相对于前装枪在射程、射速、装弹速度、稳定性上的优势后，这些研究员和工匠终于抱着试验一下的态度开始了后膛枪的研究和试验。
后膛枪试验制造出来后，就会将这种原本19世纪初才会出现在欧洲的先进武器提前近200年发明出来。明朝的军队大规模装备这种先进武器后，无论对杨毅一统中国，还是将来争霸全球，都是一种巨大的支撑。