孙大夫，原名叫孙长兴。他本是住在上京城郊一个叫孙家村的地方。他家有几十亩地,算是村里的富庶人家了。可孙长兴是家中的庶子,生母并不得宠。家中又还有个嫡子，嫡母不愿有旁人来分自己儿子的家业,更是对他们母子二人不喜。除开每日克扣他们母子的吃用不说,更是把孙长兴重病的娘扔去一个破落的屋子里,连个大夫也不愿请。
孙长兴见他娘病重，拿出自己悄悄藏起来的一把铜钱，跑去给村东头的徐大夫磕头，只望他能施个援手。谁知，这个徐大夫贪财成性,平日里一文钱的药都要卖到十文的价格。他骗了孙长兴手中的钱,胡乱给了些药渣子，只说是能治百病的良药。孙长兴只道是徐大夫心好，哪里会去想他手中那么一点银子怎可能买到包治百病的奇药。他拿了药，给徐大夫磕了好几个响头，就赶忙回家去熬药给娘亲服用。他娘大概也知道儿子被骗了。因怕儿子伤心，还是笑着喝了药，喝完还说感觉好多了，让孙长兴高兴不已。
谁知，当天夜里，孙长兴半夜里听着他娘房里有声音，赶紧去看。只见他娘弓着身子，缩在皱巴巴的被褥中间，簌簌发抖。孙长兴走到近前，才发现他娘脸色惨白，一头一脸都是汗珠，嘴唇早已咬破了，下巴处尽是一缕缕的血迹。他赶忙扯着嗓子叫人，叫了半天，也没人来。他无法，只得拍着他娘的后背，直叫“娘”。他娘只看着他，颤抖着唇，咬紧牙关，似是开不了口，这么挣扎了一会，便去了。看着素日疼他的娘亲在眼前咽了气，孙长兴呆了许久，方才明白那日他拿回来的药并不知救命良药，说不准还是害人的药。此刻，他心中更是恨极了嫡母和那个没有良心的徐大夫。
他去求嫡母好好安葬他娘亲，嫡母却说，若是他愿意离开这个家，再不回来，她就好生跟他爹说说，把他娘葬进家中祖坟里。孙长兴本也不愿意再呆在家中，一点头就答应了。在娘亲下葬三日之后，孙长兴就带了一个小包袱，离开了那个家。但是，他那时不过八九岁，身上又没有钱，离了家连个住的地方都没有。那时，正是秋日，他夜里又冻又困，就钻进村头的草垛里睡了一晚，第二日想继续赶路的时候却只觉得头晕脑胀的，走了没两步，就坐到在地，走不动了。
孙长兴坐在地上不动，却模模糊糊觉得有人推他。睁开眼，只见一个穿着僧帽僧服，却留着头发的人，正笑着看着他。那种目光，就跟平日里他娘把自己碗里的吃的送到他碗里的时候是一样的。想到再也见不着娘了，孙长兴再也忍不住，哇哇大哭起来。后来，那人告诉他，他染了风寒，又听着他被赶离了家中，就把他带回了一处山谷里，亲自照料了几日。
孙长兴见这个地方，虽然偏僻，却是一应物事俱全，比他在家中住的那个漏风的破屋子要好的多。想着自己反正无处可去，若是那个僧人肯收留的话，住在这里也是不错的。
所以在道济师傅问他，可愿拜他为师的时候，孙长兴迫不及待的答应了。道济师傅显然很高兴，还带他去见了一个白袍少年，告诉他这是师兄。他见那少年十五六岁的光景，俊颜天成，身姿凛凛，竟像是那画中俊彦走出来了一般，当下就生了亲近之意。谁知那少年眸光清冷，神色淡漠，像是对他不喜一般。孙长兴一腔热忱被冷水浇透，冷冰冰的喊了一声“师兄”，便跑远了。
他后来知道，师父收他为徒，竟是要教他医术之时，心中百感交集。想着，若是师父早两天出现，说不定娘亲就不会死，又想着，他日自己医术大成，必要回村开个药铺，去砸了那个徐大夫的招牌。一想起徐大夫会被他踩在脚底，求爷爷告奶奶的时候，孙长兴就乐的哈哈大笑，只觉得替娘亲报了仇一般。
可道济师傅却先让他看一些先贤之书。孙长兴本不识字，村里也没人跟书上那般说话，学起来更觉晦涩难懂。他又看着师兄每日看那些书，说话行事极为奇怪，更是不大愿意学。他悄悄地去问道济师傅，能不能只学医术，不管其他。师父却说，若是他不读完这些书，医术他是断断不会传授的。
他见师父只教师兄，就如嫡母只待哥哥好一般，心头酸涩。那一日，他见师父已经开始教师兄针灸之术，自己却被勒令不许偷学，更是有些愤懑。一个人坐在那溪边扔石头，扔着，扔着，便哭了出来。不想，被一个不认识的大汉看到，问他哭什么。他看那老头面带笑容，不像是坏人，便把自己在家中如何受气，如何被恶大夫骗了，如何被赶出家门，如何到了这谷中，师父又如何偏心俱都说了。那人听了之后，竟大斥了师父一番，说师父假道学。他听着却不高兴，拦着不许他再骂师父。
那大汉哈哈大笑，带他一道去见了道济师傅。孙长兴听师父喊他师弟，便也“师叔”“师叔”的叫了起来。他后来得知，那人法号虚谷，俗名便叫虚谷子。他似乎很喜欢孙长兴，总爱跟他一道说话。孙长兴也很喜欢这个师叔，因为师叔会教他医术，还不用背那些恼人的书。
虚谷子首先教他的便是如何分辨各类毒药。他也不给孙长兴看书，只是带他在山中乱转，想起什么就说什么，从各类奇毒讲到解毒之法，还说了很多他自己用毒的事迹