横须贺这座城市先是遭受到哥吉拉的入侵导致横须贺毁了大部分的地方，并且灾难重重，忍者和部队是损失惨重，他们和哥吉拉拼死战斗，结果还是没能阻挡住哥吉拉前进的脚步，当他们以为哥斯拉离开之后这座城市及的灾难就结束了，然而沐风等人的到来却让这座城市留守下来的忍者们变成了他们真正的末日。
在这座城堡前面尸横遍野之后沐风三人现在沿着哥吉拉的巨大脚步朝着横滨城前进着，然而在沐风三人的身后还悄悄地跟着一只妖兽，这只妖兽就是九尾妖狐玉藻，但是现在还有一只非常强大的妖怪正在朝着这个方向赶过来，这只妖怪正是九尾白狐，然而九尾白狐身边还有一个非常可爱的少女跟着九尾白狐，而且这个少女却是沐风最熟悉也是最陌生的人，她为何会和九尾白狐在一起这也是一个迷，但是现在横滨城正在进行这一场血的厮杀。
在横滨城外附近的各大忍者大军已经大部分聚集到了这里排兵布阵依次列队正在和哥吉拉进行着殊死的搏斗，目的就是阻挡哥吉拉破坏这座城市：“联合忍术，土遁地陷术！”
这时候哥吉拉正在朝前走去的时候自己的脚下顿时下陷了进去，哥吉拉一下子就掉进了一个非常巨大的巨坑里面，哥吉拉也是大吃一惊，他没想到这些弱小的人类联合起来居然可以做到这个地步，然而哥吉拉使用它的双手朝着前面刨着想要从这个大坑里面走出来。
而现在面对他的则是忍者大军的联合攻击，哥吉拉看到自己的身边现在有无数的黑影集中在他的身前，看着人数而言至少有十万左右，面对如此众多的忍者大军，哥吉拉依然丝毫不畏惧，这就是兽中之王的气质。
然而就在这时候天上顿时聚集起了厚厚的云层，而且云层中还发出了雷电的闪光，并且雷声阵阵好像天就要塌下来一样：“联合忍术雷盾·雷暴术！”
霎那间天上无数道闪电直接朝着哥吉拉劈下来，并且在哥吉拉的身上产生了一连串的爆炸，而哥吉拉这时候也因为疼痛嘶吼了起来，哥吉拉的吼声也是非常响亮，他也是郁闷不已，如今的哥吉拉没想到现在的人们会这样强大，自己居然会遭受到这样的挫折。
可是这些挫折对于哥吉拉而言根本就不算什么，可是这时候成千上万的忍者大军立刻将哥吉拉围的水泄不通，并且不断朝着哥吉拉丢出起爆符在哥吉拉的身上爆炸，站在远处的上忍看到哥吉拉如此轻而易举的就被他们的联合忍术打的如此狼狈顿时就对哥吉拉不屑地说：“传说中的怪兽之王哥吉拉也不过如此，我们上万的忍者大军只是设了一个小小的陷进就如此的不抗一击真是无趣啊，我还以为他能够给我们带来更多的乐趣呢。”
然而在他身边的一个忍者对着他说：“渡边队长，你可别大意，在过去的记录之中哥吉拉可是不止一次攻击东京了，而且每一次的到来力量和体型都会越来越大，现在的哥吉拉已经是一代的三倍高度了，完全超越了以往的哥吉拉的体型了，在力量上也是很强大的，他的力量完全可以九大妖兽抗衡的，不能小看它的。”
这个渡边队长根本就不听身边同伴的劝告便对着身边的忍者大军下达命令说：“所有的忍者立刻准备使绝招将这只巨大的哥吉拉杀死。”
忍者大军听到了自己的队长的命令之后就开始结印准备使用忍术结果掉这只哥吉拉，然而就在这时候从远处的灰尘之中顿时发出了一道非常强烈的蓝光，那个忍者顿时大惊：“是哥吉拉的核能吐息！大家快逃啊！要是被核能吐息烧中，我们立刻就会化为飞灰的！”
忍者大军们听到这个忍者的警示之后纷纷朝着自己的身后退去，然而自己身后却是更多的忍者大军围在这里，他们现在也开始朝着身后退去，可是更远的地方忍者根本就没有听到到底发生了什么事见到前面的忍者拥挤地朝着这边飞奔过来也是郁闷不已，这边的忍者大军不知道情况对于突然朝着他们这边退过来的忍者而言这里顿时就交通拥堵了。
忍者大军们现在拥挤在一起根本就没办法在往后退去了，然而就在这时候哥吉拉立刻朝着自己前方的忍着大军之中吐出了一口非常强烈的核能吐息，霎那间在忍着大军之中顿时产生了非常巨大的蓝色火焰。
被哥吉拉的核能吐息烧中之后的忍者们顿时化为了飞灰，然而身在远处的忍者大军的身上也燃气了蓝色的火焰烧着了全身，忍者大军们顿时满地滚想要扑掉自己身上的火焰，可是哥吉拉的蓝色火焰在他们身上根本就没办法扑灭，这些被烧中的忍者大军在扑火当中就死去了，而且死的非常的惨烈。
渡边队长这时候看到哥吉拉吐出这样强大的核能吐息的时候也是震惊不已，他没想到哥吉拉的力量会是这样强大，而且还超出了渡边队长的想象，渡边队长现在已经完全被吓傻了：“怎么会这样？哥吉拉不是没有那么强大的吗？为何他的核能吐息的力量会这么强大？不可能会这样的！一切不是还在我们的计划之中吗？难道哥吉拉的强大真的超出了我们的想想了吗？”
这时候身边的忍者见到渡边队长喃喃自语的样子立刻就将渡边队长唤醒说：“队长，现