不过孙策也对周瑜有所不满，这周瑜不知道在搞什么鬼，居然分出一半兵力来，回撤秦淮河两岸，在秣陵和太平两地布防。把兵力弄得如此分散，不知道这周瑜在玩什么。
朱治和吕范对周瑜相当的不满意，已经屡次向孙策暗示应该撤掉周瑜，另换主将，并且认为程普治军甚严，可堪大任。
孙策当然是一口回绝，认为阵前换将乃是败军之策，实不可取，更何况周瑜带领的兵马都是自己招募的，周瑜在军中深得爱戴，换了程普，只怕军心浮动，而且程普领军严谨，但过于保守，现在形势复杂，程普实在难以胜任，这时候，孙策才感觉到人才的重要性，更知道天下之大，强敌甚多，以往见到袁术空有盛名，为人华而不实，便小瞧了天下英雄，直到见到曹操，才知道英雄并非只有自己，一个曹操尚且如此，更何况那中原的霸主太史慈了，不由得暗暗地为自己日后谋划。
只是周瑜的问题实在令孙策头痛，这周瑜被手下人看不起一方面是因为年纪实在很小，更重要的是周瑜的出身不高，虽然也是世家子弟，但是和军中其他人比起来差上很多。
看来对周瑜的使用要慎重，不要因为周瑜而弄得自己军中不和睦。
当然这是以后的事情了，孙策现在担心的还是曹操现在不声不响地样子，实在令人心神不宁。
几天以后，孙策一直疑惑不解的事情终于得到了答案：原来曹操早已经暗中派自己的弟弟曹仁带领曹洪、曹纯在谋士程昱的指挥下，自广陵出发向西渡江，到涂搪、历阳后渡江，直奔孙策前一段时间刚刚拿下的牛渚。
若是牛渚失守的话，那将标志孙策的军事行动全面失败，即便是撤退也会被曹操衔尾而击。
这时候周瑜在秣陵和太平埋伏的士兵起到了作用，周瑜派出的新收服的战将陈武有效的阻击了曹操军的偷袭。
经过此战之后，程昱在一夜之内连连用计，三次攻击太平和秣陵，均被陈武化解，天明时分，闻讯而来的周瑜带领大军来援，程昱惟恐被夹击，唯有退回横江。
在曲阿的戏志才见到周瑜撤退，力排众议，否定了手下人认为这是周瑜诱敌之计的见解，而是果断出击，对周瑜衔尾而击。不过周瑜早料到这一手，在北固山的西南设下少量伏兵，分成五股，不断地骚扰戏志才的大军，戏志才马上回军曲阿，生怕周瑜去了复返。
只两天的工夫，周瑜军和曹操军连番血战，全不落一点下风，令曹操手下的谋士惊骇莫名，认为只有荀彧和青州的郭嘉可与之匹敌。
周瑜却没有时间和曹操纠缠，连夜把牛渚的粮草、武器装备等沿着秦淮河向后方泾县源源不断地运输，毕竟自从孙策斩杀了泾县大帅祖郎之后，泾县就是孙策军的天下，虽然泾县城小人少，但暂时是安全的。
与此同时，周瑜令陈武点燃，照亮秦淮河的两岸，借以迷惑在横江的敌人，更派人佯装夜晚偷袭曲阿，令曲阿守军一夜数惊，令戏志才夜不能寐，而则周瑜连夜赶往神亭岭，去见孙策。
天明时分，周瑜便已经到了孙策大营。
孙策闻听周瑜到来，心喜若狂，率领众将出营迎接周瑜。
周瑜见到孙策自是欢喜非常，那张可以比拟郭嘉的清秀和吕布的英俊的白皙脸上露出了文雅却略带颓废的懒散笑容，好像秋天的阳光，令人难忘。
“主上！”周瑜见到正在向自己龙行虎步而来的孙策，朗声道：“周瑜无能，没有为您拿下曲阿。”
孙策一把拉住周瑜的胳膊，欢喜道：“公瑾，什么都不要说，我们进大营。”这时，一干孙策的手下过来拜见周瑜，不过在神色间多了以往所没有的尊敬的神色。心知自己指挥的连场大战已经震慑了他们，这样一来，日后指挥他们便容易得多了。
就连朱治和吕范对自己也是甚为恭谨。
不知为何，孙策见到周瑜到来，心中的阴霾一扫而空，大笑着和微笑的周瑜进到大营。
坐下后，周瑜便对孙策道：“主公，我们不可以在这里恋战，为今之计，还是后退为妙。”
众人大奇，孙策问道：“公瑾，何出此言？”
周瑜先是扫了众人一眼，见到众人无不专心在听着自己的话，心中大感满意，沉声道：“主上，现在我军有三不利：孤军在外，无粮草支援，此之谓乱军，而敌在扬州、广陵经营多年，人脉极广，若一战不可胜，则战战不可胜，此一不利也；主上实虽主事，名却小将，天下皆知袁术乃是主上的主公，而不知主上乃是江东猛虎孙坚之后，故此对将军人人为之侧目，袁术，国贼也，妄谈天命，我料其必败，一旦袁术败亡，而主上乃是袁术部将，到那时，将军如何自处？此二不利也；扬州名为刘繇之地，实际上江东大小势力数不胜数，若是将军战败，将会无家可归，豫州有袁氏家族，即便袁术败亡，那袁本初定会取而代之，青州军又对豫州虎视眈眈，实在非安身立命之地，荆州，主上的父仇之地，若主上败在曹操手中，刘表只会趁火打劫，此其三不利，有此三不利而主上茫然不知，岂不危如累卵？”