袁崇焕的反对是有道理的。他的主张就是山海关外应有纵深防御，避免山海关直接受敌攻击。而这位高第大概是过于害怕，希望把全部力量收缩在山海关一线，孤注一掷。这与前面熊廷弼的想法是一样的。这样的战略有两大问题：一是山海关要直接承受敌方的攻击，一旦关破，京畿便无险可守，敌军的铁骑片刻就能到北京城下。二是即使山海关守得住，敌方也能绕过山海关，在山海关以西的长城防线上寻找攻击点，切入山海关之里的京畿之地。由于山海关外没有纵深防御，明朝的军队就无法对敌军进行堵截，破坏其战略实施，后来崇祯时代的情况也确实证实了这种推测。
可高第不管这些。他本来就不懂军事，加上胆子又小，所以要让他理解、接受袁崇焕的计划，真是太难为他了。因此，他不仅要撤掉锦州、右屯防线，而且要把袁崇焕的宁远、前卫一并撤入关中。袁崇焕急得都要跳起来，坚决反对，说：“我是辽东经略，职守在此，死也要在此，我坚决不会撤退!”
遇到这种犟脾气的“铁胆”人物，高第也没有办法，所以宁远、前卫两城仍由袁崇焕驻守，没有撤退。朝廷为安抚袁崇焕，还提他做了山东按察使。但锦州一带的防守据点，如锦州、右屯、大小凌河、松山、塔山、杏山等，全部撤守，军民尽撤入关，哭声震天，米粟辎重被弃者不计其数，明军实力大损，也使宁远成了孤城。
得知努尔哈赤亲帅八旗健卒十万前来围攻宁远城，袁崇焕虽城中只有一万兵，但由于城坚准备充分，也成竹在胸，做好了一切准备：令城外守军全部撤进宁远城，坚壁清野，又亲自杀牛宰马慰劳将士，刺血为书，誓师全军，表示誓与宁远城共存亡；传檄山海关、前屯，凡自宁远城逃出者，全部斩杀，以肃军纪。全城人心始稳，誓死守城。
在他的感染下，“将士咸请死效命”，同仇敌忾，士气高涨。他还将全部库存的白银置于城上，传令，有能打退敌兵，不避艰险者，当即赏银一锭。如临阵退缩，立斩于军前。为了增强火力，袁崇焕令人将城中存有的仿西洋“红夷大炮”架上城头，一切准备就绪，严阵以待，单等努尔哈赤率军队来攻，全不顾双方实力悬殊。
二十四日，后金军兵临宁远城下，袁崇焕邀朝鲜使者同坐城楼观战。努尔哈赤先使人劝降袁崇焕，遭到拒绝后，突然一声炮响，后金军开始攻城。只见八旗兵丁四处散开，满山蔽野而来。袁崇焕一声令下，城楼上火炮齐鸣，弓箭齐发??????
红衣大炮是当时世界上最先进的火炮，炮管长的三米，可装十斤火药，短的也有2米，装完火药装铁球、坚石，一经点燃，火药催动“子弹”，四散飞舞，一打一大片，人不管撞上铁球或是石子，都有致命的危险。而且这种火炮，射程远，瞄的准，特别对成群结队的敌兵，杀伤力很大，一炮就能使一片人伤亡倒地。后金军死伤惨重，只好退军。
次日，后金军重振士气，再次来攻，他们把裹着生牛皮的战车推到城墙根，准备凿城穿穴，袁崇焕立即亲率士兵挑石堵洞，又令城上大炮加强火力猛攻敌阵。就在敌人将要凿开城墙时，袁崇焕果断命令打开城门，故意放弃外城，把敌军放进来。后金军队不知是计，便蜂拥而入，攻打内城。
袁崇焕立即下令对涌入外城的敌军发射巨炮，配之以滚石矢木，后金军队就像圈在外城里的一群野兽，拥挤不堪，想逃逃不出，想打打不着，只有自己挨打的份了，乱作一团，连连的炮轰，又使他们人踩马踏，死伤无数，吃了大亏。
努尔哈赤正在营前指挥作战，忽又被飞来的炮石击中腰部，受伤坠马，血流不止。后金军将士们见主帅受伤，连忙来守护主帅；努尔哈赤站起来，忍受巨疼高叫：“不要管我，继续攻城！”话音未落，又一巨炮轰过来，把努尔哈赤打倒在地。守卫他的将士们再也不听他的了，不管他怎么挣扎嚎叫：“放开我！放开我！”可还是把他抬出了战场。主帅身负重伤，四大贝勒决定停止攻城，匆匆收兵撤退。
在归途中，努尔哈赤病情加重，他躺在担架上，想的不是自己的伤，而是近2万人的伤亡和失败的原因。他把皇太极叫到身边，想听听皇太极的总结，皇太极解劝说：“父汗，别再操心战事了，等伤养好了再说。”努尔哈赤固执说：“我就想现在听，我弄不清原因死不幂目！”皇太极不得不说：“我以为我们把汉民官员清理的太决绝了，使他们对我们失去了希望；再就是滋生了骄傲自满情绪，太轻敌了。”努尔哈赤不得不承认自己的过失。
回到沈阳因伤口感染，努尔合赤已数度昏迷。经过御医精心调理，病情虽有所控制，但身体虚弱的很，不得不又招回刚被他逐出宫去的阿巴亥，他觉得难割难舍的还是阿巴亥。阿巴亥来到努尔哈赤的病榻前，早泪如雨下，眼前的努尔哈赤让她惊呆了，胡子老长，几乎全白了，乱蓬蓬的。尤其的瘦，脸色青黄泛黑，犹如东北的土色了；眼窑塌陷，疲惫的眼神早失去了昔日的光彩，还不时闪出让人可怕的凶光——那是阵疼引起的。
阿巴亥不敢相信这就是那个叱咤风云，一脸杀气，从来都没有认过