五月二十一日，专案组组建完毕，第一个行动就是赶往钱谦礼家里，将钱谦礼和他的两个儿子抓捕归案。因为在刘宗周组建调查组调查此事的时候，杨毅就吩咐过张慎言，要派人监视钱谦礼等人，不要让他们逃跑了。
所以，现在专案组成立，办案人员一抓一个准，将钱谦礼和他的两个主事的儿子全部抓住了。同时，应天府范围内钱谦礼的所有粮油商铺，全部被查封，掌柜伙计全部逮捕，等待审讯。
随后几天，除了钱谦礼外，应天府范围内所有参与囤积居奇、粮油涨价的商人，陆续被抓捕。根据这些不法粮商的招供，那些给不法商人提供便利的朝廷官员，也陆续被抓了起来，进行审问。
手持尚方宝剑的张慎言，一般人真不敢抗拒。因此，张慎言的办案速度非常快，仅仅十多天的功夫，就将应天府范围内与此事有关的不法商人和贪官污吏全部抓捕归案。并审讯出了口供，签字画押。
随后，专案组就要准备分赴江南各省，查办整个江南数省范围内参与囤积居奇、大发国难财的不法粮商人和违法官员了。
五月底，南京禁卫军完成了基本编制，军长徐孚远入宫汇报工作，并请崇祯皇上前往禁卫军驻地进行检阅，杨毅欣然应允。
在城西的军营大校场内，两万穿着新式军装，戴着新的军衔肩章的禁卫军官兵，整整齐齐的立定在校场内，等待杨毅的检阅。
杨毅在兵部尚书史可法的陪同下，登上了检阅台。站在检阅台下、部队前面的徐孚远举起右手，喊道：“敬礼！”
随着军长徐孚远的动作，两万将士整齐的敬礼，向检阅台上的杨毅大声喊道：“皇上万岁！”
没有人下跪行礼。
这是杨毅的吩咐，从今以后，军人将不许下跪。军人在任何场合，必须保持昂首挺胸的军姿，不许向任何人下跪。哪怕是面对皇帝，也只需敬礼问好就行了。
看着站满了校场的两万虎贲，杨毅心神激荡，感到万分自豪。这是他的亲军，是他的第一支军队，是他将来横扫天下的起点。
杨毅挥了挥手，对台下的两万官兵大声问了一声好道：“大家好！”
然后，杨毅站在检阅台上，对这支新编御林军发表了一番演说。让他们知道，禁卫军是皇帝的亲军，执掌京畿安全，责任重大，不能掉以轻心。北京的禁卫军在李自成攻入北京的时候，没有发挥任何积极作用，因此杨毅不会再招募北京禁卫军的任何官兵。
现在这支南京禁卫军是全新的，连编制、军衔、装备都全部进行了改革。所有官兵必须刻苦训练，努力锻炼杀敌本领，不能像北京禁卫军一样成为绣花枕头。
合适的时候，杨毅会派南京禁卫军投入实战，而不会一直守在南京，当一支门神似的军队，其实一点作用都没有。所以，为了在将来的实战中能更好的存活下来，每个人都必须要认真训练。所谓“平时多流汗、战时少流血”，希望所有官兵引起重视。
听到皇上对北京禁卫军一顿失望的批评，所有的官兵都感到一股压力扑面而来。加上皇上还说遇到合适的时机，这支禁卫军将会被投入实战，进行检验，就更让大家紧张了。
本来大家以为南京禁卫军也跟以前各朝各代的禁卫军一样，就是驻守京畿，保护首都和皇宫安全罢了，没有任何危险。现在看来，皇上对北京禁卫军面对李自成大顺军的表现深感失望，决定要将南京禁卫军锻炼成真正的虎狼之军了。
如此，大家就必须得认真训练了。不然，到时候上了战场，真的很容易丢掉性命的啊！皇上总结的“平时多流汗、战时少流血”，实在是太精辟，太有道理了，大家必须要遵照执行才行。不然，以后自己在战场上吃亏了，可怪不着别人了。
对禁卫军勉励一番，吩咐徐孚远认真训练军队，让史可法做好禁卫军的后勤供应后，杨毅离开了校场，回到了皇宫。
六月初，禁卫军与原来的南京城卫军完成了城防交接，禁卫军正式接管南京城防。从此以后，南京将真正的完全掌控在皇帝杨毅的手中，没有其他人能调动南京的军队了。
至于城卫军的去向，还是按原来的计划，调往江北四镇，加强江北的防御，预防李自成南下。虽然杨毅觉得多尔衮近在咫尺，李自成应该没有精力攻打南方，但反正这些城卫军在南京也没用，不如调到江北去算了。
崇祯十七年六月初四，小暑，浙江布政使乔承诏入京，就任户部尚书一职。入职手续办完后，六月初六，杨毅与乔承诏在宫内畅谈了一整天，向他了解明末沿海的工商业生产和外贸情况。
根据乔承诏的叙说，杨毅了解了明朝在沿海一带的丝绸、纺织、瓷器、茶叶等行业的生产加工技术及贸易情况。明朝虽然在军事上失败了，但沿海各省在海外贸易上，却极为成功，通过经济手段赚取了无数利润。
因此，沿海的浙江、福建、广东，以及民风比较开放，距离海岸线比较近的江西各省，经济都比较发达。这几个省每年上交朝廷的税银，都位居全国前列，是大明朝廷