动荡不安的战乱，伴随着大蛇丸的叛逃，拉下了最后的帷幕。
四代目火影波风水门的上位，让忍界关于大蛇丸叛逃事件的真相，讨论的沸沸扬扬。几乎所有的人都认为，大蛇丸的叛逃与波风水门的上位，有着密切的关系。一时间，关于四代目火影波风水门逼走大蛇丸登上火影之位的流言不胜枚举。眼看着事态的发展进一步扩大，三代火影猿飞日斩迫于村内舆论的压力和长老团的步步紧逼，只能公布了大蛇丸残害同村忍者、研究人体禁术以及进行**实验的累累罪行。
伴随着这段声明的发布，大蛇丸的名誉急转直下。原本在木叶村民中心中地位崇高的冷君大蛇丸，转瞬间被拉下了神坛。大蛇丸杀害同村忍者，研究**禁术，正可谓是触犯了忍界最敏感的神经，一时间另外的四大忍村几乎同时发威，宣布在整个忍界中对大蛇丸的进行追杀。
火影办公室，刚上位的四代目火影波风水门，拿起办公桌上的卷轴，无奈的叹了口气。
自来也静静的站在阳台上，仰望着阳光下闪闪发光的火影岩，迷离的眼神中透出一丝坚定。
大蛇丸叛逃的第三日，木叶村正式发出通缉令，追捕叛忍大蛇丸，任务等级SSS。
木叶三忍中的最后一人，狂鬼自来也因木叶高层的权利争夺心灰意冷，接下追捕大蛇丸的SSS级任务，离开了木叶。
就在自来也离开木叶追踪大蛇丸足迹之时，一处飘逸着绵绵细雨的高塔上，三道模糊的身影静静的悬浮在半空。
“大蛇丸的叛逃，对我们来说是个不错的机会。”头戴漩涡面具的黑衣男喃喃自语道。
“唔，那就让佩恩去吧！晓，需要强大的血液。”一个面色苍白的男人，遥望着远方，一双神秘诡异的眸子，俯瞰着大地。
“既然如此，我的计划，也是时候实施了。”面具男身形扭曲着消失在半空中，苍白男人的身旁，一朵精致的纸花飘过。
“长门，真的要这样做吗？”
“小南，只有战争才能终止战争。”
————————————分割线————————————————————
海之国，跟踪大蛇丸很久的取根，终于潜入了大蛇丸在鬼界岛的秘密基地。可眼前一片狼藉的基地中，除了一个长相可爱的女孩子之外，所有参与研究工作的忍者，都集体暴毙在基地内，一股尸体腐烂的味道弥漫在周围的空气中。很显然，这个基地已经被大蛇丸丢弃。油女取根抱起实验台上昏迷不醒的女孩，转身走了出去。
任务失败，大蛇丸潜逃。
三天后，返回木叶的油女取根半跪在地上，身边一个双眼空洞的女孩呆呆的站在那里，自从油女取根用强制性手段将她唤醒后，这个从大蛇丸实验室中救出的女孩，就一直这一副呆呆傻傻的表情。、
“带下去，务必从她的口中得知大蛇丸的情报。”团藏瞥了眼女孩，手中的权杖紧了一分。
身为“根”的首领，团藏的手中有很多常人不知道的情报。
御手洗红豆，木叶名门望族，御手洗家族的最后一人，十二岁被大蛇丸看中，带出木叶执行任务。
团藏恨恨的睁开眼，右臂隐隐刺痛的感觉，宛如一股熊熊烈火一般灼烧着他的灵魂。
“木遁细胞又不安稳了。”团藏闷哼一声，“原始数据，必须得到。”
转瞬，三年。
苦寻纲手无果的大蛇丸最终还是放弃了寻找纲手，再加上因为当年的那件事，纲手患上了恐血症。所以对纲手有愧的大蛇丸，只能静下心来苦心研究木遁细胞和其他禁术。
终于，大蛇丸在成功开发出灵魂转换的禁术之后，医治天月病情的方法有了突破性的发展。
田之国，大蛇丸一脸狂热的拿起那半截封存了三年的枯指。
有了这半截枯指，再加上这三年来自己对灵魂忍术的研究，大蛇丸就有百分之八十的把握唤醒天月。
“大蛇丸大人，实验已经准备好了。”站在大蛇丸身旁的白发男孩，看着一脸火热的大蛇丸忍不住出声提醒道。
“君麻吕，去把香磷、重吾和水月叫来，我有事要安排。”大蛇丸缓过神来，看了眼这个忠实的属下，君麻吕那执着、冷静的眼神，让他的脑海中浮现出天月的影子。
“天月。”大蛇丸低垂的眼中露出一丝追忆。
这场准备了三年的实验，伴随着大蛇丸的一声令下，终于开始了。
田之国，大蛇丸最重要的一处秘密基地内。各种仪器、工具整齐有序的摆放在一张银白色的实验台前，实验台的上空镂空雕刻着神秘的花纹，为了这场实验，大蛇丸已经足足准备了三年。
三年的时间，很多人或事都变了，但唯一没变的是大蛇丸对天月深深的执念。
漩涡香磷、天枰重吾、鬼灯水月、辉夜君麻吕，这四人可以说就是目前音忍村的精英，而这四人也是大蛇丸三年来最大的收获。
香磷特殊的治愈体质，水月神秘的水化血继