徐有功启用肃政台侍御史，他向武后上书辞谢，并以鹿喻己：“臣听说，一头鹿虽然还在山林里奔跑着，
但命中早已注定要成为宴席上的菜肴，这是时势的自然啊！陛下以法官用臣，臣守正行法，一旦不合陛下的心意，定会因此而死了。”
言下之意，守正行法是我不能改变的秉性，我要坚持这样做，就不能满足你的心意，因此，我只能辞官不干。武后对徐有功的辞呈并不感到意外。
这个不怕贬官、不怕杀头、置生死于度外的大臣，从任司刑丞那时起，就不只一次敢于同自己争曲直论是非。武后最终看重徐有功，是他替含冤无辜者据理力争，先后三次被判死刑，将要临刑，泰然自若，面无忧色；赦免了他，也并不欣喜。
这次是在徐有功免官之后被重新启用，意在避免埋没这一难得的人才，更好地发挥他的作用。没有想到徐有功免官为民之后，性格使然，从启用开始，就要同武后较真。
徐有功是国子博士徐文远之孙，考中明经科，多次授任为蒲州司法参军，继承封爵为东莞男。
徐有功免官，源于徐有功任秋官郎中时，秋宫侍郎周兴将一份案载原道州刺史李仁褒兄弟谋反的案卷交徐有功阅，并称司刑寺已判该两兄弟为谋反罪。
徐有功看完案卷后认为，把李仁褒兄弟俩练武比箭作为叛逆谋反的证据，是为冤枉，应该马上纠正！
周兴不但不予以纠正，反而上奏武皇，言徐有功心怀叵测，并引经据典。说明徐有功附下罔上，有意袒护谋反之贼，正合死罪。请求武皇将徐有功下狱查审。
武皇虽不满意徐有功的一些言行，但却对徐有功的正直与才干甚为欣赏。因此，她要保护徐有功，于是便下诏：“禁止逮捕审讯徐有功，免他的官职。”
徐有功免官时只是一个从六品的小官，但武皇对徐有功却十分地了解，这既归功于徐有功的才华和政绩，也在于徐有功鲜明的个性。
早在任蒲州司法参军期间，徐有功“力求宽仁。从不轻易动用刑讯，也不轻易判人笞杖刑”，而用教化的办法启迪案犯悔悟自新。为此蒲州百姓和官吏都很受感动，称徐有功为“徐无杖”。
徐有功三年任满，竟没有一次在审判案犯时用了杖罚的。因而“徐无杖”之名也就越传越响，传到了京城长安，也传到武后那里。
武后对徐有功的仁政并不在意，她看中的是徐有功的智慧和心怀。永昌元年，徐有功被宣诏进京，担任起司刑寺丞的重要职务。
其时。武周革命如火如荼，为铲除异己，武后使用周兴、来俊臣等大批酷吏。构陷无辜事件时有发生，公卿震恐，莫感正言，
唯有徐有功挺身而出，常于殿前论奏曲直，多次受到武后斥责，徐有功神色不挠，争之弥切。之后，徐有功寻转秋宫员外郎。转郎中。
朝廷设铜匦收集密告，一个叫冯敬同的人。他投状告魏州贵乡县县尉颜余庆曾与去年起兵被杀的李冲共同谋反。武后令中侍御史来俊臣审理此案。
颜余庆被逮至长安后，来俊臣强逼颜余庆承认是李冲谋反同党。颜余庆大喊冤枉，经过他的严刑逼供，无奈颜余庆只得认罪写了供状：“与李冲通同谋反”。
来俊臣见颜余庆认罪，便上奏武后。武后御阅认可后，令来俊臣将此案转交司刑寺正式判刑。接颜余庆案的是新上任的司刑丞徐有功。徐有功细阅了案卷，觉得颜余庆虽已承认“与李冲通同谋反”，但罪证却不足。
为了减轻颜的罪名，他查阅了武皇当年发的《永昌赦令》，发现“魁首”和“支党”字样，便援引了《永昌赦令》判颜余庆为李冲谋反案的“支党”，流放三千里，让颜余庆免去死罪。
这一判决，不但来俊臣大为恼火，也令其他几位参与此案审判的官员的不满，侍御史魏元忠便直接上奏武皇，请求将颜余庆按谋反魁首处斩，家口籍没。
武后准奏下敕。然而徐有功却硬着头皮向武后进谏：“颜余庆一案请陛下再加斟酌定案。
颜余庆违法替李冲收私债，又通书信，与李冲确有一些关系，然对照陛下已发布《永昌赦令》，颜余庆也只是一个漏网的支党而已。
因此根据赦令应免其死罪，改判流刑。如果赦而复罪，即不如不赦，又如何面对天下人?我圣朝决不能这般行事。”武后听后大为不满，反问徐有功道：“照你说，何为魁首?”徐有功沉着回答：“魁是大帅，首是原谋。”
武后再问：“颜余庆难道不是魁首?”徐有功又答：“若是魁首，他早应在李冲被杀时就该伏法了，赦后才发觉，可见只是个支党而矣。”
武后反驳道：“他为李冲征私债、买弓箭还不是魁首是什么?”徐有功对答：“征债是事实，但买弓箭与颜余庆无关。”武后又问：“二月征债，八月通书，还能不是同谋?”
徐有功再次为颜庆余开脱道：“所通书信未见查获，只据口供，而口供也只承认与李冲礼节上寒暄。
而且征债、通书也只能归属于支党行为，与同谋魁首怎