事实上，当时的中国不是键盘政治家成天挂在嘴上的藏南，外蒙这两个问题，而是新疆，西藏，内蒙都同时出现了分离主义的倾向.
在新疆的问题上
1930年代和1940年代，苏联多次试图吞并新疆地区，将其改为“东突厥斯坦苏维埃社会主义加盟共和国”，为此扶植了很多新疆民族主义和共产主义团体，并积极寻找在新疆的代理人。
1934年，由于盛世才奉行亲苏政策，在他当选新疆省主席后，借助苏联的力量驱逐南疆张培元、北疆马仲英，成为名副其实的“新疆王”。
1942年，盛世才怀疑苏联企图推翻新疆省政府，分裂中国以建立苏维埃政权，便与苏联决裂，转向国民党靠拢。1943年1月，盛世才奉国民政府之令，要求苏联撤出新疆驻军及其机关，遭苏方指为“非法且仇视的行为”。
1944年，蒋介石将统治新疆达十年的盛世才调离新疆，赴重庆任农林部长，改派吴忠信任新疆省长。盛世才离疆后，新疆出现权力真空，盛时期新疆民族问题以及与苏联关系的恶化由之而曝露，新疆境内的少数民族开始爆发暴乱。
1944年4月，在苏联驻伊宁领事馆的支持和帮助下，“伊宁解放组织”成立，主席为苏联籍乌兹别克人艾力汗?吐烈。
1944年8月，苏联鞑靼族侨民帕提赫?莫里斯莫夫组织巩哈游击队，发起“巩哈暴动”。
1944年10月7日，游击队攻占巩哈县城，伊宁驻军主力1600人调往巩哈平乱。苏联侨民铁伊?伊凡诺维奇?列斯肯在果子沟组织游击队，形成战略呼应。
1944年11月6日，在得到苏联驻伊宁领事馆的帮助下，苏联军官阿列克山德洛夫率军从霍尔果斯潜入伊宁，同“伊宁解放组织”组成军事指挥部。同日，列斯肯占领芦草沟，切断迪伊公路。
1944年11月7日，伊宁事变爆发，外有巩哈游击队进攻，内有苏联红军和武装人员呼应，驻军中少数民族士兵哗变。
1944年11月9日，伊宁驻军负责人曹日灵电告朱绍良内有：“名为剿匪，实为国际战争”、“市区土匪全为归化人及塔塔尔族，以其领事馆作根据地，所获武器系苏联制造”。
1944年11月10日，伊宁全城被攻占，守军残部及汉族官员、平民约8000人撤至城郊机场及艾林巴克、鬼王庙两处高地，等待救援。
1944年11月12日，“伊宁解放组织”召开大会，宣布成立“东突厥斯坦共和国”临时政府，主席为艾力汗?吐烈，副主席有包尔汉等。
1945年1月5日，艾力汗?吐烈宣布“东突厥斯坦共和国”脱离中华民国而独立。
1945年2月1日，在苏联红军的帮助下，民族军攻占艾林巴克。7月31日，攻占塔城。
1945年期间，国民政府屡次与支持叛乱的苏联政府交涉。1945年7月5日，蒋介石在一次中苏会谈上提出：“苏联政府如果能保证中国对东北和新疆的领土和行政主权，对中共和新疆变乱不再作任何支援，中国政府才考虑苏联有关外蒙的要求”。会后宋子文继续与苏联谈判。斯大林表示，无论延安、新疆均服从蒋委员长的领导，苏联只支持国民政府，可以根据中国政府的要求发表声明，并答应宋子文关于制止从苏联往新疆偷运武器的要求。
其后，《中苏友好同盟条约》签订。紧接着在1945年9月，苏方代表莫洛托夫与中方代表王世杰在伦敦就“新疆伊犁事件”磋商时表示这个事件是临时现象，不久就可以平息。在得到苏联的保证后，蒋介石开始在公开场合表示“愿意和平地解决新疆问题”。
1945年10月，双方同意派代表赴迪化进行谈判。南京方面派出了张治中，三区派出了等人组成的代表团。苏联亦派出一位代表。经过半年的谈判后，最终在1946年4月制定了十一条和平条款，取消了“东突厥斯坦共和国”的名称，恢复伊犁、塔城、阿山三个专区的建制，后成立新疆省民主联合政府。三区临时政府高层中的一部分封建势力、宗教人士和泛突厥人士被清除出领导层联合政府的核心改由从亲苏派组成，此后苏联仍试图控制新疆地区，国民党军队与三区军队隔玛纳斯河而武装对峙。直到1949年新疆和平解放，整个新疆才完全统一，三区军队改编成中国人民解放军”。
而同时的内蒙1945年，苏军出兵东北后，占领内蒙，在苏军的卵翼下，东蒙和西蒙分别成立了政府，这两个政府都发表了独立宣言，都正式宣布脱离中国独立。国民政府鞭长莫及，中共对苏联因为种种原因，也是不能武力解决，很棘手。这时云泽为中共解决了大难题。云泽以他深厚的苏联背景（他是象王明那样一手由苏联培养起来的蒙族干部），加入西蒙政府，通过方方面面的活动，在主席选举中，云泽成了主席！云泽就职后，就做方方面面的工作，不久后就宣布取消独立，既让中共和平解决了问题，又不使中苏为此而翻脸。解决了西蒙问题，云泽由到东蒙的独立政府，与政