同第一部结局一样，轩辕剑、蚩尤刀、神农甲三人拦下了轩辕彝、蚩尤霸以及魏无涯三人，而石破天等人继续朝前冲去。
同样石中玉在与天魔相斗了百十招之间，才发现天魔竟然是芯儿，几人一番闲聊，却听到门外有打斗声起，忙打开铜门，出门一看，却见白自在等人带着大队人马前来营救石中玉等人。
众人好不容易团圆，当下寒蝉一番，双方化干戈为玉帛，就在扶桑住了下来。
而南京城那边，燕王朱棣发现石中玉等人到扶桑去了，而且不知他是从哪得到的消息，据说石中玉此去有去无回，当下下定决心，又纠集起秦王、晋王一干人马，再次起兵造反。
相对于真正历史上的造反时间，这次又是提前了，燕王第二次造反，显然已经彻底失去民心，但奈何他与秦王、晋王结成同盟关系，三王军队众多，一齐掉转人马直奔南京城去。
眼看南京城危在旦夕，可石中玉等人此时还在扶桑游玩，丝毫没有注意，在来扶桑之前，朱允文曾派来的海军今在何处。
也就是这稍微的一丝松弛，导致南京城破，朱允文在其祖父的书房中，找其一铁盒，盒中讲了关于万一众藩王作乱，他的逃亡路线。
朱允文忙带着身边的几名亲信连夜剃度，穿上朱元璋事先就预备好的僧服等物，又从地道里逃到一处湖旁，湖旁有船早已在等着他了，朱允文逃上船中，朱棣等人的军队虽攻破了紫禁城门，在一番查找之下，并没有找到朱允文，一怒之下的朱棣下令火烧紫禁城。
当夜屠杀南京城百姓数万人，沾满血腥的朱棣为防止石中玉等人又回到中原，一面派人加速去寻找朱允文的下落，一面又派了一些同他效力的江湖中人，前往扶桑，务必要将石中玉杀死于扶桑。
因为南京城的杀戮太重，朱棣属下大臣们纷纷建议，朱棣还是回北平（京）重新建紫禁城。
就这样，北京成了日后的国家首都，而紫禁城也座落于北京城郊。
同年十二月份，远在扶桑的石中玉准备带着众家属回中原，举办婚礼，（此时石中玉已将当代天魔芯儿擒获于后宫之中，石中玉不亏为天下第一的采花贼！）于是一大帮子人，在将扶桑的一些领导人大换血之后，安置了自己的心腹，就准备归国，结果在海上遇到朱棣派往扶桑的杀手们，一番恶战，石中玉等人尽数将其杀手诛灭，同时也了解到原来中原如今已经被朱棣所得，（期间石中玉安置的情报网被朱棣连根拔起，出卖者竟然是蓝桥，那位石中玉曾派他去联系朱棣的家伙……）再说那陈峰兄妹二人，本已投靠到了石中玉帐下，可惜石中玉连连有事，哪里顾及的了他们二人，只是将这二人安置在福建省，而陈峰一路走来，也早已看淡一切，发现石中玉对他不是很上心，也只有在福建一带帮着石中玉管理情报部门，朱棣再度造反期间，陈峰得知消息，忙准备发报到扶桑，奈何当时朱棣搜查紧张，情报非但没有送出，还差点将陈峰兄妹两人的性命给搭进去了，好在后来兜豆带着兜奶等人赶来，将一众士兵杀退，带着兄妹两回到了凌霄城，以待石中玉回来之后再作打算。
逃亡之中的朱允文，曾一度在九江城待着，他一路颠沛流利，对人生冷暖看的更为透彻，彻底改变了那书生气十足的性格，暗暗发誓终有一日将把朱棣等人诸灭掉，可惜似乎老天似乎不想给他有这个机会，同月十四日，朱允文在九江城遭叛徒出卖，被朱棣军活捉，为免其辱，朱允文咬舌自尽，是以明朝第二个皇帝，建文帝就如此戏剧性的走了……
同月二十日，匆忙从扶桑赶回来的石中玉，在一路长途漫行之中，亲眼看到朱棣统治下，一些保帝党被其残忍杀害的事件，此时又听到建文帝前几日在九江城遇害，而朱棣更是心狠手辣的将其尸体挂于北京紫禁城外暴晒。
愤怒之下的石中玉，理都不理周围一众劝他的家人，直接单骑朝着北平冲去。
石中玉的一众同伴，担心他，一路跟随，暗自又与凌霄城上的兜豆等人联系上了，在兜豆等人经过联络，得到各大门派支持，同月二十二日，讨伐朱棣军临时组建而成，而主帅之名挂的是石中玉，只是奈何他们的主帅此时正在赶往北平的路上。
经过三日三夜，不停的赶路，石中玉终于来到了北平郊外，期间也累死了宝马三匹之多……
三日未进粮食的石中玉不顾自己的身体，直接朝着北平城打去。
在扶桑期间，石中玉有了天魔芯儿、轩辕剑、蚩尤刀、神农甲等诸多众人的每日陪练，内力更是大增，而且其武功也是突飞猛进，含蓄点说，只能说是天下第一，狂妄些说，若想在几十万大军中取人性命，就犹如谈囊取物一般轻松。
是以石中玉大摇大摆的就进了北平城，一路杀到紫禁城外，这一战从黄昏杀到天黑，死伤无数，石中玉本人，也在期间换了N把兵器。
本圣白如雪的儒装，此时已经成了鲜红，鲜红的，看起来刹是惊人，其脸上也早已不见那帅气的面庞，而是由鲜血凝结而成的血块盖在了脸上，此时的石中玉完全就像个来自地狱的修罗