但岛津洋子却认为，曾伯函并非是刺马案的幕后主使，他在刺马案发生前应该并不知情，而在刺马案发生后的种种不合理的行为，其实是在为善后工作的开展做着掩护。
刺马案的真正幕后主使，是曾伯函的弟弟曾伯恒！
曾伯函行事一向稳重老成，从未做过如此狠辣之事，刺马案不是他的风格，而案发后他的一系列善后之举，才是符合他行事风格的作法。
而曾伯恒行事一向鲁莽蛮狠，刺马案中刺客张文祥下手的地方，居然就是两江总督的阅兵场，而且他如入无人之境般走向两江总督，没有人拦一下，没有人问一下，就让刺客下手了。
这一手，并非博弈，而是挑战，光天化日下，就在阅兵场上，刺客一出手，便将总督杀了，不是用枪，而是用匕首，并非躲在人群里远距离射击，而是向总督冲过去，贴身行刺。这简直就是“万马军中取上将首级”如探囊取物！那么多的士兵，都是干什么吃的？竟然让这么一个刺客，那么轻易的就奔向他们的总督大人，这还叫兵营？除非是放行，把刺客放到总督大人的身边去，此外，怎么可能！更为令人难堪的是，刺客并不急于逃走，他好像不是来行刺，而是来行刑，他把阅兵场当做他的刑场，向那些来抓他的士兵，宣布他们总督的罪行，还是一条条陈述。
马新贻一死，如同当胸一拳，打在朝廷胸口上，挨了这一拳，朝廷可谓颜面扫地。须知马新贻入主两江，为敬亲王举荐，仁曦太后恩准的，俗话说“打狗也要看主人”，可杀了狗给主人看，这便不是曾伯函的行事风格，而是曾伯恒的行事风格了。
在明确了案情和时代背景之后，岛津洋子便悄悄的开始了调查和取证。
岛津洋子的调查先从郑敦谨和其助手颜士璋开始。
郑敦谨素有“青天”名声，是个依法办事的人，在他手里，就办过湘军将领，他一到江宁，就提审犯人张文祥，曾伯函在一旁听审，一言不发，连审了十几天，但审出了什么，却没有人知道。
据当时的传闻，刺客张文祥在监狱里，只是被审讯，没有人敢对他用刑，曾伯函的理由是，张文祥是朝廷要犯，怕有人以用刑为由，杀人灭口。没有大刑侍候的审讯，能审出什么来？只能任犯人胡说八道。据说有一天，张文祥突然承认，他刺杀马新贻，除了复仇，还兼有为国除奸的使命，因为“马贼通回”。他这么一说，就再也没人敢向他问个究竟。因为平定圣平天国之后，是平绺剿回，跟着就是左季皋的西征大戏，西征使“通回”在政治上是个极为敏感的词。马新贻是回人，难免与回人有往来，将案情引向西征，这案子还怎么审？须知左季皋西征，带的可是湘淮军，打仗在西北，而钱粮方面却要靠东南支撑。这样一来，案情越扯越乱，郑敦谨大怒，欲要下令对张文祥用刑，却不料曾伯函开口说了一句：看来只好仍照原审奏结。这时郑敦谨才明白自己可能只是摆设，朝廷让他高调出马，是要借他的名声来结案。于是，郑、曾联衔上奏依原审结案，曾还附了一个夹片，陈明“实无主使别情”，然后，将张文祥凌迟，摘心献祭，给马新贻办了祭礼。
郑敦谨自结案以后便杜门不出，对于曾伯函的所有邀请一概辞谢，曾伯函送他程仪，也分文不收。圣旨还未下达，罪犯还没正法，他便离开了江宁。曾伯函为他送行，他头也不回，扬帆而去。之后郑敦谨并未回京交旨，船到淮河边就停了下来，打发两名助手颜士璋和伊勒通阿代他回京交旨，他本人声称有病，不能回京。钦差大臣不回京交旨，按朝制是要治罪的。曾伯函觉得有点对不住他，从中斡旋，方才掩饰过去。但郑敦谨并不领情，而是请求开缺，终生不再为官。颜士璋和伊勒通阿回京复旨之后，很快便在官场消失。但颜士璋留下了一本《南行日记》，记述了审案一事，在书中隐晦的指出刺马案与湘军有关，背后有大人物主使。
按照岛津洋子的要求，忍者们的调查取证主要围绕两方面进行：一方面围绕刺客张文祥的社会关系及案发当日现场目击人员如督标中军副将俞吉三、巡捕叶化龙、唐得金、家丁张荣、差弁方秉仁、刘云清、朱信忠、告状喊冤人王咸镇等人以及当日校场官兵展开；另一方面则从当时的会审官员颜士璋、伊勒通阿、孙衣言等人展开。为了保密起见，岛津洋子没有使用林逸青的银牌拓令，而是密令忍者们如有必要，可将调查对象绑架刑讯，以求得有用的线索。
[多说几句：我国古代有严刑峻法这种传统。很多人把我国古代法系，认为是一个没人权、没法制的黑暗法系，整个就是一团糟。
我国古代确实是严刑峻法，但是有学者也提出了一个观点，就是说，一个国家法律的严峻程度，应该跟什么相关呢？应该跟破案率相关。如果说破案的技术很高明，破案率很高，那么，刑法就应该轻一点。只要你犯罪了，你都能被抓住，刑法就轻一点，量刑适当。如果说破案的技术非常低，被抓住的概率也很低。那么这个时候，就应该严刑峻法——不一定抓住你，但是抓住你，你就会死得很惨。这样才能起到对社会犯罪的威慑作用。
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